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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6685 | |||||||||
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タイトル | Structure of Japanese encephalitis virus | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM map for the JEV particle | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell surface / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Japanese encephalitis virus (日本脳炎ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang X / Zhu L / Li S / Yuan S / Qin C / Fry EE / Stuart ID / Rao Z | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Near-atomic structure of Japanese encephalitis virus reveals critical determinants of virulence and stability. 著者: Xiangxi Wang / Shi-Hua Li / Ling Zhu / Qing-Gong Nian / Shuai Yuan / Qiang Gao / Zhongyu Hu / Qing Ye / Xiao-Feng Li / Dong-Yang Xie / Neil Shaw / Junzhi Wang / Thomas S Walter / Juha T ...著者: Xiangxi Wang / Shi-Hua Li / Ling Zhu / Qing-Gong Nian / Shuai Yuan / Qiang Gao / Zhongyu Hu / Qing Ye / Xiao-Feng Li / Dong-Yang Xie / Neil Shaw / Junzhi Wang / Thomas S Walter / Juha T Huiskonen / Elizabeth E Fry / Cheng-Feng Qin / David I Stuart / Zihe Rao / 要旨: Although several different flaviviruses may cause encephalitis, Japanese encephalitis virus is the most significant, being responsible for thousands of deaths each year in Asia. The structural and ...Although several different flaviviruses may cause encephalitis, Japanese encephalitis virus is the most significant, being responsible for thousands of deaths each year in Asia. The structural and molecular basis of this encephalitis is not fully understood. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of mature Japanese encephalitis virus at near-atomic resolution, which reveals an unusual "hole" on the surface, surrounded by five encephalitic-specific motifs implicated in receptor binding. Glu138 of E, which is highly conserved in encephalitic flaviviruses, maps onto one of these motifs and is essential for binding to neuroblastoma cells, with the E138K mutation abrogating the neurovirulence and neuroinvasiveness of Japanese encephalitis virus in mice. We also identify structural elements modulating viral stability, notably Gln264 of E, which, when replaced by His264 strengthens a hydrogen-bonding network, leading to a more stable virus. These studies unveil determinants of neurovirulence and stability in Japanese encephalitis virus, opening up new avenues for therapeutic interventions against neurotropic flaviviruses.Japanese encephalitis virus (JEV) is a Flavivirus responsible for thousands of deaths every year for which there are no specific anti-virals. Here, Wang et al. report the cryo-EM structure of mature JEV at near-atomic resolution and identify structural elements that modulate stability and virulence. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6685.map.gz | 757.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6685-v30.xml emd-6685.xml | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6685.png | 217.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6685 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6685 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6685_validation.pdf.gz | 626.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6685_full_validation.pdf.gz | 625.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6685_validation.xml.gz | 8.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_6685_validation.cif.gz | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6685 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6685 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6685.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map for the JEV particle | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Japanese encephalitis virus
全体 | 名称: Japanese encephalitis virus (日本脳炎ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Japanese encephalitis virus
超分子 | 名称: Japanese encephalitis virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 11072 / 生物種: Japanese encephalitis virus / Sci species strain: P3 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
Host system | 生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 組換細胞: vero / 組換プラスミド: no plasmids |
分子量 | 理論値: 11.8 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Envelope protein / 直径: 500.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: E protein
分子 | 名称: E protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Japanese encephalitis virus (日本脳炎ウイルス) 株: P3 / 器官: Homo sapiens |
分子量 | 理論値: 53.508684 KDa |
組換発現 | 生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) |
配列 | 文字列: FNCLGMGNRD FIEGASGATW VDLVLEGDSC LTIMANDKPT LDVRMINIEA SQLAEVRSYC YHASVTDIST VARCPMTGEA HNEKRADSS YVCKQGFTDR GWGNGCGLFG KGSIDTCAKF SCTSKAIGRT IQPENIKYEV GIFVHGTTTS ENHGNYSAQV G ASQAAKFT ...文字列: FNCLGMGNRD FIEGASGATW VDLVLEGDSC LTIMANDKPT LDVRMINIEA SQLAEVRSYC YHASVTDIST VARCPMTGEA HNEKRADSS YVCKQGFTDR GWGNGCGLFG KGSIDTCAKF SCTSKAIGRT IQPENIKYEV GIFVHGTTTS ENHGNYSAQV G ASQAAKFT VTPNAPSITL KLGDYGEVTL DCEPRSGLNT EAFYVMTVGS KSFLVHREWF HDLALPWTPP SSTAWRNREL LM EFEEAHA TKQSVVALGS QEGGLHQALA GAIVVEYSSS VKLTSGHLKC RLKMDKLALK GTTYGMCTGK FSFAKNPADT GHG TVVIEL SYSGSDGPCK IPIVSVASLN DMTPVGRLVT VNPFVATSSA NSKVLVEMEP PFGDSYIVVG RGDKQINHHW HKAG STLGK AFLTTLKGAQ RLAALGDTAW DFGSIGGVFN SIGKAVHQVF GGAFRTLFGG MSWITQGLMG ALLLWMGVNA RDRSI ALAF LATGGVLLFL ATNVHA |
-分子 #2: M protein
分子 | 名称: M protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Japanese encephalitis virus (日本脳炎ウイルス) 株: P3 / 器官: Homo sapiens |
分子量 | 理論値: 8.250488 KDa |
組換発現 | 生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) |
配列 | 文字列: SVSVQTHGES SLVNKTETWL DSTKATRYLM KTENWIIRNP GYAFLAAVLG WMLGSNNGQR VVFTILLLLV APAY |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS buffer |
グリッド | モデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: blot for 3 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-18 / 撮影したグリッド数: 5 / 実像数: 2500 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 1.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.2 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |