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万見
- PDB-5h58: Structural and dynamics studies of the TetR family protein, CprB ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h58
タイトルStructural and dynamics studies of the TetR family protein, CprB from Streptomyces coelicolor in complex with its biological operator sequence
要素
  • CprB
  • DNA (5'-D(*AP*GP*GP*C*AP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*TP*CP*TP*GP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*A*CP*TP*CP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*CP*T)-3')
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TetR-FTR / CprB-DNA complex / quorum sensing / N-terminal / Streptomyces coelicolor / gamma-butyrolactone receptors / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type ...: / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / CprB / A-factor receptor homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor A3
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.991 Å
データ登録者Bhukya, H. / Jana, A.K. / Sengupta, N. / Anand, R.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
BRNS20150237B02RP00614-BRNS インド
IIT Bombay インド
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural and dynamics studies of the TetR family protein, CprB from Streptomyces coelicolor in complex with its biological operator sequence
著者: Bhukya, H. / Jana, A.K. / Sengupta, N. / Anand, R.
履歴
登録2016年11月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CprB
B: CprB
C: CprB
D: CprB
E: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*C*AP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*TP*CP*TP*GP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*TP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*A*CP*TP*CP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*CP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,4746
ポリマ－111,4746
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12170 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area43920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.810, 149.810, 70.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
CprB


分子量: 23719.328 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
株: A3(2) / 遺伝子: cprB
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' / 参照: UniProt: O66122, UniProt: Q7AKF2*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*GP*C*AP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*TP*CP*TP*GP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*TP*C)-3')


分子量: 8389.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*A*CP*TP*CP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*CP*CP*T)-3')


分子量: 8207.288 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.71 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.02 M MgCl2.6H2O, 0.05 M HEPES sodium, 5% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9737 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9737 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.95→50 Å / Num. obs: 15346 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 22.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.991→40.249 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 32.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2816 1153 7.72 %RANDOM
Rwork0.2166 ---
obs0.2215 14937 99.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.991→40.249 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6030 855 0 0 6885
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027088
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5599793
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7954119
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361149
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031111
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9906-4.1720.34961520.26271721X-RAY DIFFRACTION99
4.172-4.39170.3191480.24191738X-RAY DIFFRACTION100
4.3917-4.66650.32551500.24371710X-RAY DIFFRACTION100
4.6665-5.02620.3241460.22071713X-RAY DIFFRACTION99
5.0262-5.53080.30291400.22761730X-RAY DIFFRACTION100
5.5308-6.32850.36941320.26531741X-RAY DIFFRACTION100
6.3285-7.96310.28071460.25071726X-RAY DIFFRACTION99
7.9631-40.2510.21791390.171705X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.5623 Å / Origin y: 49.9099 Å / Origin z: -0.0142 Å
111213212223313233
T1.5491 Å20.2143 Å20.116 Å2-1.8444 Å2-0.0809 Å2--1.9014 Å2
L3.6625 °2-2.3526 °20.8398 °2-1.1467 °2-0.5627 °2---0.0998 °2
S0.1456 Å °-0.1408 Å °0.4582 Å °-0.2442 Å °-0.0906 Å °-0.274 Å °0.3071 Å °-0.2163 Å °-0.0443 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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