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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6478 | |||||||||
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タイトル | Single-particle cryo-electron microscopy reconstruction of the eukaryotic large ribosomal subunit | |||||||||
マップデータ | Single-particle cryo-EM reconstruction of the eukaryotic large 60S ribosomal subunit | |||||||||
試料 |
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キーワード | ribosome / translation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / structural constituent of ribosome / RNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Passos DO / Lyumkis D | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2015 タイトル: Single-particle cryoEM analysis at near-atomic resolution from several thousand asymmetric subunits. 著者: Dario Oliveira Passos / Dmitry Lyumkis / 要旨: A single-particle cryoEM reconstruction of the large ribosomal subunit from Saccharomyces cerevisiae was obtained from a dataset of ∼75,000 particles. The gold-standard and frequency-limited ...A single-particle cryoEM reconstruction of the large ribosomal subunit from Saccharomyces cerevisiae was obtained from a dataset of ∼75,000 particles. The gold-standard and frequency-limited approaches to single-particle refinement were each independently used to determine orientation parameters for the final reconstruction. Both approaches showed similar resolution curves and nominal resolution values for the 60S dataset, estimated at 2.9 Å. The amount of over-fitting present during frequency-limited refinement was quantitatively analyzed using the high-resolution phase-randomization test, and the results showed no apparent over-fitting. The number of asymmetric subunits required to reach specific resolutions was subsequently analyzed by refining subsets of the data in an ab initio manner. With our data collection and processing strategies, sub-nanometer resolution was obtained with ∼200 asymmetric subunits (or, equivalently for the ribosomal subunit, particles). Resolutions of 5.6 Å, 4.5 Å, and 3.8 Å were reached with ∼1000, ∼1600, and ∼5000 asymmetric subunits, respectively. At these resolutions, one would expect to detect alpha-helical pitch, separation of beta-strands, and separation of Cα atoms, respectively. Using this map, together with strategies for ab initio model building and model refinement, we built a region of the ribosomal protein eL6, which was missing in previous models of the yeast ribosome. The relevance for more routine high-resolution structure determination is discussed. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6478.map.gz | 104.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6478-v30.xml emd-6478.xml | 10.1 KB 10.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6478.gif 80_6478.gif | 80.2 KB 4.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6478 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6478 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6478_validation.pdf.gz | 367.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6478_full_validation.pdf.gz | 367.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6478_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6478 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6478 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6478.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Single-particle cryo-EM reconstruction of the eukaryotic large 60S ribosomal subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Saccharomyces cerevisiae large 60S ribosomal subunit
全体 | 名称: Saccharomyces cerevisiae large 60S ribosomal subunit |
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要素 |
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-超分子 #1000: Saccharomyces cerevisiae large 60S ribosomal subunit
超分子 | 名称: Saccharomyces cerevisiae large 60S ribosomal subunit タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 2.5 MDa |
-超分子 #1: 60S large ribosomal subunit
超分子 | 名称: 60S large ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: LSU 60S |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BY4741 / 別称: yeast / 細胞中の位置: cytosol |
分子量 | 理論値: 2.5 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.8 詳細: 50 mM HEPES-KOH, 100 mM KOAc, 5 mM MgOAc, 1 mM EDTA, 2 mM DTT |
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グリッド | 詳細: 400 mesh, 1.2x1.3 micron C-flat grids, plasma-treated for 5 seconds |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 手法: A 3 uL sample was applied onto a freshly plasma-treated (6 seconds, Gatan Solarus plasma cleaner) holey carbon C-flat grid (Protochips, Inc.), allowing the sample to adsorb for 30 seconds. ...手法: A 3 uL sample was applied onto a freshly plasma-treated (6 seconds, Gatan Solarus plasma cleaner) holey carbon C-flat grid (Protochips, Inc.), allowing the sample to adsorb for 30 seconds. The sample was then plunge-frozen in liquid ethane using a manual cryo-plunger in ambient atmosphere at 4 degrees C. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected within the Leginon software. |
詳細 | super-resolution imaging |
日付 | 2014年9月2日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 1833 / 平均電子線量: 25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 38167 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: each particle |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Frealign / 詳細: B-factor of -50 applied to final map / 使用した粒子像数: 75653 |