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- PDB-4yci: non-latent pro-bone morphogenetic protein 9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yci
タイトルnon-latent pro-bone morphogenetic protein 9
要素(Bone Morphogenetic Protein 9 ...) x 2
キーワードCYTOKINE / pro-BMP complex / morphogen / transforming growth factor-beta family
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by BMP / positive regulation of epithelial cell differentiation / positive regulation of cartilage development / positive regulation of endothelial cell differentiation / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / activin receptor signaling pathway / positive regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of bicellular tight junction assembly / blood vessel morphogenesis ...Signaling by BMP / positive regulation of epithelial cell differentiation / positive regulation of cartilage development / positive regulation of endothelial cell differentiation / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / activin receptor signaling pathway / positive regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of bicellular tight junction assembly / blood vessel morphogenesis / negative regulation of endothelial cell migration / cartilage development / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of DNA replication / negative regulation of endothelial cell proliferation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of SMAD protein signal transduction / BMP signaling pathway / vasculogenesis / positive regulation of endothelial cell proliferation / ossification / negative regulation of angiogenesis / protein serine/threonine kinase activator activity / cytokine activity / positive regulation of interleukin-8 production / growth factor activity / negative regulation of cell growth / glucose metabolic process / neuron differentiation / positive regulation of angiogenesis / osteoblast differentiation / angiogenesis / transcription by RNA polymerase II / intracellular iron ion homeostasis / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B ...TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth/differentiation factor 2 / Growth/differentiation factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Mi, L.Z. / Brown, C.T. / Gao, Y. / Tian, Y. / Le, V. / Walz, T. / Springer, T.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structure of bone morphogenetic protein 9 procomplex.
著者: Mi, L.Z. / Brown, C.T. / Gao, Y. / Tian, Y. / Le, V.Q. / Walz, T. / Springer, T.A.
履歴
登録2015年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Structure summary
改定 1.22015年3月25日Group: Database references
改定 1.32015年4月1日Group: Database references
改定 1.42015年8月26日Group: Structure summary
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bone Morphogenetic Protein 9 Growth Factor Domain
B: Bone Morphogenetic Protein 9 Growth Factor Domain
C: Bone Morphogenetic Protein 9 Prodomain
D: Bone Morphogenetic Protein 9 Prodomain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,95516
ポリマ－90,6564
非ポリマー1,30012
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8090 Å2
ΔGint-224 kcal/mol
Surface area30880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.280, 120.280, 221.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
12chain C
22chain D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA60 - 3113
211chain BB61 - 3114
112chain CC303 - 407
212chain DD303 - 407

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
Bone Morphogenetic Protein 9 ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Bone Morphogenetic Protein 9 Growth Factor Domain / pro-BMP9 prodomain / GDF-2 / Bone morphogenetic protein 9 / BMP-9


分子量: 33224.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gdf2, Bmp9 / 器官 (発現宿主): Ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q9WV56
#2: タンパク質 Bone Morphogenetic Protein 9 Prodomain / pro-BMP9 growth factor domain / GDF-2 / Bone morphogenetic protein 9 / BMP-9


分子量: 12102.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GDF2, BMP9
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q9UK05

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 24分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 0.15 M zinc acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.8, 4% isopropanol, 0.15 M nondetergent sulfobetaine (NDSB-211)
PH範囲: 5.6-6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→50 Å / Num. obs: 29711 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.03 % / Biso Wilson estimate: 128.58 Å2 / Rmerge F obs: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rrim(I) all: 0.154 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 8.36 / Num. measured all: 119773
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
3.25-3.330.1233.3940.538800215321473.90599.7
3.33-3.430.1092.4670.738707212921272.84299.9
3.43-3.530.2611.6821.18412206220551.93499.7
3.53-3.630.4011.2371.498115199119851.42499.7
3.63-3.750.5140.8932.028021197019661.0399.8
3.75-3.880.7430.612.877688188818840.70299.8
3.88-4.030.8660.4114.147335181718150.47399.9
4.03-4.20.9230.285.597134173817360.32299.9
4.2-4.380.950.2037.536812168116780.23499.8
4.38-4.60.9810.1369.66596163016280.15799.9
4.6-4.840.9880.10811.786239154915470.12499.9
4.84-5.140.9890.09512.925862144914440.1199.7
5.14-5.490.9930.08813.395547139613940.10299.9
5.49-5.930.9890.09213.735127128112740.10699.5
5.93-6.50.9920.07915.284725119611870.09199.2
6.5-7.270.9940.0619.34238108310710.0798.9
7.27-8.390.9970.04423.5437679759600.05198.5
8.39-10.280.9960.03827.2630888268100.04498.1
10.28-14.530.9970.03628.7923496586380.04297
14.53-500.9940.04229.1112114023650.05190.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YCG

4ycg


解像度: 3.25→48.863 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2599 1500 5.1 %thin shell random selection
Rwork0.2396 27899 --
obs0.2406 29399 98.46 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 460.92 Å2 / Biso mean: 147.7245 Å2 / Biso min: 56.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.25→48.863 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4681 0 66 0 4747
Biso mean--186.32 --
残基数----591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00224893
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6166587
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032747
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003843
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.6731799
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1688X-RAY DIFFRACTION5.561TORSIONAL
12B1688X-RAY DIFFRACTION5.561TORSIONAL
21C982X-RAY DIFFRACTION5.561TORSIONAL
22D982X-RAY DIFFRACTION5.561TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2501-3.35490.3841500.38732248239890
3.3549-3.47480.4178810.35552521260298
3.4748-3.61390.37471610.33042495265699
3.6139-3.77830.31621650.301525092674100
3.7783-3.97740.3121790.259726022681100
3.9774-4.22650.25951590.229625292688100
4.2265-4.55260.22441590.190125522711100
4.5526-5.01040.18481470.17925602707100
5.0104-5.73440.2485930.21626392732100
5.7344-7.2210.27381580.26732570272899
7.221-48.86810.24441480.23112674282297
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.5286-1.4372-2.15314.3070.47466.34880.19440.2186-0.11440.1495-0.4523-0.24240.2940.08340.29261.3159-0.18050.29890.80310.01010.7443.059185.1844490.7673
24.81651.7262-1.56976.7174-1.2853.74760.49880.25870.38930.5717-0.0556-0.3532-0.6103-0.2478-0.41811.46660.4678-0.21180.81070.11111.007190.709335.1264447.76
33.1397-3.5268-3.75834.65933.09426.7352-0.0466-0.35840.17950.0632-0.123-0.2353-0.26551.01550.16750.67970.02910.01581.00980.16330.626365.44186.29457.9113
42.2525-2.146-0.73566.25342.69775.01640.29880.3023-0.5454-1.2983-0.41970.45920.38760.24960.05861.02360.2460.01160.88640.26921.172567.743268.1999442.0013
55.80242.89437.591.47473.77879.82842.12142.8757-0.3232.87483.39493.5599-2.77421.4306-3.31432.73440.99161.27943.02041.4162.686779.897364.6341449.6469
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and ((resseq 80:244))B80 - 244
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resseq 80:238))A80 - 238
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'B' and resseq 61:79) or (chain 'D' and resseq 303:407)B61 - 79
4X-RAY DIFFRACTION3(chain 'B' and resseq 61:79) or (chain 'D' and resseq 303:407)D303 - 407
5X-RAY DIFFRACTION4(chain 'A' and resseq 61:79) or (chain 'C' and resseq 303:407)A61 - 79
6X-RAY DIFFRACTION4(chain 'A' and resseq 61:79) or (chain 'C' and resseq 303:407)C303 - 407
7X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and ((resseq 239:258))A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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