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- EMDB-5557: Structure of the EV71 strain 1095 procapsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5557
タイトルStructure of the EV71 strain 1095 procapsid
マップデータReconstruction of EV71 strain 1095 procapsid
試料
  • 試料: EV71 strain 1095 procapsid
  • ウイルス: Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
キーワードpicornavirus (ピコルナウイルス科) / enterovirus 71 / hand foot and mouth disease / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / single particle reconstruction (単粒子解析法)
生物種Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.78 Å
データ登録者Cifuente JO / Lee H / Yoder JD / Shingler KL / Carnegie MS / Yoder JL / Ashley RE / Makhov AM / Conway JF / Hafenstein S
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2013
タイトル: Structures of the procapsid and mature virion of enterovirus 71 strain 1095.
著者: Javier O Cifuente / Hyunwook Lee / Joshua D Yoder / Kristin L Shingler / Michael S Carnegie / Jennifer L Yoder / Robert E Ashley / Alexander M Makhov / James F Conway / Susan Hafenstein /
要旨: Enterovirus 71 (EV71) is an important emerging human pathogen with a global distribution and presents a disease pattern resembling poliomyelitis with seasonal epidemics that include cases of severe ...Enterovirus 71 (EV71) is an important emerging human pathogen with a global distribution and presents a disease pattern resembling poliomyelitis with seasonal epidemics that include cases of severe neurological complications, such as acute flaccid paralysis. EV71 is a member of the Picornaviridae family, which consists of icosahedral, nonenveloped, single-stranded RNA viruses. Here we report structures derived from X-ray crystallography and cryoelectron microscopy (cryo-EM) for the 1095 strain of EV71, including a putative precursor in virus assembly, the procapsid, and the mature virus capsid. The cryo-EM map of the procapsid provides new structural information on portions of the capsid proteins VP0 and VP1 that are disordered in the higher-resolution crystal structures. Our structures solved from virus particles in solution are largely in agreement with those from prior X-ray crystallographic studies; however, we observe small but significant structural differences for the 1095 procapsid compared to a structure solved in a previous study (X. Wang, W. Peng, J. Ren, Z. Hu, J. Xu, Z. Lou, X. Li, W. Yin, X. Shen, C. Porta, T. S. Walter, G. Evans, D. Axford, R. Owen, D. J. Rowlands, J. Wang, D. I. Stuart, E. E. Fry, and Z. Rao, Nat. Struct. Mol. Biol. 19:424-429, 2012) for a different strain of EV71. For both EV71 strains, the procapsid is significantly larger in diameter than the mature capsid, unlike in any other picornavirus. Nonetheless, our results demonstrate that picornavirus capsid expansion is possible without RNA encapsidation and that picornavirus assembly may involve an inward radial collapse of the procapsid to yield the native virion.
履歴
登録2012年12月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年7月3日-
マップ公開2013年7月17日-
更新2013年7月17日-
現状2013年7月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5557_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5557.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 154.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of EV71 strain 1095 procapsid
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2545 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-1.61199939 - 4.57805777
平均 (標準偏差)0.00143825 (±0.9998793)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-173-173-173
サイズ346346346
Spacing346346346
セルA=B=C: 434.057 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.25451.25451.2545
M x/y/z346346346
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z434.057434.057434.057
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-5029166
NX/NY/NZ106122134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-173-173-173
NC/NR/NS346346346
D min/max/mean-1.6124.5780.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : EV71 strain 1095 procapsid

全体名称: EV71 strain 1095 procapsid
要素
  • 試料: EV71 strain 1095 procapsid
  • ウイルス: Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)

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超分子 #1000: EV71 strain 1095 procapsid

超分子名称: EV71 strain 1095 procapsid / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Human enterovirus 71

超分子名称: Human enterovirus 71 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 39054 / 生物種: Human enterovirus 71 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量理論値: 8 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 300 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 10mM Tris-HCl, 200mM NaCl, 50mM MgCl2
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50400 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.91 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.79 µm / 倍率（公称値）: 50000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: FEI
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度最低: 83 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
日付2011年8月15日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 20
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 角度割当詳細: AUTO3DEM
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Auto3dem, EMAN2 / 使用した粒子像数: 8805
詳細Semi-automatic particle selection was performed using e2boxer.py to obtain the particle coordinates, followed by particle boxing, linearization, normalization, and apodization of the images using Robem. Defocus and astigmatism values to perform contrast transfer function (CTF) correction were assessed using Robem for the extracted particles. The icosahedrally averaged reconstructions were initiated using a random model generated with setup_rmc and reached better than 10 A resolution estimated at a Fourier Shell Correlation, FSC=0.5. For the last step of refinement, the final maps were CTF corrected using a B factor of 300 A2.

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3vbu


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C
ソフトウェア名称: VEDA
詳細Protocol: Rigid body
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: R-factor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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