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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7112 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human CPSF-160-WDR33-CPSF-30-PAS RNA complex at 3.4 A resolution | |||||||||
マップデータ | Human CPSF160-WDR33-CPSF30-PAS complex at 3.4 A resolution | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / collagen trimer / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / postreplication repair / tRNA processing in the nucleus ...co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / collagen trimer / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / postreplication repair / tRNA processing in the nucleus / RNA Polymerase II Transcription Termination / : / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / 核小体 / 転写後修飾 / sequence-specific double-stranded DNA binding / 精子形成 / intracellular membrane-bounded organelle / enzyme binding / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Simian virus 40 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Sun Y / Zhang Y / Hamilton K / Walz T / Tong L | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018 タイトル: Molecular basis for the recognition of the human AAUAAA polyadenylation signal. 著者: Yadong Sun / Yixiao Zhang / Keith Hamilton / James L Manley / Yongsheng Shi / Thomas Walz / Liang Tong / 要旨: Nearly all eukaryotic messenger RNA precursors must undergo cleavage and polyadenylation at their 3'-end for maturation. A crucial step in this process is the recognition of the AAUAAA ...Nearly all eukaryotic messenger RNA precursors must undergo cleavage and polyadenylation at their 3'-end for maturation. A crucial step in this process is the recognition of the AAUAAA polyadenylation signal (PAS), and the molecular mechanism of this recognition has been a long-standing problem. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of a quaternary complex of human CPSF-160, WDR33, CPSF-30, and an AAUAAA RNA at 3.4-Å resolution. Strikingly, the AAUAAA PAS assumes an unusual conformation that allows this short motif to be bound directly by both CPSF-30 and WDR33. The A1 and A2 bases are recognized specifically by zinc finger 2 (ZF2) of CPSF-30 and the A4 and A5 bases by ZF3. Interestingly, the U3 and A6 bases form an intramolecular Hoogsteen base pair and directly contact WDR33. CPSF-160 functions as an essential scaffold and preorganizes CPSF-30 and WDR33 for high-affinity binding to AAUAAA. Our findings provide an elegant molecular explanation for how PAS sequences are recognized for mRNA 3'-end formation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7112.map.gz | 24.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7112-v30.xml emd-7112.xml | 20.8 KB 20.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7112.png | 184.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7112 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7112 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7112.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Human CPSF160-WDR33-CPSF30-PAS complex at 3.4 A resolution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Quaternary complex of human CPSF-160-WDR33-CPSF-30 with AAUAAA po...
全体 | 名称: Quaternary complex of human CPSF-160-WDR33-CPSF-30 with AAUAAA polyadenylation signal |
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要素 |
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-超分子 #1: Quaternary complex of human CPSF-160-WDR33-CPSF-30 with AAUAAA po...
超分子 | 名称: Quaternary complex of human CPSF-160-WDR33-CPSF-30 with AAUAAA polyadenylation signal タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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分子量 | 実験値: 255 KDa |
-超分子 #2: CPSF-160-WDR33
超分子 | 名称: CPSF-160-WDR33 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
分子量 | 理論値: 225 KDa |
-超分子 #3: CPSF-30
超分子 | 名称: CPSF-30 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 27 KDa |
-超分子 #4: AAUAAA polyadenylation signal
超分子 | 名称: AAUAAA polyadenylation signal / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4 |
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由来(天然) | 生物種: Simian virus 40 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 5 KDa |
-分子 #1: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1
