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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5017 | |||||||||
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タイトル | Segmented eEF2 density from the cryo-EM map of eEF2-bound 80S complex | |||||||||
マップデータ | Segmented eEF2 density from the 80S.eEF2 cryo-EM map | |||||||||
試料 |
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キーワード | AlF4- / GDP / GTPase (GTPアーゼ) / Ribosome (リボソーム) / Translocation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Peptide chain elongation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / positive regulation of translational elongation / Protein methylation / translational elongation / translation elongation factor activity / Neutrophil degranulation / maintenance of translational fidelity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribosome binding ...Peptide chain elongation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / positive regulation of translational elongation / Protein methylation / translational elongation / translation elongation factor activity / Neutrophil degranulation / maintenance of translational fidelity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribosome binding / protein-folding chaperone binding / rRNA binding / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / GTP binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermomyces lanuginosus (菌類) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Sengupta J / Nilsson J / Gursky R / Kjeldgaard M / Nissen P / Frank J | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2008 タイトル: Visualization of the eEF2-80S ribosome transition-state complex by cryo-electron microscopy. 著者: Jayati Sengupta / Jakob Nilsson / Richard Gursky / Morten Kjeldgaard / Poul Nissen / Joachim Frank / 要旨: In an attempt to understand ribosome-induced GTP hydrolysis on eEF2, we determined a 12.6-A cryo-electron microscopy reconstruction of the eEF2-bound 80S ribosome in the presence of aluminum ...In an attempt to understand ribosome-induced GTP hydrolysis on eEF2, we determined a 12.6-A cryo-electron microscopy reconstruction of the eEF2-bound 80S ribosome in the presence of aluminum tetrafluoride and GDP, with aluminum tetrafluoride mimicking the gamma-phosphate during hydrolysis. This is the first visualization of a structure representing a transition-state complex on the ribosome. Tight interactions are observed between the factor's G domain and the large ribosomal subunit, as well as between domain IV and an intersubunit bridge. In contrast, some of the domains of eEF2 implicated in small subunit binding display a large degree of flexibility. Furthermore, we find support for a transition-state model conformation of the switch I region in this complex where the reoriented switch I region interacts with a conserved rRNA region of the 40S subunit formed by loops of the 18S RNA helices 8 and 14. This complex is structurally distinct from the eEF2-bound 80S ribosome complexes previously reported, and analysis of this map sheds light on the GTPase-coupled translocation mechanism. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5017.map.gz | 7.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5017-v30.xml emd-5017.xml | 9.5 KB 9.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5017_1.png | 105.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5017 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5017 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5017.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Segmented eEF2 density from the 80S.eEF2 cryo-EM map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 80S.eEF2.AlF4.GDP
全体 | 名称: 80S.eEF2.AlF4.GDP |
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要素 |
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-超分子 #1000: 80S.eEF2.AlF4.GDP
超分子 | 名称: 80S.eEF2.AlF4.GDP / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: GDP-AlF4- traps ribosome-bound eEF2 in a transition state of GTP hydrolysis Number unique components: 4 |
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-超分子 #1: 80S ribosome
超分子 | 名称: 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Thermomyces lanuginosus (菌類) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: 20 mM Hepes-NH3, 100 mM KCl, 20 mM MgCl2 |
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グリッド | 詳細: Quantifoil grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: vitrobot |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Single tilt cryo-holder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - サンプリング間隔: 2.82 µm / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Segregation in defocus groups and correction in volumes |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider / 詳細: Supervised Classification was used / 使用した粒子像数: 1 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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詳細 | Protocol: Rigid Body. The domains were separately fitted by manual docking using program O |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient |
得られたモデル | PDB-3dny: PDB-3dwu: |