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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4605 | |||||||||
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タイトル | Human Phenylalanine Hydroxylase (hPAH) apo structure | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Phenylketonuria / Phenylalanine metabolism / phenylalanine 4-monooxygenase / phenylalanine 4-monooxygenase activity / tyrosine biosynthetic process / catecholamine biosynthetic process / L-phenylalanine catabolic process / amino acid biosynthetic process / iron ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Alcorlo-Pages M / Flydal MI / Martinez-Caballero S / Martinez A / Hermoso JA / Fernandez-Leiro R | |||||||||
資金援助 | スペイン, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019 タイトル: Structure of full-length human phenylalanine hydroxylase in complex with tetrahydrobiopterin. 著者: Marte Innselset Flydal / Martín Alcorlo-Pagés / Fredrik Gullaksen Johannessen / Siseth Martínez-Caballero / Lars Skjærven / Rafael Fernandez-Leiro / Aurora Martinez / Juan A Hermoso / 要旨: Phenylalanine hydroxylase (PAH) is a key enzyme in the catabolism of phenylalanine, and mutations in this enzyme cause phenylketonuria (PKU), a genetic disorder that leads to brain damage and mental ...Phenylalanine hydroxylase (PAH) is a key enzyme in the catabolism of phenylalanine, and mutations in this enzyme cause phenylketonuria (PKU), a genetic disorder that leads to brain damage and mental retardation if untreated. Some patients benefit from supplementation with a synthetic formulation of the cofactor tetrahydrobiopterin (BH) that partly acts as a pharmacological chaperone. Here we present structures of full-length human PAH (hPAH) both unbound and complexed with BH in the precatalytic state. Crystal structures, solved at 3.18-Å resolution, show the interactions between the cofactor and PAH, explaining the negative regulation exerted by BH BH forms several H-bonds with the N-terminal autoregulatory tail but is far from the catalytic Fe Upon BH binding a polar and salt-bridge interaction network links the three PAH domains, explaining the stability conferred by BH Importantly, BH binding modulates the interaction between subunits, providing information about PAH allostery. Moreover, we also show that the cryo-EM structure of hPAH in absence of BH reveals a highly dynamic conformation for the tetramers. Structural analyses of the hPAH:BH subunits revealed that the substrate-induced movement of Tyr138 into the active site could be coupled to the displacement of BH from the precatalytic toward the active conformation, a molecular mechanism that was supported by site-directed mutagenesis and targeted molecular dynamics simulations. Finally, comparison of the rat and human PAH structures show that hPAH is more dynamic, which is related to amino acid substitutions that enhance the flexibility of hPAH and may increase the susceptibility to PKU-associated mutations. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4605.map.gz | 14 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4605-v30.xml emd-4605.xml | 22.4 KB 22.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4605_fsc.xml | 5.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4605.png | 105.4 KB | ||
マスクデータ | emd_4605_msk_1.map | 15.6 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_4605_additional_1.map.gz emd_4605_additional_2.map.gz emd_4605_half_map_1.map.gz emd_4605_half_map_2.map.gz | 14.2 MB 14 MB 11.9 MB 11.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4605 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4605 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4605_validation.pdf.gz | 412.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4605_full_validation.pdf.gz | 411.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4605_validation.xml.gz | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4605 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4605 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4605.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_4605_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Multibody refinement body 2
ファイル | emd_4605_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Multibody refinement body 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_4605_additional_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_4605_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_4605_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : apo-hPAH
全体 | 名称: apo-hPAH |
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要素 |
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-超分子 #1: apo-hPAH
超分子 | 名称: apo-hPAH / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: homo-tetramer |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli #1/H766 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 207 KDa |
-分子 #1: Phenylalanine-4-hydroxylase
分子 | 名称: Phenylalanine-4-hydroxylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phenylalanine 4-monooxygenase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli #1/H766 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSTAVLENPG LGRKLSDFGQ ETSYIEDNCN QNGAISLIFS LKEEVGALAK VLRLFEENDV NLTHIESRPS RLKKDEYEFF THLDKRSLPA LTNIIKILRH DIGATVHELS RDKKKDTVPW FPRTIQELDR FANQILSYGA ELDADHPGFK DPVYRARRKQ FADIAYNYRH ...文字列: MSTAVLENPG LGRKLSDFGQ ETSYIEDNCN QNGAISLIFS LKEEVGALAK VLRLFEENDV NLTHIESRPS RLKKDEYEFF THLDKRSLPA LTNIIKILRH DIGATVHELS RDKKKDTVPW FPRTIQELDR FANQILSYGA ELDADHPGFK DPVYRARRKQ FADIAYNYRH GQPIPRVEYM EEEKKTWGTV FKTLKSLYKT HACYEYNHIF PLLEKYCGFH EDNIPQLEDV SQFLQTCTGF RLRPVAGLLS SRDFLGGLAF RVFHCTQYIR HGSKPMYTPE PDICHELLGH VPLFSDRSFA QFSQEIGLAS LGAPDEYIEK LATIYWFTVE FGLCKQGDSI KAYGAGLLSS FGELQYCLSE KPKLLPLELE KTAIQNYTVT EFQPLYYVAE SFNDAKEKVR NFAATIPRPF SVRYDPYTQR IEVLDNTQQL KILADSINSE IGILCSALQK IK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.0001 kPa / 詳細: 15 mA | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III 詳細: 3microL, no incubation, 2 seconds blot, no wait before plunging. | |||||||||
詳細 | The thawed sample was run through SEC (S200I) prior to grid preparation |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-80 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1493 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 42.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |