PDB-5dhx: HIV-1 Rev NTD dimers with variable crossing angles

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dhx

タイトル

HIV-1 Rev NTD dimers with variable crossing angles

要素

Anti-Rev Antibody Fab single-chain variable fragment, light chain,Anti-Rev Antibody Fab single-chain variable fragment, heavy chain
Protein Rev

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HIV / helical hairpin / RNA-binding / nuclear export

機能・相同性

機能・相同性情報

protein localization to nucleoplasm / host cell nucleolus / mRNA transport / viral process / protein export from nucleus / host cell cytoplasm / DNA-binding transcription factor activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

DiMattia, M.A. / Watts, N.R. / Wingfield, P.T. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I. / Steven, A.C.

資金援助

米国,

英国, 3件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: The Structure of HIV-1 Rev Filaments Suggests a Bilateral Model for Rev-RRE Assembly.
著者: Michael A DiMattia / Norman R Watts / Naiqian Cheng / Rick Huang / J Bernard Heymann / Jonathan M Grimes / Paul T Wingfield / David I Stuart / Alasdair C Steven /

要旨: HIV-1 Rev protein mediates the nuclear export of viral RNA genomes. To do so, Rev oligomerizes cooperatively onto an RNA motif, the Rev response element (RRE), forming a complex that engages with the ...

履歴

登録	2015年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月20日	Group: Database references
改定 1.2	2016年9月21日	Group: Other
改定 1.3	2017年8月2日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.4	2017年8月30日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dhx.cif.gz	232.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dhx.ent.gz	187.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dhx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/5dhx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/5dhx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6439C 5dhvC 5dhyC 5dhzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dhv-2 5dhv-1 5dhy-1 4fsm-d 4fsq-d 2nyx-2 4ftj-d 2nyx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Anti-Rev Antibody Fab single-chain variable fragment, light chain,Anti-Rev Antibody Fab single-chain variable fragment, heavy chain

C: Protein Rev

L: Anti-Rev Antibody Fab single-chain variable fragment, light chain,Anti-Rev Antibody Fab single-chain variable fragment, heavy chain

M: Protein Rev

68.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Anti-Rev Antibody Fab single-chain variable fragment, light chain,Anti-Rev Antibody Fab single-chain variable fragment, heavy chain

C: Protein Rev

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

L: Anti-Rev Antibody Fab single-chain variable fragment, light chain,Anti-Rev Antibody Fab single-chain variable fragment, heavy chain

M: Protein Rev

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.528, 87.101, 166.669
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	Anti-Rev Antibody Fab single-chain variable fragment, light chain,Anti-Rev Antibody Fab single-chain variable fragment, heavy chain 分子量: 26456.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Protein Rev / ART/TRS / Anti-repression transactivator / Regulator of expression of viral proteins 分子量: 7750.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: rev / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69718, UniProt: P04616*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Crystals of scFv-Rev were initially grown in 20% PEG 3350, a variety of salts (200 mM sodium sulfate, sodium bromide, or ammonium phosphate dibasic), and pH ranging from 6.5-8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 14917 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 80.69 Å² / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 13.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称: BUSTER / バージョン: 2.9.2 / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2.9→46.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8839 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8587 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2732	750	5.03 %	RANDOM
R_work	0.2459	-	-	-
obs	0.2473	14917	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.9128 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	12.9291 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.0163 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.507 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.9→46.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4381	0	0	0	4381

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	4492	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.21	6126	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1448	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		82	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		665	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		4492	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.02
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	21.69
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		606	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		4873	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.9→3.1 Å / Total num. of bins used: 8

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3155	146	5.51 %
R_work	0.2345	2503	-
all	0.2388	2649	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0	0.0702	-0.8394	1.1221	-0.5631	5.8928	-0.1078	0.0305	0.0168	-0.0868	0.0143	-0.0352	-0.0342	-0.121	0.0935	0.0662	-0.0058	0.0671	-0.0405	-0.0334	-0.0566	-30.9525	-8.4136	10.4561
2	2.0314	1.2402	0.332	4.3536	1.5549	1.648	0.0317	-0.113	0.1644	-0.1841	0.0275	-0.3595	-0.5442	0.4296	-0.0591	0.304	-0.152	0.152	-0.1231	0.0105	-0.0876	-17.4416	7.0651	3.9945
3	4.0468	-1.6164	2.8093	3.7785	-0.7009	3.3141	-0.2545	-0.2267	0.1138	-0.5442	0.2177	0.1084	0.3416	-0.3442	0.0368	0.2042	-0.152	0.0365	-0.0638	-0.0624	-0.1657	-34.3051	-6.5325	-14.6749
4	1.287	0.0503	-0.4266	4.7872	1.0663	1.0634	0.0465	-0.0191	0.0377	0.0355	-0.0578	0.1077	-0.0499	0.0065	0.0112	0.0734	-0.0111	0.03	-0.1111	-0.0016	0.0041	1.098	-10.784	37.9904
5	0.9515	-0.4459	-0.5883	4.2175	-0.0738	1.3695	-0.0006	-0.1473	0.0138	0.4538	-0.074	0.5442	-0.0089	0.0011	0.0745	0.0113	-0.058	0.1228	-0.1749	0.0206	0.1407	-11.5414	-25.1997	46.8093
6	4.6071	-2.9104	1.4849	4.7766	-1.8913	3.1518	0.0983	0.0299	-0.1105	-0.5408	-0.1404	-0.1677	0.2174	0.3215	0.0421	0.1329	0.0089	0.0618	-0.0774	-0.0206	-0.098	5.7535	-31.3629	25.3436

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ B\|1 - B\|110 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|111 - B\|231 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|5 - C\|65 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ L\|1 - L\|110 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ L\|111 - L\|227 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ M\|5 - M\|65 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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