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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4660
タイトルInfluenza B virus (B/Panama/45) polymerase Hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter
マップデータ
試料Influenza B (Panama/45) polymerase Hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter
  • Polymerase acidic protein
  • RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
  • Polymerase basic protein 2
  • (nucleic-acid核酸) x 2
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / suppression by virus of host RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / viral transcription / ウイルス / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / endonuclease activity / RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / host cell cytoplasm ...cap snatching / suppression by virus of host RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / viral transcription / ウイルス / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / endonuclease activity / RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / host cell cytoplasm / Hydrolases, Acting on ester bonds / transcription, DNA-templated / host cell nucleus / nucleotide binding / RNA binding / metal ion binding
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / PA/PA-X superfamily / Polymerase acidic protein / PB2, C-terminal / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1
RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase basic protein 2 / Polymerase acidic protein
生物種Influenza B virus (B/Panama/45/1990) (B型インフルエンザウイルス) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Influenza B virus (strain B/Panama/45/1990) (B型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Keown JR / Carrique L / Fan H / Fodor E / Grimes JM
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number
Wellcome Trust200835/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/K000241/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/R009945/1 英国
引用ジャーナル: Nature / : 2019
タイトル: Structures of influenza A virus RNA polymerase offer insight into viral genome replication.
著者: Haitian Fan / Alexander P Walker / Loïc Carrique / Jeremy R Keown / Itziar Serna Martin / Dimple Karia / Jane Sharps / Narin Hengrung / Els Pardon / Jan Steyaert / Jonathan M Grimes / Ervin Fodor /
要旨: Influenza A viruses are responsible for seasonal epidemics, and pandemics can arise from the transmission of novel zoonotic influenza A viruses to humans. Influenza A viruses contain a segmented ...Influenza A viruses are responsible for seasonal epidemics, and pandemics can arise from the transmission of novel zoonotic influenza A viruses to humans. Influenza A viruses contain a segmented negative-sense RNA genome, which is transcribed and replicated by the viral-RNA-dependent RNA polymerase (FluPol) composed of PB1, PB2 and PA subunits. Although the high-resolution crystal structure of FluPol of bat influenza A virus has previously been reported, there are no complete structures available for human and avian FluPol. Furthermore, the molecular mechanisms of genomic viral RNA (vRNA) replication-which proceeds through a complementary RNA (cRNA) replicative intermediate, and requires oligomerization of the polymerase-remain largely unknown. Here, using crystallography and cryo-electron microscopy, we determine the structures of FluPol from human influenza A/NT/60/1968 (H3N2) and avian influenza A/duck/Fujian/01/2002 (H5N1) viruses at a resolution of 3.0-4.3 Å, in the presence or absence of a cRNA or vRNA template. In solution, FluPol forms dimers of heterotrimers through the C-terminal domain of the PA subunit, the thumb subdomain of PB1 and the N1 subdomain of PB2. The cryo-electron microscopy structure of monomeric FluPol bound to the cRNA template reveals a binding site for the 3' cRNA at the dimer interface. We use a combination of cell-based and in vitro assays to show that the interface of the FluPol dimer is required for vRNA synthesis during replication of the viral genome. We also show that a nanobody (a single-domain antibody) that interferes with FluPol dimerization inhibits the synthesis of vRNA and, consequently, inhibits virus replication in infected cells. Our study provides high-resolution structures of medically relevant FluPol, as well as insights into the replication mechanisms of the viral RNA genome. In addition, our work identifies sites in FluPol that could be targeted in the development of antiviral drugs.
構造検証レポートPDB-ID: 6qwl

簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2019年3月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月13日-
マップ公開2019年9月4日-
更新2019年9月25日-
現状2019年9月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 5.6
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: : PDB-6qwl
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4660.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 5.6 / ムービー #1: 5.6
最小 - 最大-25.019183999999999 - 38.010629999999999
平均 (標準偏差)-0.000000000005538 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z276.480276.480276.480
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-39-149-104
NX/NY/NZ201201211
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-25.01938.011-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Influenza B (Panama/45) polymerase Hetermotrimer in complex with ...

全体名称: Influenza B (Panama/45) polymerase Hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter
詳細: Sample was treated with 0.001% glutaraldehyde for 20 min on ice prior quenching with 100 mM Tris-HCl pH 7.5 and gel filtration.
構成要素数: 8

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構成要素 #1: タンパク質, Influenza B (Panama/45) polymerase Hetermotrimer in comple...

タンパク質名称: Influenza B (Panama/45) polymerase Hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter
詳細: Sample was treated with 0.001% glutaraldehyde for 20 min on ice prior quenching with 100 mM Tris-HCl pH 7.5 and gel filtration.
組換発現: No
分子量理論値: 250 kDa

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構成要素 #2: タンパク質, Influenza B (Panama/45) polymerase Hetermotrimer in comple...

タンパク質名称: Influenza B (Panama/45) polymerase Hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter
詳細: Sample was treated with 0.001% glutaraldehyde for 20 min on ice prior quenching with 100 mM Tris-HCl pH 7.5 and gel filtration.
組換発現: No
由来生物種: Influenza B virus (B/Panama/45/1990) (B型インフルエンザウイルス)
由来(合成)発現系: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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構成要素 #3: タンパク質, Influenza B (Panama/45) polymerase Hetermotrimer in comple...

タンパク質名称: Influenza B (Panama/45) polymerase Hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter
詳細: Sample was treated with 0.001% glutaraldehyde for 20 min on ice prior quenching with 100 mM Tris-HCl pH 7.5 and gel filtration.
組換発現: No
由来生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
由来(合成)発現系: synthetic construct (人工物)

+
構成要素 #4: タンパク質, Polymerase acidic protein

タンパク質名称: Polymerase acidic protein / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 83.161055 kDa
由来生物種: Influenza B virus (strain B/Panama/45/1990) (B型インフルエンザウイルス)
由来(合成)発現系: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

+
構成要素 #5: タンパク質, RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

タンパク質名称: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 84.37818 kDa
由来生物種: Influenza B virus (strain B/Panama/45/1990) (B型インフルエンザウイルス)
由来(合成)発現系: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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構成要素 #6: タンパク質, Polymerase basic protein 2

タンパク質名称: Polymerase basic protein 2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 89.097453 kDa
由来生物種: Influenza B virus (strain B/Panama/45/1990) (B型インフルエンザウイルス)
由来(合成)発現系: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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構成要素 #7: nucleic-acid, 3' cRNA

核酸名称: 3' cRNA / クラス: RNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列:
GGCCUUGUUU CUACU
分子量理論値: 4.683753 kDa
由来生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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構成要素 #8: nucleic-acid, 5' cRNA

核酸名称: 5' cRNA / クラス: RNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列:
AGCAAAAGCA GGCC
分子量理論値: 4.531827 kDa
由来生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 0.35 mg/mL
緩衝液: Sample was purified in 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl with Tween 20 added to a final concentration 0f 0.05% prior to plunging grids.
pH: 7.5
凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 温度: 298 K / 湿度: 100 % / 詳細: blot for 3.5 sec before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 1.1 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 130000.0 X (nominal) / Cs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 1300.0 - 2500.0 nm
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
カメラ検出器: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 4711

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 1012085
3次元再構成ソフトウェア: cryoSPARC / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築

モデリング #1精密化のプロトコル: flexible / 精密化に使用した空間: REAL
利用したPDBモデル: 5EPI
温度因子: 57
得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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