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- PDB-4oo8: Crystal structure of Streptococcus pyogenes Cas9 in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oo8
タイトルCrystal structure of Streptococcus pyogenes Cas9 in complex with guide RNA and target DNA
要素
  • CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*C)-3')
  • RNA (97-MER)
キーワードHydrolase/DNA/RNA / Hydrolase-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated endonuclease Cas9, PAM-interacting domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9, bridge helix / CRISPR-associated endonuclease Cas9, REC lobe / REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Bridge helix of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / : / Cas9 RuvC domain / HNH endonuclease / CRISPR-associated endonuclease Cas9 ...CRISPR-associated endonuclease Cas9, PAM-interacting domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9, bridge helix / CRISPR-associated endonuclease Cas9, REC lobe / REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Bridge helix of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / : / Cas9 RuvC domain / HNH endonuclease / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of Cas9 in complex with guide RNA and target DNA
著者: Nishimasu, H. / Ran, F.A. / Hsu, P.D. / Konermann, S. / Shehata, S.I. / Dohmae, N. / Ishitani, R. / Zhang, F. / Nureki, O.
履歴
登録2014年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns_shell / struct_ref_seq_dif
Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
B: RNA (97-MER)
C: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*C)-3')
D: CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
E: RNA (97-MER)
F: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)395,1696
ポリマ－395,1696
非ポリマー00
水2,594144
1
A: CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
B: RNA (97-MER)
C: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,5843
ポリマ－197,5843
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18170 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area72230 Å2
手法PISA
2
D: CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
E: RNA (97-MER)
F: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,5843
ポリマ－197,5843
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17020 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area66610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.713, 105.694, 126.817
Angle α, β, γ (deg.)97.68, 98.43, 100.31
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1


分子量: 158964.062 Da / 分子数: 2 / 変異: D10A/C80L/H840A/C574E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
遺伝子: cas9 / プラスミド: pCold-GST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3)
参照: UniProt: Q99ZW2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 RNA (97-MER)


分子量: 31689.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Single guide RNA
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*C)-3')


分子量: 6930.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Target DNA
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 12% PEG 3350, 100mM Tris-HCl, 200mM ammonium acetate, 150mM NaCl, 100mM NDSB-256, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→46.883 Å / Num. obs: 130485 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 59.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 0.946 / Net I/σ(I): 25.27
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 1.1 / Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.5-2.650.7952.116272421458206431.13496.2
2.65-2.830.9293.8415743920084197290.61898.2
2.83-3.060.9746.8214687918694183940.33998.4
3.06-3.350.99614.2613557717223169910.15198.7
3.35-3.740.99827.3612253415574153960.07698.9
3.74-4.320.99945.7310783313713135850.04299.1
4.32-5.28162.679154111667115880.0399.3
5.28-7.41167.870273901189590.02799.4
7.41187.0637075508048960.01996.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.8.3_1479精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
BSSデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SeMet-labelled Cas9

