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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7953 | |||||||||
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タイトル | Fako virus empty particles, projection-matching reconstruction without imposed symmetry | |||||||||
マップデータ | Unsymmetrized reconstruction of Fako virus empty particles | |||||||||
試料 |
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生物種 | Fako virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Kaelber JT / Jiang W / Weaver SC / Auguste AJ / Chiu W | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2020 タイトル: Arrangement of the Polymerase Complexes inside a Nine-Segmented dsRNA Virus. 著者: Jason T Kaelber / Wen Jiang / Scott C Weaver / Albert J Auguste / Wah Chiu / 要旨: Members of the family Reoviridae package several copies of the viral polymerase complex into their capsid to carry out replication and transcription within viral particles. Classical single-particle ...Members of the family Reoviridae package several copies of the viral polymerase complex into their capsid to carry out replication and transcription within viral particles. Classical single-particle reconstruction encounters difficulties resolving structures such as the intraparticle polymerase complex because refinement can converge to an incorrect map and because the map could depict a nonrepresentative subset of particles or an average of heterogeneous particles. Using the nine-segmented Fako virus, we tested hypotheses for the arrangement and number of polymerase complexes within the virion by measuring how well each hypothesis describes the set of cryoelectron microscopy images of individual viral particles. We find that the polymerase complex in Fako virus binds at ten possible sites despite having only nine genome segments. A single asymmetric configuration describes the arrangement of these complexes in both virions and genome-free capsids. Similarities between the arrangements of Reoviridae with 9, 10, and 11 segments indicate the generalizability of this architecture. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7953.map.gz | 328.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7953-v30.xml emd-7953.xml | 26.5 KB 26.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_7953_fsc.xml | 20.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_7953.png | 245.6 KB | ||
その他 | emd_7953_half_map_1.map.gz emd_7953_half_map_2.map.gz | 328.1 MB 328.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7953 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7953 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7953_validation.pdf.gz | 78 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7953_full_validation.pdf.gz | 77.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7953_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7953 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7953 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7953.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 729 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Unsymmetrized reconstruction of Fako virus empty particles | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.506 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Unsymmetrized reconstruction of Fako virus full particles. Unmasked,...
ファイル | emd_7953_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsymmetrized reconstruction of Fako virus full particles. Unmasked, unfiltered half-set map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unsymmetrized reconstruction of Fako virus empty particles. Unmasked,...
ファイル | emd_7953_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsymmetrized reconstruction of Fako virus empty particles. Unmasked, unfiltered half-set map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Fako virus
全体 | 名称: Fako virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Fako virus
超分子 | 名称: Fako virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1567404 / 生物種: Fako virus / Sci species strain: CSW77 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Culicinae (カ) |
分子量 | 理論値: 43 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 2 |
-分子 #1: clamp protein
分子 | 名称: clamp protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Fako virus (ウイルス) / 株: CSW77 |
配列 | 文字列: MTLTYWDKEK RMTLKQMIQQ VAINEQENEL THYVFTTPLS MPTFGKPMLG YVPLNEVATS KFFSNVNDFD RDNQLAMAH FPDTTITQAY NLTNSIKPGD TSLPDAEVAA LKWFWKFFTS INLVRQPPMD NVMYWACQFL S SGTSFLPL ERDVEIVFSG FKGSHICMFS ...文字列: MTLTYWDKEK RMTLKQMIQQ VAINEQENEL THYVFTTPLS MPTFGKPMLG YVPLNEVATS KFFSNVNDFD RDNQLAMAH FPDTTITQAY NLTNSIKPGD TSLPDAEVAA LKWFWKFFTS INLVRQPPMD NVMYWACQFL S SGTSFLPL ERDVEIVFSG FKGSHICMFS NLRQMNLSPI LCPYYDLITN FKTTTEIRAY VDAHEELKSL LT YLCLCTI VGLCDTFTET RNMDTGEYVW KVRDVVSRNH TPAQNVEKFC YTIQNAKYMI QLVHVLLFPL TDN KYADLP NYVAVITQGA INQSRSHNVI NTTDESNSNT TSDTAASTSG IVSGDTGTVA SLYPDEFKYV QS |
-分子 #2: major capsid protein
分子 | 名称: major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Fako virus (ウイルス) / 株: CSW77 |
配列 | 文字列: MRPIRMYKNN QERTNLKHQE INEEQQNEQT TSNQGFTRSD NSGKINIERI SSSRNQITDG KTVSSYSKIE TNRSSQDSV QHGGSSITYT SDTTGNPRIT NARTNNDETH ATGPIEDLNS TSHGREPEIE SFADRAELAM M IQGMTVGA LTVQPMRSIR STFANLANVL ...