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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6439 | |||||||||
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タイトル | Helical cryo-EM reconstruction of HIV Rev filament | |||||||||
マップデータ | Helical Reconstruction of HIV-1 Rev filament | |||||||||
試料 |
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キーワード | HIV Rev filament / helical assembly / HIV life cycle / viral RNA (RNAウイルス) / nuclear export (核外搬出シグナル) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to nucleoplasm / host cell nucleolus / mRNA transport / viral process / host cell cytoplasm / DNA-binding transcription factor activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.3 Å | |||||||||
データ登録者 | DiMattia MA / Watts NR / Cheng N / Huang R / Heymann JB / Wingfield PT / Grimes JM / Stuart DI / Steven AC | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2016 タイトル: The Structure of HIV-1 Rev Filaments Suggests a Bilateral Model for Rev-RRE Assembly. 著者: Michael A DiMattia / Norman R Watts / Naiqian Cheng / Rick Huang / J Bernard Heymann / Jonathan M Grimes / Paul T Wingfield / David I Stuart / Alasdair C Steven / 要旨: HIV-1 Rev protein mediates the nuclear export of viral RNA genomes. To do so, Rev oligomerizes cooperatively onto an RNA motif, the Rev response element (RRE), forming a complex that engages with the ...HIV-1 Rev protein mediates the nuclear export of viral RNA genomes. To do so, Rev oligomerizes cooperatively onto an RNA motif, the Rev response element (RRE), forming a complex that engages with the host nuclear export machinery. To better understand Rev oligomerization, we determined four crystal structures of Rev N-terminal domain dimers, which show that they can pivot about their dyad axis, giving crossing angles of 90° to 140°. In parallel, we performed cryoelectron microscopy of helical Rev filaments. Filaments vary from 11 to 15 nm in width, reflecting variations in dimer crossing angle. These structures contain additional density, indicating that C-terminal domains become partially ordered in the context of filaments. This conformational variability may be exploited in the assembly of RRE/Rev complexes. Our data also revealed a third interface between Revs, which offers an explanation for how the arrangement of Rev subunits adapts to the "A"-shaped architecture of the RRE in export-active complexes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6439.map.gz | 92.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6439-v30.xml emd-6439.xml | 9 KB 9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6439.gif 80_6439.gif | 61.1 KB 4.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6439 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6439 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6439.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Helical Reconstruction of HIV-1 Rev filament | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0155 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : HIV-1 Rev filament
全体 | 名称: HIV-1 Rev filament |
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要素 |
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-超分子 #1000: HIV-1 Rev filament
超分子 | 名称: HIV-1 Rev filament / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: polymerized filament of Rev dimers / Number unique components: 1 |
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-分子 #1: Rev protein
分子 | 名称: Rev protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 集合状態: helical polymer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 別称: HIV-1 |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | UniProtKB: Protein Rev |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 2.0 mg/mL |
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グリッド | 詳細: C-flat holey carbon grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 100 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.09 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.99 µm / 倍率(公称値): 20000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
日付 | 2015年2月19日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 93 / 平均電子線量: 25 e/Å2 詳細: Every image is the average of 30 frames recorded by the direct electron detector. |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 21.2 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 22.1 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C6 (6回回転対称) アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: BSOFT |
詳細 | The particles were aligned using IHRSR. |