解像度: 2.5→46.701 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 29.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2536 6521 5 %RANDOM
Rwork0.2219 ---
all0.2235 130396 --
obs0.2235 130396 98.53 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 206.9 Å2 / Biso mean: 80.5122 Å2 / Biso min: 25.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.701 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18997 5012 0 144 24153
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00224952
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52634943
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0224174
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023612
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.589664
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.52840.37892190.34144151437098
2.5284-2.55820.35752160.32234100431698
2.5582-2.58940.34142160.3184100431698
2.5894-2.62210.35732150.31584091430698
2.6221-2.65660.34382170.31244127434498
2.6566-2.6930.32392150.29984068428398
2.693-2.73150.34682160.29514110432698
2.7315-2.77230.34492170.29124128434598
2.7723-2.81560.32742170.28874125434298
2.8156-2.86170.32032170.27814109432698
2.8617-2.91110.30912160.29324098431498
2.9111-2.9640.32882190.29454169438898
2.964-3.0210.30272170.28774113433098
3.021-3.08260.30692180.27864151436999
3.0826-3.14970.30172150.26664091430699
3.1497-3.22290.30392190.25844156437599
3.2229-3.30350.2872180.24874148436699
3.3035-3.39280.27452150.24624085430099
3.3928-3.49260.26892200.24344182440299
3.4926-3.60530.26522180.23954134435299
3.6053-3.73410.24192180.22044143436199
3.7341-3.88350.25952170.21524132434999
3.8835-4.06020.25522200.20754186440699
4.0602-4.27410.23682190.19744154437399
4.2741-4.54170.23772180.19074132435099
4.5417-4.8920.19942180.18444152437099
4.892-5.38360.23412190.18814165438499
5.3836-6.16120.22532200.199441714391100
6.1612-7.75660.20762200.194941834403100
7.7566-46.70960.18742120.16574021423396
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6309-0.2809-0.01031.12530.12810.87490.08590.22250.2645-0.0921-0.0323-0.2022-0.11150.0605-0.00060.2224-0.06010.00360.45890.05940.4072-11.6525110.4606-35.8384
20.5319-0.3274-0.0882-0.0175-0.09810.8302-0.05650.15450.0519-0.03010.1337-0.22620.20020.10610.00610.6418-0.10620.0660.47340.0150.3804-14.30980.1578-43.6269
30.3505-0.3568-0.37151.5652-0.3611.9865-0.0850.0745-0.09930.16060.16650.1740.4065-0.57750.10.4713-0.175-0.05990.5230.02710.326-28.299373.9036-12.8286
40.46090.1187-0.52060.0142-0.15420.31810.00010.5302-0.0414-0.0142-0.2497-0.32970.2924-0.212-0.01630.4877-0.00020.120.7169-0.05660.5753-9.043994.9402-36.3115
50.42480.1923-0.44840.1268-0.01660.5382-0.0409-0.03860.31540.63520.1320.1256-0.0271-0.300200.7030.06320.16540.5908-0.01160.5996-39.4881124.5033-8.3969
60.45380.1311-0.09630.1714-0.12620.2027-0.1658-0.12120.07190.699-0.0018-1.3588-0.18490.2495-0.05330.6481-0.0667-0.28890.5731-0.04020.6996-6.995497.9952-8.1476
71.0473-0.3107-0.60780.49630.1781.1496-0.1394-0.2370.02380.0156-0.1338-0.67541.39330.9134-0.06091.33790.0274-0.1910.39450.10510.6365-11.301860.0376-4.2289
80.0545-0.10640.03860.2272-0.23070.1297-0.04190.4497-0.29110.054-0.1483-0.37190.50510.095-00.64260.02150.06220.63830.01480.5276-14.3996103.8534-30.7869
90.0257-0.0064-0.0467-0.0341-0.00160.03060.32370.4978-0.6332-0.1971-0.33220.0727-0.08580.02070.00040.80630.05540.08730.9868-0.26880.8176-4.679380.0954-47.1173
100.56480.33840.22790.76410.28280.56950.0614-0.0591-0.01090.27130.0592-0.18330.1886-0.12410.00510.43110.0391-0.02590.39750.03550.347125.10946.362137.5877
110.4030.3199-0.08391.41240.29350.3506-0.0761-0.17620.21330.2448-0.14560.47580.1688-0.1768-0.00430.527-0.03250.11860.5362-0.06180.50678.98732.468558.8687
121.6587-0.1072-0.0420.31110.12730.942-0.10660.34070.29020.0087-0.0356-0.1203-0.2223-0.1705-00.42080.0058-0.02190.38370.0710.487130.388249.249419.3747
130.07370.33920.32221.22680.35210.4526-0.0682-0.0166-0.05450.22710.1132-0.32590.08260.03750.00470.40270.01170.03130.4973-0.01450.574837.241813.878827.95
140.77080.4198-0.30350.57910.3710.6569-0.1779-0.19481.16060.32380.0602-0.1645-0.28610.2968-0.00170.8533-0.0364-0.20870.6019-0.10841.307740.796564.989431.2626
150.01920.00560.00430.0254-0.00290.0022-0.22590.27290.341-0.30520.1155-0.054-0.43840.1450.00120.6448-0.03780.04730.65990.13750.838531.34218.342420.857
160.00030.00080.00890.0260.0020.0360.07960.322-0.01830.44570.0001-0.1726-0.4092-0.5002-00.54670.05320.08850.62020.01120.628821.161214.034740.7693
170.01310.00270.0060.0219-0.00990.00920.11980.12360.25980.2501-0.33710.16230.0381-0.49710.00010.51960.16490.17740.74280.05910.675515.219231.504144.6599
18-0.00850.00520.00160.002-0.0005-0.00380.2051-0.02550.0478-0.081-0.75590.37020.2894-0.04670.00030.85320.22660.07721.0981-0.14891.2044-1.362739.912847.1558
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 3 THROUGH 678 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 679 THROUGH 959 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 960 THROUGH 1366 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 1 THROUGH 20 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 21 THROUGH 52 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 53 THROUGH 70 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 71 THROUGH 97 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 10 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN C AND (RESID 11 THROUGH 20 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN D AND (RESID 3 THROUGH 551 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN D AND (RESID 552 THROUGH 919 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN D AND (RESID 920 THROUGH 1366 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN E AND (RESID 1 THROUGH 70 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN E AND (RESID 71 THROUGH 97 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN F AND (RESID -1 THROUGH 3 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN F AND (RESID 4 THROUGH 8 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN F AND (RESID 9 THROUGH 13 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN F AND (RESID 14 THROUGH 20 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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