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- EMDB-5180: The structure of avian polyomavirus treated with 250 mM L-arginine -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 5180
タイトルThe structure of avian polyomavirus treated with 250 mM L-arginine
マップデータCryo-EM based reconstruction of avian polyomavirus at 11.4-Angstrom resolution.
試料avian polyomavirus with 250 mM L-arginine:
virusウイルス
キーワードavian / polyomavirus / VP4
機能・相同性Double-stranded DNA virus, group I, capsid / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / Major capsid protein VP1
機能・相同性情報
由来avian polyomavirus (avian polyomavirus)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 11.4Å分解能
データ登録者Shen PS / Enderlein D / Nelson C / Carter WS / Kawano M / Xing L / Swenson RD / Olson NH / Baker TS / Cheng RH / Atwood WJ / Johne R / Belnap DM
引用ジャーナル: Virology / : 2011
タイトル: The structure of avian polyomavirus reveals variably sized capsids, non-conserved inter-capsomere interactions, and a possible location of the minor capsid protein VP4.
著者: Peter S Shen / Dirk Enderlein / Christian D S Nelson / Weston S Carter / Masaaki Kawano / Li Xing / Robert D Swenson / Norman H Olson / Timothy S Baker / R Holland Cheng / Walter J Atwood / Reimar Johne / David M Belnap
要旨: Avian polyomavirus (APV) causes a fatal, multi-organ disease among several bird species. Using cryogenic electron microscopy and other biochemical techniques, we investigated the structure of APV and ...Avian polyomavirus (APV) causes a fatal, multi-organ disease among several bird species. Using cryogenic electron microscopy and other biochemical techniques, we investigated the structure of APV and compared it to that of mammalian polyomaviruses, particularly JC polyomavirus and simian virus 40. The structure of the pentameric major capsid protein (VP1) is mostly conserved; however, APV VP1 has a unique, truncated C-terminus that eliminates an intercapsomere-connecting β-hairpin observed in other polyomaviruses. We postulate that the terminal β-hairpin locks other polyomavirus capsids in a stable conformation and that absence of the hairpin leads to the observed capsid size variation in APV. Plug-like density features were observed at the base of the VP1 pentamers, consistent with the known location of minor capsid proteins VP2 and VP3. However, the plug density is more prominent in APV and may include VP4, a minor capsid protein unique to bird polyomaviruses.
構造検証レポートPDB-ID: 3iys

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2010年4月9日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2010年12月8日 / マップ公開: 2011年1月19日 / 最新の更新: 2011年9月23日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 20.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 20.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: : PDB-3iys
  • 表面レベル: 20.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデル: PDB-3iys
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_5180.map.gz (map file in CCP4 format, 193091 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
367 pix
1.57 Å/pix.
= 598.17 Å
367 pix
1.57 Å/pix.
= 598.17 Å
367 pix
1.57 Å/pix.
= 598.17 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.57 Å
密度
表面のレベル:20.7 (by author), 20.7 (ムービー #1)
最小 - 最大-30.7892 - 79.2601
平均 (標準偏差)5.50547 (15.2227)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions367367367
Origin-183-183-183
Limit183183183
Spacing367367367
セルA=B=C: 598.17 Å
α=β=γ: 90 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.571.571.57
M x/y/z381381381
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z598.170598.170598.170
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-183-183-183
NC/NR/NS367367367
D min/max/mean-30.78979.2605.505

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 avian polyomavirus with 250 mM L-arginine

全体名称: avian polyomavirus with 250 mM L-arginine / 構成要素数: 1 / オリゴマーの状態: virions

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構成要素 #1: ウイルス, avian polyomavirus

ウイルス名称: avian polyomavirus / 別称: avian polyomavirus / クラス: VIRION
詳細: Cryo-EM of avian polyomavirus over holey carbon grids
中空か: No / エンベロープを持つか: No / 単離: STRAIN
生物種生物種: avian polyomavirus (avian polyomavirus)
由来(天然)宿主のカテゴリ: VERTEBRATES
殻 #1要素名: VP1 / 直径: 5000 Å / T番号(三角分割数): 7

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 1.5 mg/ml
緩衝液: 200 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, 1 mM CaCl2 buffer, 250 mM L-arginine, pH 10.7
pH: 10.7
支持膜200 mesh copper grid (holey carbon)
急速凍結装置: FEI VITROBOT / 凍結剤: ETHANE / 温度: 89 K / 湿度: 100 % / 実験手法: 1 second blot before plunging
詳細: Vitrification instrument: Vitrobot. vitrification carried out in nitrogen atmosphere

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TECNAI F30 / 日付: 2007年4月23日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 39000 X (公称値), 39000 X (実測値)
非点収差(補正): astigmatism was corrected at 59,000 times magnification
Cs: 2 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 500 - 4900 nm
試料ホルダホルダ: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
モデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 温度: 90 K ( 88 - 95 K)
カメラディテクター: KODAK SO-163 FILM

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 88 / スキャナ: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 / サンプリングサイズ: 1.57 microns / ビット深度: 16 / 詳細: Micrographs digitized in positive contrast mode.

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画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成アルゴリズム: common lines / ソフトウェア: PFT2, EM3DR2 / CTF補正: each micrograph / 分解能: 11.4 Å / 分解能の算定法: FSC 0.333

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原子モデル構築

得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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