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- PDB-2qfx: Crystal structure of Saccharomyces cerevesiae mitochondrial NADP(... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2qfx | ||||||
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Title | Crystal structure of Saccharomyces cerevesiae mitochondrial NADP(+)-dependent isocitrate dehydrogenase in complex with NADPH, a-ketoglutarate and Ca(2+) | ||||||
![]() | Isocitrate dehydrogenase [NADP] | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold | ||||||
Function / homology | ![]() NADPH regeneration / Peroxisomal protein import / glutamate biosynthetic process / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / NADP metabolic process / glyoxylate cycle / mitochondrial nucleoid / tricarboxylic acid cycle ...NADPH regeneration / Peroxisomal protein import / glutamate biosynthetic process / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / NADP metabolic process / glyoxylate cycle / mitochondrial nucleoid / tricarboxylic acid cycle / Neutrophil degranulation / peroxisome / NAD binding / magnesium ion binding / mitochondrion / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Peng, Y.J. / Ding, J.P. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural studies of Saccharomyces cerevesiae mitochondrial NADP-dependent isocitrate dehydrogenase in different enzymatic states reveal substantial conformational changes during the catalytic reaction Authors: Peng, Y.J. / Zhong, C. / Huang, W. / Ding, J.P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 616.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 410.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 3.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 224.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 284.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2qfvC ![]() 2qfwSC ![]() 2qfyC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 48143.086 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: YPH499 / Gene: IDP1 / Plasmid: pET-3E-His / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P21954, isocitrate dehydrogenase (NADP+) #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | ChemComp-NDP / #4: Chemical | ChemComp-AKG / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.2 Details: 100mM Tris-HCl, 25% PEG 4000, 0.2M Na-acetate, 4% 1,3-propanediol, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Nov 17, 2006 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, liquid nitrogen cooling Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 73998 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.037 / Χ2: 1.086 / Net I/σ(I): 15 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.8 Å / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 7276 / Rsym value: 0.341 / Χ2: 1.017 / % possible all: 97.6 |
-Phasing
Phasing MR | Cor.coef. Fo:Fc: 0.322 / Packing: 0.592
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2QFW Resolution: 2.7→49.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / FOM work R set: 0.744 / Data cutoff high absF: 1808941.125 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0
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Solvent computation | Solvent model: FLAT MODEL / Bsol: 45.325 Å2 / ksol: 0.318 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 68.9 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→49.73 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50
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Xplor file |
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