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- EMDB-6685: Structure of Japanese encephalitis virus -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 6685
タイトルStructure of Japanese encephalitis virus
マップデータCryo-EM map for the JEV particle
試料Japanese encephalitis virus日本脳炎:
virusウイルス / E protein / M protein
機能・相同性Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus non-structural protein NS1 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Envelope glycoprotein M, flavivirus / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus non-structural protein NS1 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Envelope glycoprotein M, flavivirus / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Helicase, C-terminal / Flavivirus NS3, petidase S7 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Ribosomal RNA methyltransferase FtsJ domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / Peptidase S1, PA clan / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Flavivirus non-structural protein NS4A / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / Flavivirus NS2B domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Flavivirus DEAD domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus non-structural protein NS4B / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / suppression by virus of host TYK2 activity / フラビビリン / mRNA (guanine-N7-)-methyltransferase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase / suppression by virus of host STAT2 activity / suppression by virus of host STAT1 activity / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / ATP-dependent helicase activity / RNA helicase activity / suppression by virus of host type I interferon-mediated signaling pathway / double-stranded RNA binding / ヘリカーゼ / nucleoside-triphosphatase / カプシド / RNA依存性RNAポリメラーゼ / induction by virus of host autophagy / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral RNA genome replication / RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / エンベロープ (ウイルス) / protein dimerization activity / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / serine-type endopeptidase activity / integral component of membrane / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / Genome polyprotein / Genome polyprotein / タンパク質分解
機能・相同性情報
由来Japanese encephalitis virus (日本脳炎ウイルス)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 4.3Å分解能
データ登録者Wang X / Zhu L / Li S / Yuan S / Qin C / Fry EE / Stuart ID / Rao Z
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2017
タイトル: Near-atomic structure of Japanese encephalitis virus reveals critical determinants of virulence and stability.
著者: Xiangxi Wang / Shi-Hua Li / Ling Zhu / Qing-Gong Nian / Shuai Yuan / Qiang Gao / Zhongyu Hu / Qing Ye / Xiao-Feng Li / Dong-Yang Xie / Neil Shaw / Junzhi Wang / Thomas S Walter / Juha T Huiskonen / Elizabeth E Fry / Cheng-Feng Qin / David I Stuart / Zihe Rao
構造検証レポートPDB-ID: 5wsn

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2016年12月7日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2016年12月21日 / マップ公開: 2017年5月17日 / 最新の更新: 2017年5月17日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: : PDB-5wsn
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデル: PDB-5wsn
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_6685.map.gz (map file in CCP4 format, 864001 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
600 pix
1.35 Å/pix.
= 810. Å
600 pix
1.35 Å/pix.
= 810. Å
600 pix
1.35 Å/pix.
= 810. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面のレベル:0.018 (by author), 0.018 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.023495236 - 0.0602432
平均 (標準偏差)0.00066363683 (0.0041144555)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions600600600
Origin0.00.00.0
Limit599.0599.0599.0
Spacing600600600
セルA=B=C: 810.0 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z600600600
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z810.000810.000810.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS600600600
D min/max/mean-0.0230.0600.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Japanese encephalitis virus

全体名称: Japanese encephalitis virus / 構成要素数: 3

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構成要素 #1: ウイルス, Japanese encephalitis virus

ウイルス名称: Japanese encephalitis virus日本脳炎 / クラス: VIRION / 中空か: No / エンベロープを持つか: Yes / 単離: STRAIN
分子量理論値: 11.8 MDa
生物種生物種: Japanese encephalitis virus (日本脳炎ウイルス)
: P3
由来(合成)発現系: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / ベクター: no plasmids / 発現系の細胞: vero
由来(天然)宿主: Homo sapiens (ヒト)
殻 #1要素名: Envelope protein / 直径: 500.0 Å / T番号(三角分割数): 3

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構成要素 #2: タンパク質, E protein

タンパク質名称: E protein / 個数: 3 / 組換発現: No
分子量理論値: 53.508684 kDa
由来生物種: Japanese encephalitis virus (日本脳炎ウイルス)
: P3
由来(合成)発現系: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)
由来(天然)臓器・器官・組織: Homo sapiens

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構成要素 #3: タンパク質, M protein

タンパク質名称: M protein / 個数: 3 / 組換発現: No
分子量理論値: 8.250488 kDa
由来生物種: Japanese encephalitis virus (日本脳炎ウイルス)
: P3
由来(合成)発現系: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)
由来(天然)臓器・器官・組織: Homo sapiens

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 2.5 mg/ml / 緩衝液: PBS buffer / pH: 7.4
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 温度: 298 K / 湿度: 95 % / 詳細: blot for 3 seconds before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 1.2 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズCs: 2 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 1200.0 - 3000.0 nm
試料ホルダモデル: OTHER
カメラディテクター: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 2500

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画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: I (正20面体型対称) / 投影像の数: 15260
3次元再構成ソフトウェア: Relion / 分解能: 4.3 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF

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原子モデル構築

モデリング #1当てはまり具合の基準: Correlation coefficient / 精密化に使用した空間: REAL
利用したPDBモデル: 3J57
鎖ID: A

Overall bvalue: 12
得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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