分子 | 名称: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 161.074234 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MYAVYKQAHP PTGLEFSMYC NFFNNSERNL VVAGTSQLYV YRLNRDAEAL TKNDRSTEGK AHREKLELAA SFSFFGNVMS MASVQLAGA KRDALLLSFK DAKLSVVEYD PGTHDLKTLS LHYFEEPELR DGFVQNVHTP RVRVDPDGRC AAMLVYGTRL V VLPFRRES ...文字列: MYAVYKQAHP PTGLEFSMYC NFFNNSERNL VVAGTSQLYV YRLNRDAEAL TKNDRSTEGK AHREKLELAA SFSFFGNVMS MASVQLAGA KRDALLLSFK DAKLSVVEYD PGTHDLKTLS LHYFEEPELR DGFVQNVHTP RVRVDPDGRC AAMLVYGTRL V VLPFRRES LAEEHEGLVG EGQRSSFLPS YIIDVRALDE KLLNIIDLQF LHGYYEPTLL ILFEPNQTWP GRVAVRQDTC SI VAISLNI TQKVHPVIWS LTSLPFDCTQ ALAVPKPIGG VVVFAVNSLL YLNQSVPPYG VALNSLTTGT TAFPLRTQEG VRI TLDCAQ ATFISYDKMV ISLKGGEIYV LTLITDGMRS VRAFHFDKAA ASVLTTSMVT MEPGYLFLGS RLGNSLLLKY TEKL QEPPA SAVREAADKE EPPSKKKRVD ATAGWSAAGK SVPQDEVDEI EVYGSEAQSG TQLATYSFEV CDSILNIGPC ANAAV GEPA FLSEEFQNSP EPDLEIVVCS GHGKNGALSV LQKSIRPQVV TTFELPGCYD MWTVIAPVRK EEEDNPKGEG TEQEPS TTP EADDDGRRHG FLILSREDST MILQTGQEIM ELDTSGFATQ GPTVFAGNIG DNRYIVQVSP LGIRLLEGVN QLHFIPV DL GAPIVQCAVA DPYVVIMSAE GHVTMFLLKS DSYGGRHHRL ALHKPPLHHQ SKVITLCLYR DLSGMFTTES RLGGARDE L GGRSGPEAEG LGSETSPTVD DEEEMLYGDS GSLFSPSKEE ARRSSQPPAD RDPAPFRAEP THWCLLVREN GTMEIYQLP DWRLVFLVKN FPVGQRVLVD SSFGQPTTQG EARREEATRQ GELPLVKEVL LVALGSRQSR PYLLVHVDQE LLIYEAFPHD SQLGQGNLK VRFKKVPHNI NFREKKPKPS KKKAEGGGAE EGAGARGRVA RFRYFEDIYG YSGVFICGPS PHWLLVTGRG A LRLHPMAI DGPVDSFAPF HNVNCPRGFL YFNRQGELRI SVLPAYLSYD APWPVRKIPL RCTAHYVAYH VESKVYAVAT ST NTPCARI PRMTGEEKEF ETIERDERYI HPQQEAFSIQ LISPVSWEAI PNARIELQEW EHVTCMKTVS LRSEETVSGL KGY VAAGTC LMQGEEVTCR GRILIMDVIE VVPEPGQPLT KNKFKVLYEK EQKGPVTALC HCNGHLVSAI GQKIFLWSLR ASEL TGMAF IDTQLYIHQM ISVKNFILAA DVMKSISLLR YQEESKTLSL VSRDAKPLEV YSVDFMVDNA QLGFLVSDRD RNLMV YMYL PEAKESFGGM RLLRRADFHV GAHVNTFWRT PCRGATEGLS KKSVVWENKH ITWFATLDGG IGLLLPMQEK TYRRLL MLQ NALTTMLPHH AGLNPRAFRM LHVDRRTLQN AVRNVLDGEL LNRYLYLSTM ERSELAKKIG TTPDIILDDL LETDRVT AH F |
-分子 #2: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33
分子 | 名称: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 67.546812 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVMATEI GSPPRFFHMP RFQHQAPRQL FYKRPDFAQQ QAMQQLTFDG KRMRKAVNRK TIDYNPSVIK YLENRIWQR DQRDMRAIQP DAGYYNDLVP PIGMLNNPMN AVTTKFVRTS TNKVKCPVFV VRWTPEGRRL VTGASSGEFT L WNGLTFNF ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVMATEI GSPPRFFHMP RFQHQAPRQL FYKRPDFAQQ QAMQQLTFDG KRMRKAVNRK TIDYNPSVIK YLENRIWQR DQRDMRAIQP DAGYYNDLVP PIGMLNNPMN AVTTKFVRTS TNKVKCPVFV VRWTPEGRRL VTGASSGEFT L WNGLTFNF ETILQAHDSP VRAMTWSHND MWMLTADHGG YVKYWQSNMN NVKMFQAHKE AIREASFSPT DNKFATCSDD GT VRIWDFL RCHEERILRG HGADVKCVDW HPTKGLVVSG SKDSQQPIKF WDPKTGQSLA TLHAHKNTVM EVKLNLNGNW LLT ASRDHL CKLFDIRNLK EELQVFRGHK KEATAVAWHP VHEGLFASGG SDGSLLFWHV GVEKEVGGME MAHEGMIWSL AWHP LGHIL CSGSNDHTSK FWTRNRPGDK MRDRYNLNLL PGMSEDGVEY DDLEPNSLAV IPGMGIPEQL KLAMEQEQMG KDESN EIEM TIPGLDWGME EVMQKDQKKV PQKKVPYAKP IPAQFQQAWM QNKVPIPAPN EVLNDRKEDI KLEEKKKTQA EIEQEM ATL QYTNPQLLEQ LKIERLAQKQ VEQI |
-分子 #3: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
分子 | 名称: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 27.646055 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GMQEIIASVD HIKFDLEIAV EQQLGAQPLP FPGMDKSGAA VCEFFLKAAC GKGGMCPFRH ISGEKTVVCK HWLRGLCKKG DQCEFLHEY DMTKMPECYF YSKFGECSNK ECPFLHIDPE SKIKDCPWYD RGFCKHGPLC RHRHTRRVIC VNYLVGFCPE G PSCKFMHP ...文字列: GMQEIIASVD HIKFDLEIAV EQQLGAQPLP FPGMDKSGAA VCEFFLKAAC GKGGMCPFRH ISGEKTVVCK HWLRGLCKKG DQCEFLHEY DMTKMPECYF YSKFGECSNK ECPFLHIDPE SKIKDCPWYD RGFCKHGPLC RHRHTRRVIC VNYLVGFCPE G PSCKFMHP RFELPMGTTE QPPLPQQTQP PAKQRTPQVI GVMQSQNSSA GNRGPRPLEQ VTCYKCGEKG HYANRCTKGH LA FLSGQ |
-分子 #4: RNA (5'-R(P*AP*AP*UP*AP*AP*AP*C)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*AP*AP*UP*AP*AP*AP*C)-3') / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Simian virus 40 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 5.361317 KDa |
配列 | 文字列: AACCUCCAAU AAACAAC |
-分子 #5: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.18 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.9 / 構成要素 - 濃度: 0.38 mM / 構成要素 - 式: NaCl塩化ナトリウム / 構成要素 - 名称: sodium chloride塩化ナトリウム / 詳細: 25 mM Tris-HCl, pH 7.9, 380 mM NaCl, 5 mM DTT |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.8 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.9 µm / 倍率(補正後): 46729 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 225000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2468 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 1144122 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 173632 |