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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8479 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of the transcriptional Mediator | |||||||||
マップデータ | Sp Mediator | |||||||||
試料 |
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キーワード | transcription / transcriptional / Mediator / Head / Middle / Tail / Srb / RNA polymerase II / Med | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 core mediator complex / mediator complex / termination of RNA polymerase II transcription / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / euchromatin / transcription coactivator activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II ...core mediator complex / mediator complex / termination of RNA polymerase II transcription / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / euchromatin / transcription coactivator activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Tsai K-L / Yu X | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: Mediator structure and rearrangements required for holoenzyme formation. 著者: Kuang-Lei Tsai / Xiaodi Yu / Sneha Gopalan / Ti-Chun Chao / Ying Zhang / Laurence Florens / Michael P Washburn / Kenji Murakami / Ronald C Conaway / Joan W Conaway / Francisco J Asturias / 要旨: The conserved Mediator co-activator complex has an essential role in the regulation of RNA polymerase II transcription in all eukaryotes. Understanding the structure and interactions of Mediator is ...The conserved Mediator co-activator complex has an essential role in the regulation of RNA polymerase II transcription in all eukaryotes. Understanding the structure and interactions of Mediator is crucial for determining how the complex influences transcription initiation and conveys regulatory information to the basal transcription machinery. Here we present a 4.4 Å resolution cryo-electron microscopy map of Schizosaccharomyces pombe Mediator in which conserved Mediator subunits are individually resolved. The essential Med14 subunit works as a central backbone that connects the Mediator head, middle and tail modules. Comparison with a 7.8 Å resolution cryo-electron microscopy map of a Mediator-RNA polymerase II holoenzyme reveals that changes in the structure of Med14 facilitate a large-scale Mediator rearrangement that is essential for holoenzyme formation. Our study suggests that access to different conformations and crosstalk between structural elements are essential for the Mediator regulation mechanism, and could explain the capacity of the complex to integrate multiple regulatory signals. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8479.map.gz | 154.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8479-v30.xml emd-8479.xml | 29.5 KB 29.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8479_fsc.xml | 12.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8479.png | 22.1 KB | ||
マスクデータ | emd_8479_msk_1.map | 166.4 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-8479.cif.gz | 7.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8479 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8479 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8479_validation.pdf.gz | 583.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8479_full_validation.pdf.gz | 582.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8479_validation.xml.gz | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8479_validation.cif.gz | 17.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8479 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8479 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8479.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sp Mediator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_8479_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Mediator complex
+超分子 #1: Mediator complex
+分子 #1: Mediator complex subunit 14
+分子 #2: Mediator complex subunit 6
+分子 #3: Mediator complex subunit 8
+分子 #4: Mediator complex subunit 17
+分子 #5: Mediator complex subunit 18
+分子 #6: Mediator complex subunit 20
+分子 #7: Mediator complex subunit 11
+分子 #8: Mediator complex subunit 22
+分子 #9: Mediator complex subunit 4
+分子 #10: Mediator complex subunit 7
+分子 #11: Mediator complex subunit 21
+分子 #12: Mediator complex subunit 31
+分子 #13: Mediator complex subunit 9
+分子 #14: Mediator complex subunit 27
+分子 #15: Mediator complex subunit 19
+分子 #16: Mediator complex subunit 10
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.4, 200 mM potassium acetate, 5 mM b-Mercaptoethanol, 0.01% NP-40 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 11181 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 9.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |