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万見
- EMDB-6134: Negative stain random conical tilt reconstructions of E. coli rib... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6134
タイトルNegative stain random conical tilt reconstructions of E. coli ribosomal 30S subunit assembly intermediates
マップデータGroup II 30S assembly intermediate from E. coli rimP deletion strain (volume 5 Figure 5D)
試料
  • 試料: Group II 30S assembly intermediate from E. coli rimP deletion strain (volume 5 of 10)
  • 複合体: 30S assembly intermediate
キーワードRibosome assembly (リボソーム) / 30S subunit / Assembly intermediate
生物種Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 55.0 Å
データ登録者Sashital DG / Greeman CA / Lyumkis D / Potter CS / Carragher B / Williamson JR
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: A combined quantitative mass spectrometry and electron microscopy analysis of ribosomal 30S subunit assembly in E. coli.
著者: Dipali G Sashital / Candacia A Greeman / Dmitry Lyumkis / Clinton S Potter / Bridget Carragher / James R Williamson /
要旨: Ribosome assembly is a complex process involving the folding and processing of ribosomal RNAs (rRNAs), concomitant binding of ribosomal proteins (r-proteins), and participation of numerous accessory ...Ribosome assembly is a complex process involving the folding and processing of ribosomal RNAs (rRNAs), concomitant binding of ribosomal proteins (r-proteins), and participation of numerous accessory cofactors. Here, we use a quantitative mass spectrometry/electron microscopy hybrid approach to determine the r-protein composition and conformation of 30S ribosome assembly intermediates in Escherichia coli. The relative timing of assembly of the 3' domain and the formation of the central pseudoknot (PK) structure depends on the presence of the assembly factor RimP. The central PK is unstable in the absence of RimP, resulting in the accumulation of intermediates in which the 3'-domain is unanchored and the 5'-domain is depleted for r-proteins S5 and S12 that contact the central PK. Our results reveal the importance of the cofactor RimP in central PK formation, and introduce a broadly applicable method for characterizing macromolecular assembly in cells.
履歴
登録2014年10月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年10月22日-
マップ公開2014年10月22日-
更新2014年12月3日-
現状2014年12月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
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  • 表面レベル: 0.9
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6134.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6134.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 41.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Group II 30S assembly intermediate from E. coli rimP deletion strain (volume 5 Figure 5D)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.0504 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.9 / ムービー #1: 0.9
最小 - 最大-1.15457797 - 3.87804914
平均 (標準偏差)-0.00348073 (±0.23060265)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 459.2896 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.05040178571432.05040178571432.0504017857143
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z459.290459.290459.290
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ969680
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-1.1553.878-0.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Group II 30S assembly intermediate from E. coli rimP deletion str...

全体名称: Group II 30S assembly intermediate from E. coli rimP deletion strain (volume 5 of 10)
要素
  • 試料: Group II 30S assembly intermediate from E. coli rimP deletion strain (volume 5 of 10)
  • 複合体: 30S assembly intermediate

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超分子 #1000: Group II 30S assembly intermediate from E. coli rimP deletion str...

超分子名称: Group II 30S assembly intermediate from E. coli rimP deletion strain (volume 5 of 10)
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Group II particles from heterogeneous sample taken from the center of the 30S sucrose gradient peak of E. coli rimP deletion strain lysate
Number unique components: 1
分子量理論値: 800 KDa
手法: Sedimentation and calculation of MW of known components

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超分子 #1: 30S assembly intermediate

超分子名称: 30S assembly intermediate / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 30S ribosomal subunit / 詳細: Particles from center of 30S sucrose gradient peak / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: SSU 30S, PSR16s
Ref GOdivclassse qspanoncli ckpopupspa nclassgree n(this)spandata popltspanc lassquotlo adingbarqu otgtltimgs rcquotimgl oadinggifq uotdecodin gquotasync quotgtltsp angtdataur lajaxphp?m odetaxoamp ...
divclassse qspanoncli ckpopupspa nclassgree n(this)spandata popltspanc lassquotlo adingbarqu otgtltimgs rcquotimgl oadinggifq uotdecodin gquotasync quotgtltsp angtdataur lajaxphp?m odetaxoamp kGO3A00058 40ampajax1 classpoptr giGO000584 0ispandiv
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 800 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.015 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Tris, pH 7.5, 100 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 0.5 mM EDTA, 6 mM 2-mercaptoethanol
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Negative stain grids were prepared by applying the sample (3 uL) to the grid for 1 min, then blotting from the side to remove excess sample. The grid was washed immediately with 3 uL Buffer ...詳細: Negative stain grids were prepared by applying the sample (3 uL) to the grid for 1 min, then blotting from the side to remove excess sample. The grid was washed immediately with 3 uL Buffer A, then blotted from the side. Concurrent with blotting, 3 uL of fresh 2% uranyl formate was applied to the grid, then blotted from the side. This step was repeated twice, then the grid was allowed to dry for at least 10 minutes.
グリッド詳細: C-flat grids (Protochips) with 2 micron diameter holes coated with a thin (2-5 nm) layer of continuous carbon support, plasma-cleaned for 5s
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle min: -50
温度最低: 298 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 52,000 times magnification using a live image of the power spectrum.
日付2013年4月22日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 1360 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / 詳細: 680 tilt pairs were collected at -50 and 0 degrees.
Tilt angle max0
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 2次元分類クラス数: 1
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 55.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider, Appion / 詳細: RCT reconstruction / 使用した粒子像数: 544
詳細Image tilt pairs were collected (-50 and 0 degrees) and particle tilt pairs were identified and extracted as two separate stacks. The untilted stack was aligned and classified iteratively, and RCT volumes were created for a single class average by applying alignment parameters to the corresponding tilt pairs.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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