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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8632 | |||||||||||||||
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タイトル | CryoEM Structure of a Prokaryotic Cyclic Nucleotide-Gated Ion Channel | |||||||||||||||
マップデータ | Prokaryotic Cyclic Nucleotide-Gated Ion Channel | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Ion channel / cyclic nucleotide / allostery / vision / olfaction / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Leptospira licerasiae serovar Varillal str. VAR 010 (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | James ZM / Borst AJ | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017 タイトル: CryoEM structure of a prokaryotic cyclic nucleotide-gated ion channel. 著者: Zachary M James / Andrew J Borst / Yoni Haitin / Brandon Frenz / Frank DiMaio / William N Zagotta / David Veesler / 要旨: Cyclic nucleotide-gated (CNG) and hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-regulated (HCN) ion channels play crucial physiological roles in phototransduction, olfaction, and cardiac pace making. ...Cyclic nucleotide-gated (CNG) and hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-regulated (HCN) ion channels play crucial physiological roles in phototransduction, olfaction, and cardiac pace making. These channels are characterized by the presence of a carboxyl-terminal cyclic nucleotide-binding domain (CNBD) that connects to the channel pore via a C-linker domain. Although cyclic nucleotide binding has been shown to promote CNG and HCN channel opening, the precise mechanism underlying gating remains poorly understood. Here we used cryoEM to determine the structure of the intact LliK CNG channel isolated from -which shares sequence similarity to eukaryotic CNG and HCN channels-in the presence of a saturating concentration of cAMP. A short S4-S5 linker connects nearby voltage-sensing and pore domains to produce a non-domain-swapped transmembrane architecture, which appears to be a hallmark of this channel family. We also observe major conformational changes of the LliK C-linkers and CNBDs relative to the crystal structures of isolated C-linker/CNBD fragments and the cryoEM structures of related CNG, HCN, and KCNH channels. The conformation of our LliK structure may represent a functional state of this channel family not captured in previous studies. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8632.map.gz | 3.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8632-v30.xml emd-8632.xml | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8632.png | 90.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-8632.cif.gz | 5.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8632 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8632 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8632_validation.pdf.gz | 361.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8632_full_validation.pdf.gz | 360.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8632_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8632_validation.cif.gz | 6.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8632 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8632 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8632.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 47.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Prokaryotic Cyclic Nucleotide-Gated Ion Channel | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3655 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : LliK
全体 | 名称: LliK |
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要素 |
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-超分子 #1: LliK
超分子 | 名称: LliK / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Leptospira licerasiae serovar Varillal str. VAR 010 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 200 KDa |
-分子 #1: Transporter, cation channel family / cyclic nucleotide-binding do...
分子 | 名称: Transporter, cation channel family / cyclic nucleotide-binding domain multi-domain protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Leptospira licerasiae serovar Varillal str. VAR 010 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 53.464785 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKHHHHHHHH PMSDVDIPTT ENLYFQGSGS MGITLKNRIR VYWDILVFIC IFWASLESPL RIVINYDPNL LLTCIYFFID FVFALDILW NCFTPEYKDG KWILTRSQVI KDYLGSWFII DLIAALPLEY ATTTIFGLQQ SQYPYLYLLL GVTRILKVFR I SDILQRIN ...文字列: MKHHHHHHHH PMSDVDIPTT ENLYFQGSGS MGITLKNRIR VYWDILVFIC IFWASLESPL RIVINYDPNL LLTCIYFFID FVFALDILW NCFTPEYKDG KWILTRSQVI KDYLGSWFII DLIAALPLEY ATTTIFGLQQ SQYPYLYLLL GVTRILKVFR I SDILQRIN LAFQPTPGIL RLVLFAFWAT LVAHWCAVGW LYVDDLLDYQ TGWSEYIIAL YWTVATIATV GYGDITPSTD SQ RIYTIFV MILGAGVYAT VIGNIASILG SLDLAKAAQR KKMAQVDSFL KARNISQNIR RRVRDYYMYI IDRGWGEDEN ALL NDLPIS LRREVKIQLH RDLLEKVPFL KGADPALVTS LVFSMKPMIF LEGDTIFRRG EKGDDLYILS EGSVDILDSD EKTI LLSLQ EGQFFGELAL VMDAPRSATV RATTTCEIYT LSKTDFDNVL KRFSQFRSAI EESVAHLKKR UniProtKB: Transporter, cation channel family / cyclic nucleotide-binding domain multi-domain protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.9 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.9 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | PDB-5v4s: |