+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8313 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the SLC4 transporter Bor1p in an inward-facing conformation | |||||||||||||||
マップデータ | Bor1p helical tube density map (Type 1) | |||||||||||||||
試料 |
| |||||||||||||||
キーワード | boron transporter / anion exchanger family / alternating access mechanism / Structural Genomics / PSI-Biology / Transcontinental EM Initiative for Membrane Protein Structure / TEMIMPS / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | Bicarbonate transporter, eukaryotic / Bicarbonate transporter-like, transmembrane domain / HCO3- transporter integral membrane domain / solute:inorganic anion antiporter activity / membrane => GO:0016020 / Bor1p boron transporter 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces mikatae (酵母) | |||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Coudray N / Seyler S | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci / 年: 2017 タイトル: Structure of the SLC4 transporter Bor1p in an inward-facing conformation. 著者: Nicolas Coudray / Sean L Seyler / Ralph Lasala / Zhening Zhang / Kathy M Clark / Mark E Dumont / Alexis Rohou / Oliver Beckstein / David L Stokes / 要旨: Bor1p is a secondary transporter in yeast that is responsible for boron transport. Bor1p belongs to the SLC4 family which controls bicarbonate exchange and pH regulation in animals as well as borate ...Bor1p is a secondary transporter in yeast that is responsible for boron transport. Bor1p belongs to the SLC4 family which controls bicarbonate exchange and pH regulation in animals as well as borate uptake in plants. The SLC4 family is more distantly related to members of the Amino acid-Polyamine-organoCation (APC) superfamily, which includes well studied transporters such as LeuT, Mhp1, AdiC, vSGLT, UraA, SLC26Dg. Their mechanism generally involves relative movements of two domains: a core domain that binds substrate and a gate domain that in many cases mediates dimerization. To shed light on conformational changes governing transport by the SLC4 family, we grew helical membrane crystals of Bor1p from Saccharomyces mikatae and determined a structure at ∼6 Å resolution using cryo-electron microscopy. To evaluate the conformation of Bor1p in these crystals, a homology model was built based on the related anion exchanger from red blood cells (AE1). This homology model was fitted to the cryo-EM density map using the Molecular Dynamics (MD) Flexible Fitting method and then relaxed by all-atom MD simulation in explicit solvent and membrane. Mapping of water accessibility indicates that the resulting structure represents an inward-facing conformation. Comparisons of the resulting Bor1p model with the X-ray structure of AE1 in an outward-facing conformation, together with MD simulations of inward-facing and outward-facing Bor1p models, suggest rigid body movements of the core domain relative to the gate domain. These movements are consistent with the rocking-bundle transport mechanism described for other members of the APC superfamily. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8313.map.gz | 500 KB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-8313-v30.xml emd-8313.xml | 17.9 KB 17.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8313_fsc.xml | 4.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8313.png | 266.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-8313.cif.gz | 6.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8313 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8313 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8313_validation.pdf.gz | 387.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_8313_full_validation.pdf.gz | 387.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8313_validation.xml.gz | 8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8313_validation.cif.gz | 9.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8313 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8313 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8313.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Bor1p helical tube density map (Type 1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Bor1p dimer in an inward-facing conformation
全体 | 名称: Bor1p dimer in an inward-facing conformation |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Bor1p dimer in an inward-facing conformation
超分子 | 名称: Bor1p dimer in an inward-facing conformation / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces mikatae (酵母) |
分子量 | 理論値: 60 KDa |
-分子 #1: Bor1p boron transporter
分子 | 名称: Bor1p boron transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces mikatae (酵母) |
分子量 | 理論値: 53.829766 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: IWLDLKDRIP YYKSDWVDAF NYRVIPSTVD TYFNNLLPAI AFAQDMFDRT DNSYGVNEVL LSSAMAGIVF GVLAGQPLCI VGVTGPISI FNYTVYEIIK PLNTSYFGFM FWICLWSMIF HLLLAFTNVV CLLQYVTTFP CDIFGLFINV VYIQKGIQIL T RQFHNTSG ...文字列: IWLDLKDRIP YYKSDWVDAF NYRVIPSTVD TYFNNLLPAI AFAQDMFDRT DNSYGVNEVL LSSAMAGIVF GVLAGQPLCI VGVTGPISI FNYTVYEIIK PLNTSYFGFM FWICLWSMIF HLLLAFTNVV CLLQYVTTFP CDIFGLFINV VYIQKGIQIL T RQFHNTSG EKSVQDGFAS VVVALVMTAF GLFFKSFHHY PLFTHKIRTF ISDYSTALSV LFWSSFTHFG GYLNDVKFKK LP ITKSFFP TSKFNRPQNT WLAYEPIPVK DVFIALPFGI ILTILFYFDH NVSSLMAQRH QYKLRKPSSF HYDFALLGLT TCI SGVLGI PAPNGLIPQA PLHTETLLVR DSNQNVVRCV EQRLTNTFQG LMILGTMTRP LLVCLGEIPQ AVLSGLFFIM GING LMTNV IIHRIVFLFS DPKRRDNNSP LAKISKRSMV IFLCFSLAGF TGEFAITNTI AAIGFPLVLL LSVIVSFSFT Y |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
濃度 | 0.25 mg/mL | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7 構成要素:
詳細: Buffer was changed twice per day. | |||||||||||||||
グリッド | モデル: EMS / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER | |||||||||||||||
詳細 | The protein was solubilized in 1% n-Dodecyl beta-D-maltoside and exchanged into heptaethyleneglycol-n-dodecylether (C12E7) while bound to the IgG Sepharose affinity column. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-27 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 252 / 平均露光時間: 6.75 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 2.7 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.85 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 19000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
| ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
詳細 | A homology model was first created using human AE1 (PDB entry 4YZF) as a template using MODELLER, placed into the density map using SITUS, and then fitted into the map using the Molecular Dynamics Flexible Fitting (MDFF) method. | ||||||
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT 当てはまり具合の基準: cross-correlation coefficient | ||||||
得られたモデル | PDB-5sv9: |