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- EMDB-5319: Three-dimensional structure of bovine respirasome by single parti... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5319
タイトルThree-dimensional structure of bovine respirasome by single particle cryo-electron tomography
マップデータEM map of respirasome from bovine mitochondria
試料
  • 試料: Respirasome from bovine mitochondria
  • タンパク質・ペプチド: respirasome
キーワードOxidative phosphorylation / mitochondria
生物種Bos taurus (ウシ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Dudkina NV / Kudryashev M / Stahlberg H / Boekema EJ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2011
タイトル: Interaction of complexes I, III, and IV within the bovine respirasome by single particle cryoelectron tomography.
著者: Natalya V Dudkina / Mikhail Kudryashev / Henning Stahlberg / Egbert J Boekema /
要旨: The respirasome is a multisubunit supercomplex of the respiratory chain in mitochondria. Here we report the 3D reconstruction of the bovine heart respirasome, composed of dimeric complex III and ...The respirasome is a multisubunit supercomplex of the respiratory chain in mitochondria. Here we report the 3D reconstruction of the bovine heart respirasome, composed of dimeric complex III and single copies of complex I and IV, at about 2.2-nm resolution, determined by cryoelectron tomography and subvolume averaging. Fitting of X-ray structures of single complexes I, III(2), and IV with high fidelity allows interpretation of the model at the level of secondary structures and shows how the individual complexes interact within the respirasome. Surprisingly, the distance between cytochrome c binding sites of complexes III(2) and IV is about 10 nm. Modeling indicates a loose interaction between the three complexes and provides evidence that lipids are gluing them at the interfaces.
履歴
登録2011年7月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年7月13日-
マップ公開2011年8月31日-
更新2011年9月7日-
現状2011年9月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5319_1.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5319.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map of respirasome from bovine mitochondria
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.8 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.230164 - 0.38968
平均 (標準偏差)0.000151277 (±0.0353204)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 486.4 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.83.83.8
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z486.400486.400486.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.2300.3900.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Respirasome from bovine mitochondria

全体名称: Respirasome from bovine mitochondria
要素
  • 試料: Respirasome from bovine mitochondria
  • タンパク質・ペプチド: respirasome

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超分子 #1000: Respirasome from bovine mitochondria

超分子名称: Respirasome from bovine mitochondria / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample was thawed from storage at -80 degrees Celcius before being loaded onto the grid.
集合状態: One monomer of NADH dehydrogenase binds to one dimer of cytochrome bc1 and one monomer of cytochrome c oxidase
Number unique components: 1
分子量実験値: 1.7 MDa / 理論値: 1.7 MDa / 手法: blue-native gel electrophoresis

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分子 #1: respirasome

分子名称: respirasome / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: respirasome / 詳細: Solubilized with digitonin / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 株: wild type / 別称: bovine / 組織: heart / 細胞: heart muscle cells / Organelle: mitochondrion / 細胞中の位置: inner mitochondrial membrane
分子量実験値: 1.7 MDa / 理論値: 1.7 MDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7
詳細: 25 mM Tricine, 7.5 mM Bis-Tris, 0.1 mM PMSF, 0.01% digitonin
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: 2.5 microliters were mixed with 10-nm gold particles as fiducial markers and applied on glow-discharged 200 mesh Quantifoil support grids with an additional carbon support film. Grids were ...詳細: 2.5 microliters were mixed with 10-nm gold particles as fiducial markers and applied on glow-discharged 200 mesh Quantifoil support grids with an additional carbon support film. Grids were blotted at 100% humidity for 4-6 seconds at a blot offset (the longitudinal grid positioning) setting of -3.5, using a Vitrobot Mk3 (FEI).
グリッド詳細: 200 mesh copper Quantifoil grids with an additional carbon support film
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 89 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot Mk3 (FEI) / 手法: Blot for 4-6 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 15 K / 平均: 77 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 34,000 times magnification
Legacy - Electron beam tilt params: 0
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: FEI
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2010年3月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (2k x 2k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 0.38 µm / 実像数: 21 / 平均電子線量: 80 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 34000
試料ステージ試料ホルダー: Multispecimen holder / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt series - Axis1 - Min angle: -70 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 70 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected from the tomograms by cross-correlation to an artificial globular reference followed by manual selection of particle volumes. Average number of projections used in the 3D reconstructions: 2466. Average number of class averages: 1.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, XMIPP, AV3

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1bgy

ソフトウェア名称: UCSF Chimera
詳細Protocol: Rigid Body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross correlation

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

1occ

ソフトウェア名称: UCSF Chimera
詳細Protocol: Rigid Body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross correlation

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

3m9s

ソフトウェア名称: UCSF Chimera
詳細Protocol: Rigid Body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross correlation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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