文字列: MRPIRMYKNN QERTNLKHQE INEEQQNEQT TSNQGFTRSD NSGKINIERI SSSRNQITDG KTVSSYSKIE TNRSSQDSV QHGGSSITYT SDTTGNPRIT NARTNNDETH ATGPIEDLNS TSHGREPEIE SFADRAELAM M IQGMTVGA LTVQPMRSIR STFANLANVL IFHDVFTTED KPSAFIEYHS DEMIVNMPKQ TYNPIDNLAK IL YLPSLEK FKYGTGIVQL NYSPHISKLY QNTNNIINTI TDGITYANRT EFFIRVMVLM MMDRKILTME FYD VDTSAI SNTAILPTIP TTTGVSPLLR IDTRTEPIWY NDAIKTLITN LTIQYGKIKT VLDANAVKRY SVVG YPIDQ YRAYLYNHNL LEYLGKKVKR EDIMSLIKAL SYEFDLITIS DLEYQNIPKW FSDNDLSRFI FSICM FPDI VRQFHALNID YFSQANVFTV KSENAIVKML NSNQNMEPTI INWFLFRICA IDKTVIDDYF SLEMTP IIM RPKLYDFDMK RGEPVSLLYI LELILFSIMF PNVTQHMLGQ IQARILYISM YAFRQEYLKF ITKFGFY YK IVNGRKEYIQ VTNQNERMTE NNDVLTGNLY PSLFTDDPTL SAIAPTLAKI ARLMKPTTSL TPDDRAIA A KFPRFKDSAH LNPYSSLNIG GRTQHSVTYT RMYDAIEEMF NLILRAFASS FAQRPRAGVT QLKSLLTQL ADPLCLALDG HVYHLYNVMA NMMQNFIPNT DGQFHSFRAC SYAVKDGGNI YRVVQNGDEL NESLLIDTAI VWGLLGNTD SSYGNAIGAT GTANVPTKVQ PVIPTPDNFI TPTIHLKTSI DAICSVEGIL LLILSRQTTI P GYEDELNK LRTGISQPKV TERQYRRARE SIKNMLGSGD YNVAPLHFLL HTEHRSTKLS KPLIRRVLDN VV QPYVANL DPAEFENTPQ LIENSNMTRL QIALKMLTGD MDDIVKGLIL HKRACAKFDV YETLTIPTDV KTI VLTMQH ISTQTQNNMV YYVFLIDGVK ILAEDIKNVN FQIDITGIWP EYVITLLLRA INNGFNTYVS MPNI LYKPT ITADVRQFMN TTKAETLLIS NKSIVHEIMF FDNALQPKMS SDTLALSEAV YRTIWNSSII TQRIS ARGL MNLEDARPPE AKISHQSELD MGKIDETSGE PIYTSGLQKM QSSKVSMANV VLSAGSDVIR QAAIKY NVV RTQEIILFE |
-分子 #3: turret protein
分子 | 名称: turret protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Fako virus (ウイルス) / 株: CSW77 |
配列 | 文字列: MIDLRLEEDI LTATLPEFLS TRPKYRYAYT NTKQQDIRFQ GPMRHVRLTH LYKQTKLWNL QYIERELAIS EIDDALDEF IQTFSLPYVI EQGTYKYNML LGMHAHNVNY QDDVSELIAN NPQLLNYLDD NPFSAIFELV N VDLQIYQY GQNIFNNEAE HTILFLKDNT ...文字列: MIDLRLEEDI LTATLPEFLS TRPKYRYAYT NTKQQDIRFQ GPMRHVRLTH LYKQTKLWNL QYIERELAIS EIDDALDEF IQTFSLPYVI EQGTYKYNML LGMHAHNVNY QDDVSELIAN NPQLLNYLDD NPFSAIFELV N VDLQIYQY GQNIFNNEAE HTILFLKDNT NYGVIQALQK HPFSATHINW HLHKHIFVFH SREQLLNKLL SA GLEDSQL YQRQKTYSTK RGDRPTERMV TYIEDDHIRR IQAVFPLLLD NIFDVKLHKD SSMTWLKSYA DMI YDSVKN SNSTITPEIR KLYLRMYNQY MRIFLPIEQY MLYDNTCWPF SEKITLKINV RLISSRENQP VLWK TPIDT ENLISIVQPD EPINKLNFTA IPSTMIRLND NITMYRAVKD MFSAIEYLPD AIENIPTLTM KEQAL SRYI SPDSEAQNFF NNQPPYLNSI MNVNRQVFEA VKRGNIQVST GSMEHLCLCM HVKSGLIVGR TVLIDD KVV LRRNFNASTA KMITCYVKAF AQLYGEGSLI NPGLRMVFFG VETEPAIDIL KLFYGDKSLY IQGFGDR GI GRDKFRTKIE DALTLRIGCD ILISDIDQAD YEDPNEEKFD DITDFVCYVT ELVISNATVG LVKISMPT Y YIMNKISSTL NNKFSNVAIN IVKLSTQKPY TYEAYIMLSH GSTLTNKGYL RNPVCDVYLE KISLQPMDL KIISTISNEI NYDKPTLYRF VVDKNDVTDV SIAMHILSIH CSTITTRSVM VRSDNTGAFV TMSGIKDMKR VAIMNRMTD GTSANSYMHE QNGKLYLQKV PYLEDLISAF PNGFGSTYQN DYDSSMSVIN VNALIRQVVY R VISKSIPV ALLESLSRIR IIGGRDLGEM NAVYKLYKTP IEVYDAVGIT REYPHVQISY RAQRYSFTES IP NHTLLLA NYVIMNDVDG APISSLEQIN TIKKIISKIS LGSIAYIQVY TDIVARNINV MTKNDSFLIS ANA DKTVFK VQVSGYKAVE MCNYEQLLQL VSDNTGVNII KLTYQDVLES CVLSSGILGD TGSWLLDLVL ASTY IIEIR G |
-分子 #4: RNA-dependent RNA polymerase
分子 | 名称: RNA-dependent RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Fako virus (ウイルス) / 株: CSW77 |
