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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5741 | |||||||||
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タイトル | Single-particle Electron Microscopy Structure of the TRAPPIII Complex | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of yeast TRAPPIII complex, filtered to 22 Angstrom resolution | |||||||||
試料 |
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キーワード | autophagy | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Tan D / Cai Y / Wang J / Zhang J / Menon S / Chou H-T / Ferro-Novick S / Reinisch KM / Walz T | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2013 タイトル: The EM structure of the TRAPPIII complex leads to the identification of a requirement for COPII vesicles on the macroautophagy pathway. 著者: Dongyan Tan / Yiying Cai / Juan Wang / Jinzhong Zhang / Shekar Menon / Hui-Ting Chou / Susan Ferro-Novick / Karin M Reinisch / Thomas Walz / 要旨: The transport protein particle (TRAPP) III complex, comprising the TRAPPI complex and additional subunit Trs85, is an autophagy-specific guanine nucleotide exchange factor for the Rab GTPase Ypt1 ...The transport protein particle (TRAPP) III complex, comprising the TRAPPI complex and additional subunit Trs85, is an autophagy-specific guanine nucleotide exchange factor for the Rab GTPase Ypt1 that is recruited to the phagophore assembly site when macroautophagy is induced. We present the single-particle electron microscopy structure of TRAPPIII, which reveals that the dome-shaped Trs85 subunit associates primarily with the Trs20 subunit of TRAPPI. We further demonstrate that TRAPPIII binds the coat protein complex (COP) II coat subunit Sec23. The COPII coat facilitates the budding and targeting of ER-derived vesicles with their acceptor compartment. We provide evidence that COPII-coated vesicles and the ER-Golgi fusion machinery are needed for macroautophagy. Our results imply that TRAPPIII binds to COPII vesicles at the phagophore assembly site and that COPII vesicles may provide one of the membrane sources used in autophagosome formation. These events are conserved in yeast to mammals. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5741.map.gz | 1.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5741-v30.xml emd-5741.xml | 10.6 KB 10.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5741_1.tif | 119.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5741 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5741 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5741_validation.pdf.gz | 78.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5741_full_validation.pdf.gz | 78 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5741_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5741 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5741 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5741.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of yeast TRAPPIII complex, filtered to 22 Angstrom resolution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.48 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Recombinant TRAPPIII complex
全体 | 名称: Recombinant TRAPPIII complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: Recombinant TRAPPIII complex
超分子 | 名称: Recombinant TRAPPIII complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: oligomer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 254 KDa / 理論値: 254 KDa |
-分子 #1: transport protein particle III
分子 | 名称: transport protein particle III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: yeast |
分子量 | 実験値: 254 KDa / 理論値: 254 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 / 組換プラスミド: pETDuet |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20mM Tris-HCl, 300 mM NaCl, 1mM DTT |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids with adsorbed protein stained with 0.75% uranyl format for 20 seconds |
グリッド | 詳細: 200 mesh copper grids with thin carbon support, glow discharged |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 12 |
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詳細 | low dose setting |
日付 | 2010年12月20日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: GENERIC IMAGE PLATES / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 133 / 平均電子線量: 10 e/Å2 |
Tilt angle min | 0 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 倍率(補正後): 67000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 67000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle max: 60 |
-画像解析
詳細 | Random Conical Tilt reconstruction using Spider scripts |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider 詳細: Final maps were calculated from a dataset of two class-averages 使用した粒子像数: 1120 |
最終 2次元分類 | クラス数: 20 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |