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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5801
タイトルStructure of the mammalian ribosomal pre-termination complex associated with eRF1-eRF3-GDPNP
マップデータReconstruction of the eRF1-eRF3-GDPNP-bound mammalian ribosomal pre-termination complex assembled in vitro on a derivative of beta-globin mRNA encoding MVHL tetrapeptide followed by a UAA stop codon. The P-site is occupied by a tRNAleu.
試料
  • 試料: eRF1-eRF3-GDPNP-bound mammalian ribosomal pre-termination complex
  • 複合体: 80S ribosomeEukaryotic ribosome
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic release factor 1
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic release factor 3
  • RNA: Transfer-messenger RNA Leu
  • RNA: messenger RNA伝令RNA
キーワードTranslation termination / eRF1 / eRF3 / tRNAleu / ribosome (リボソーム) / mammalian (哺乳類)
機能・相同性
機能・相同性情報


translation termination factor activity / cytoplasmic translational termination / translation release factor complex / regulation of translational termination / translation release factor activity / translation release factor activity, codon specific / protein methylation / sequence-specific mRNA binding / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay ...translation termination factor activity / cytoplasmic translational termination / translation release factor complex / regulation of translational termination / translation release factor activity / translation release factor activity, codon specific / protein methylation / sequence-specific mRNA binding / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / ヒドロキシル化 / Eukaryotic Translation Termination / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / translational termination / cytosolic ribosome / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / G1/S transition of mitotic cell cycle / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ribosome binding / 翻訳 (生物学) / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Peptide chain release factor eRF1/aRF1 / eRF1, domain 1 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1 / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 / eRF1, domain 2 superfamily / eRF1 domain 3 / eRF1_1 ...Peptide chain release factor eRF1/aRF1 / eRF1, domain 1 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1 / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 / eRF1, domain 2 superfamily / eRF1 domain 3 / eRF1_1 / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / 50S ribosomal protein L30e-like / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A / Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 9.7 Å
データ登録者des Georges A / Hashem H / Unbehaun A / Grassucci RA / Taylor D / Hellen CUT / Pestova TV / Frank J
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / : 2014
タイトル: Structure of the mammalian ribosomal pre-termination complex associated with eRF1.eRF3.GDPNP.
著者: Amédée des Georges / Yaser Hashem / Anett Unbehaun / Robert A Grassucci / Derek Taylor / Christopher U T Hellen / Tatyana V Pestova / Joachim Frank /
要旨: Eukaryotic translation termination results from the complex functional interplay between two release factors, eRF1 and eRF3, in which GTP hydrolysis by eRF3 couples codon recognition with peptidyl- ...Eukaryotic translation termination results from the complex functional interplay between two release factors, eRF1 and eRF3, in which GTP hydrolysis by eRF3 couples codon recognition with peptidyl-tRNA hydrolysis by eRF1. Here, we present a cryo-electron microscopy structure of pre-termination complexes associated with eRF1•eRF3•GDPNP at 9.7 -Å resolution, which corresponds to the initial pre-GTP hydrolysis stage of factor attachment and stop codon recognition. It reveals the ribosomal positions of eRFs and provides insights into the mechanisms of stop codon recognition and triggering of eRF3's GTPase activity.
履歴
置き換えID: EMD-5518
登録2013年11月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年12月25日-
マップ公開2013年12月25日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-3j5y
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  • 原子モデルPDB-3j5y
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5801.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 104.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the eRF1-eRF3-GDPNP-bound mammalian ribosomal pre-termination complex assembled in vitro on a derivative of beta-globin mRNA encoding MVHL tetrapeptide followed by a UAA stop codon. The P-site is occupied by a tRNAleu.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.5 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.02488585 - 0.08083032
平均 (標準偏差)0.00140791 (±0.0087062)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ304304304
Spacing304304304
セルA=B=C: 456.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.51.51.5
M x/y/z304304304
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z456.000456.000456.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS304304304
D min/max/mean-0.0250.0810.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : eRF1-eRF3-GDPNP-bound mammalian ribosomal pre-termination complex

全体名称: eRF1-eRF3-GDPNP-bound mammalian ribosomal pre-termination complex
要素
  • 試料: eRF1-eRF3-GDPNP-bound mammalian ribosomal pre-termination complex
  • 複合体: 80S ribosomeEukaryotic ribosome
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic release factor 1
  • タンパク質・ペプチド: eukaryotic release factor 3
  • RNA: Transfer-messenger RNA Leu
  • RNA: messenger RNA伝令RNA

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超分子 #1000: eRF1-eRF3-GDPNP-bound mammalian ribosomal pre-termination complex

超分子名称: eRF1-eRF3-GDPNP-bound mammalian ribosomal pre-termination complex
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 5
分子量理論値: 4.5 MDa / 手法: calculation

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超分子 #1: 80S ribosome

超分子名称: 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit / 組織: blood / 細胞: red blood cells
分子量理論値: 4.5 MDa

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分子 #1: eukaryotic release factor 1

分子名称: eukaryotic release factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: eRF1 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human
分子量理論値: 480 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1

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分子 #2: eukaryotic release factor 3

分子名称: eukaryotic release factor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: eRF3 / 詳細: 138 aa N-terminal deletion / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human
分子量理論値: 540 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A

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分子 #3: Transfer-messenger RNA Leu

分子名称: Transfer-messenger RNA Leu / タイプ: rna / ID: 3 / Name.synonym: tRNAleu
詳細: Native tRNAs were aminoacylated with Met, Val, His, and Leu using native aminoacyl-tRNA synthetases.
分類: OTHER / Structure: OTHER / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit
分子量理論値: 25 KDa

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分子 #4: messenger RNA

分子名称: messenger RNA / タイプ: rna / ID: 4 / Name.synonym: mRNA
詳細: beta-globin mRNA encoding MVHL tetrapeptide followed by a UAA stop codon
分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Tris, 100 mM KOAc, 2.5 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.25 mM spermidine supplemented with 200 units RNasin, 0.4 mM ATP, 3 mM Mg-GMPPNP
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryo
グリッド詳細: Quantifoil grids, glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.1 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM
日付2010年1月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
平均電子線量: 25 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each Particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 48973
詳細Images were classified and refined with RELION.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: F
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Domains were fitted as rigid bodies using Chimera. Individual domains were then refined manually using hinge points as points of flexibility.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross correlation
得られたモデル

PDB-3j5y:
Structure of the mammalian ribosomal pre-termination complex associated with eRF1-eRF3-GDPNP

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross correlation
得られたモデル

PDB-3j5y:
Structure of the mammalian ribosomal pre-termination complex associated with eRF1-eRF3-GDPNP

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross correlation
得られたモデル

PDB-3j5y:
Structure of the mammalian ribosomal pre-termination complex associated with eRF1-eRF3-GDPNP

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原子モデル構築 4

初期モデルPDB ID:

Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross correlation
得られたモデル

PDB-3j5y:
Structure of the mammalian ribosomal pre-termination complex associated with eRF1-eRF3-GDPNP

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原子モデル構築 5

初期モデルPDB ID:

Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross correlation
得られたモデル

PDB-3j5y:
Structure of the mammalian ribosomal pre-termination complex associated with eRF1-eRF3-GDPNP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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