配列 | 文字列: MATEPNEINL RMTQTLMKQI EDTTFKIRRK HDDMYTYLID DTAAIEMYPD TETPFRMKSS LHELYIQVKC QIPKSIIRP PLYNNDMYPL NNNNTNFLED RPFNYLCNFD WYEFLSRTKD ELGMHYNMIR DLIAMSSQTR Y SNIWSNIS GIIMYLRQYQ RGFALRAILA ...文字列: MATEPNEINL RMTQTLMKQI EDTTFKIRRK HDDMYTYLID DTAAIEMYPD TETPFRMKSS LHELYIQVKC QIPKSIIRP PLYNNDMYPL NNNNTNFLED RPFNYLCNFD WYEFLSRTKD ELGMHYNMIR DLIAMSSQTR Y SNIWSNIS GIIMYLRQYQ RGFALRAILA RLLKQWNNFP FFDTWDGFRD VLPNTSTAWP LLFYAFMSVT FD YICENIS EGEAIVCFQN HLENAQVSYQ DTKLEKKNNY TLWLKYECHN LRVALTPRYD YTGTVSGNFL KDT TEYIIE NEFENNEIAM RNNLLPSFYA ILQQMRQKLK TVEDIIRLLT ICYSARDDRT YYGTLMELAI SKAI KPQVA GSIVPAPIPT SWLQKDPKMV LSARYPSTSF LSQMQEFYRR YYPALQKEID VHALSASFIN FLSTA SAGV GIELPEEIVN MVQDKRLLYL IKKGSGKRVL QEALLVEKYN DLDPIINDFV RLIKIVVRKQ IERRQR GIA GIPNNVLKIN QVTYEANKPF SKIARAPSHG KQSGNASDIH DLLFYTTQED VSHIETNGKR QMRGIVI SS ADVKGMDTHI QINAAMNQHL GAIEILDGIQ YDVGPFRQTN AIIQDIQGNV YEKSLNGGQQ AIAFGLAN F SQTTGINSKY FGQIPNQEGT FPSGLITTSN HHTQMLTLLI ETALTTFTKE FGKSMAISHL MILGDDVSL MLHGNDKDIN FFMKYLVEKF SQLGLILERD ESRNFGVFLQ QHVINGRFNG FSNRIAIFTS EDYKTRKSVR ESCTEYNAL IDDVIFRTYN VRKLLQFQRI HQFVVLSKYV FRIQNYKYES LRAKLAKRMN VFEYELKIKD N DKTDVHNR NALRFIGIQI PYTYFQYSGG GEIPPESFQK KDGSFTYEYS IYSPRGKWLR KFLYDISHDA RD VKFQIDH EMMKLYNLDI CDFLLQYNVL DIQEEIRSTI IDRELVSKLA MNLESLEHSN ARMISRRASE SLR SMGIRL PANGVYGYQI NERLVKVLQN IQQSDYEVKM VGDTLFTAIM EKFEHHKVRM EKGDKLHNFT LDFS NKDDK ITINRKMLAL HNISISKNMM PYSDAWMLYT CLDNTYNTSS DLATALAHSQ GHFKSFQYDR DMFAE SVKI ASKHGIGSLP MELFFEASNI RDTAQLKWIE AIKYYVQFKD YLYPYSLNPR RLFFIPEQVS SVSNIL NQE NIPADINQKA LLFRRAYAYV LSHPFCISGA KAIFVEDRIS |
-分子 #5: polymerase accessory protein
分子 | 名称: polymerase accessory protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Fako virus (ウイルス) / 株: CSW77 |
配列 | 文字列: MFAIPFTASQ VYSHLGLYQQ PIEKLDPLTK VQYESAEKLR DIITQLSRRS GGISLRKNLI RDIAFGNKPK LNIPSLTHQ VRHNREFKHG RGQFILVDSN GSDYYDGIFD DMVLILRSNF VLPNVPGIIS EQLRLIVIDN D FYLKHIPS EIAILRDVLS EHMVKVSIDG ...文字列: MFAIPFTASQ VYSHLGLYQQ PIEKLDPLTK VQYESAEKLR DIITQLSRRS GGISLRKNLI RDIAFGNKPK LNIPSLTHQ VRHNREFKHG RGQFILVDSN GSDYYDGIFD DMVLILRSNF VLPNVPGIIS EQLRLIVIDN D FYLKHIPS EIAILRDVLS EHMVKVSIDG VSLDDPYISK FFRKPFILYD HTKFRKVDLT KVVLINKTGK SK AQLIDKY KLTDDAVFIS YEVFDIMLQP VKSRDGDIEQ FVRMRGDIET WKMKIGTTFE SNLMELFIHG VPV MNSTSQ LQLDFQISDI RSANVFDEQI VCAAKLNGLR EQCLKESSLI RVNIIGQKGS GKSMLMRLIN ERGI PGISR KIICIDSDAY GKWKTQTQYL DDKFSALKLI NVDNLHEISQ DDNIISYYEQ FIIDQLLAHN ITISE HTNS IRFIKQFKVD TLKDIGRKFK ELYLADFKEQ IHFYEYLCGN IPEPSSTLLI TFLHATVETS AAPGTN MNF SLNTILYPLQ SILNRKRGAL VNFILNRIYD EMGTEAFTRL RPCDVWK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FSC |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) 検出モード: INTEGRATING / 実像数: 2400 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / ホルダー冷却材: NITROGEN |