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- EMDB-4576: 2tRNAs-bound Elongator catalytic subcomplex, 2tRNA-Elp123. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4576
タイトル2tRNAs-bound Elongator catalytic subcomplex, 2tRNA-Elp123.
マップデータPostprocessed map of the full Elongator catalytic subcomplex bound to 2 tRNAs, Elp123-2tRNAs, from yeast at 6.7A resolution.
試料
  • 複合体: 2tRNAs-bound Elongator catalytic subcomplex, 2tRNAs-Elp123.
    • タンパク質・ペプチド: Elongator complex protein 1, Elp1
    • タンパク質・ペプチド: Elongator complex protein 2, Elp2
    • タンパク質・ペプチド: Elongator complex protein 3, Elp3
    • RNA: tRNA Ala UGC
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.7 Å
データ登録者Dauden MI / Weis F
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research FoundationBR921/9-1 & Mu3173/2-1 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Molecular basis of tRNA recognition by the Elongator complex.
著者: Maria I Dauden / Marcin Jaciuk / Felix Weis / Ting-Yu Lin / Carolin Kleindienst / Nour El Hana Abbassi / Heena Khatter / Rościsław Krutyhołowa / Karin D Breunig / Jan Kosinski / Christoph ...著者: Maria I Dauden / Marcin Jaciuk / Felix Weis / Ting-Yu Lin / Carolin Kleindienst / Nour El Hana Abbassi / Heena Khatter / Rościsław Krutyhołowa / Karin D Breunig / Jan Kosinski / Christoph W Müller / Sebastian Glatt /
要旨: The highly conserved Elongator complex modifies transfer RNAs (tRNAs) in their wobble base position, thereby regulating protein synthesis and ensuring proteome stability. The precise mechanisms of ...The highly conserved Elongator complex modifies transfer RNAs (tRNAs) in their wobble base position, thereby regulating protein synthesis and ensuring proteome stability. The precise mechanisms of tRNA recognition and its modification reaction remain elusive. Here, we show cryo-electron microscopy structures of the catalytic subcomplex of Elongator and its tRNA-bound state at resolutions of 3.3 and 4.4 Å. The structures resolve details of the catalytic site, including the substrate tRNA, the iron-sulfur cluster, and a SAM molecule, which are all validated by mutational analyses in vitro and in vivo. tRNA binding induces conformational rearrangements, which precisely position the targeted anticodon base in the active site. Our results provide the molecular basis for substrate recognition of Elongator, essential to understand its cellular function and role in neurodegenerative diseases and cancer.
履歴
登録2019年1月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月13日-
マップ公開2019年7月17日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0299
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0299
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4576.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4576.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 190.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Postprocessed map of the full Elongator catalytic subcomplex bound to 2 tRNAs, Elp123-2tRNAs, from yeast at 6.7A resolution.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0299 / ムービー #1: 0.0299
最小 - 最大-0.030315896 - 0.12366116
平均 (標準偏差)0.00032101118 (±0.0034114092)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ368368368
Spacing368368368
セルA=B=C: 496.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z368368368
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z496.800496.800496.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS368368368
D min/max/mean-0.0300.1240.000

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添付データ

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ハーフマップ: Half map of the full Elongator catalytic subcomplex...

ファイルemd_4576_half_map_1.map
注釈Half map of the full Elongator catalytic subcomplex bound to 2 tRNAs, Elp123-2tRNAs, from yeast.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of the full Elongator catalytic subcomplex...

ファイルemd_4576_half_map_2.map
注釈Half map of the full Elongator catalytic subcomplex bound to 2 tRNAs, Elp123-2tRNAs, from yeast.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 2tRNAs-bound Elongator catalytic subcomplex, 2tRNAs-Elp123.

全体名称: 2tRNAs-bound Elongator catalytic subcomplex, 2tRNAs-Elp123.
要素
  • 複合体: 2tRNAs-bound Elongator catalytic subcomplex, 2tRNAs-Elp123.
    • タンパク質・ペプチド: Elongator complex protein 1, Elp1
    • タンパク質・ペプチド: Elongator complex protein 2, Elp2
    • タンパク質・ペプチド: Elongator complex protein 3, Elp3
    • RNA: tRNA Ala UGC

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超分子 #1: 2tRNAs-bound Elongator catalytic subcomplex, 2tRNAs-Elp123.

超分子名称: 2tRNAs-bound Elongator catalytic subcomplex, 2tRNAs-Elp123.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: The EM map corresponds to the full Elp123 subcomplex bound to two tRNAs, one on each lobe.
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 665 KDa

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分子 #1: Elongator complex protein 1, Elp1

分子名称: Elongator complex protein 1, Elp1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MVEHDKSGSK RQELRSNMRN LITLNKGKFK PTASTAEGDE DDLSFTLLDS VFDTLSDSIT CVLGSTDIG AIEVQQFMKD GSRNVLASFN IQTFDDKLLS FVHFADINQL VFVFEQGDII T ATYDPVSL DPAETLIEIM GTIDNGIAAA QWSYDEETLA MVTKDRNVVV ...文字列:
MVEHDKSGSK RQELRSNMRN LITLNKGKFK PTASTAEGDE DDLSFTLLDS VFDTLSDSIT CVLGSTDIG AIEVQQFMKD GSRNVLASFN IQTFDDKLLS FVHFADINQL VFVFEQGDII T ATYDPVSL DPAETLIEIM GTIDNGIAAA QWSYDEETLA MVTKDRNVVV LSKLFEPISE YH LEVDDLK ISKHVTVGWG KKETQFRGKG ARAMEREALA SLKASGLVGN QLRDPTMPYM VDT GDVTAL DSHEITISWR GDCDYFAVSS VEEVPDEDDE TKSIKRRAFR VFSREGQLDS ASEP VTGME HQLSWKPQGS LIASIQRKTD LGEEDSVDVI FFERNGLRHG EFDTRLPLDE KVESV CWNS NSEALAVVLA NRIQLWTSKN YHWYLKQELY ASDISYVKWH PEKDFTLMFS DAGFIN IVD FAYKMAQGPT LEPFDNGTSL VVDGRTVNIT PLALANVPPP MYYRDFETPG NVLDVAC SF SNEIYAAINK DVLIFAAVPS IEEMKKGKHP SIVCEFPKSE FTSEVDSLRQ VAFINDSI V GVLLDTDNLS RIALLDIQDI TQPTLITIVE VYDKIVLLRS DFDYNHLVYE TRDGTVCQL DAEGQLMEIT KFPQLVRDFR VKRVHNTSAE DDDNWSAESS ELVAFGITNN GKLFANQVLL ASAVTSLEI TDSFLLFTTA QHNLQFVHLN STDFKPLPLV EEGVEDERVR AIERGSILVS V IPSKSSVV LQATRGNLET IYPRIMVLAE VRKNIMAKRY KEAFIVCRTH RINLDILHDY AP ELFIENL EVFINQIGRV DYLNLFISCL SEDDVTKTKY KETLYSGISK SFGMEPAPLT EMQ IYMKKK MFDPKTSKVN KICDAVLNVL LSNPEYKKKY LQTIITAYAS QNPQNLSAAL KLIS ELENS EEKDSCVTYL CFLQDVNVVY KSALSLYDVS LALLVAQKSQ MDPREYLPFL QELQD NEPL RRKFLIDDYL GNYEKALEHL SEIDKDGNVS EEVIDYVESH DLYKHGLALY RYDSEK QNV IYNIYAKHLS SNQMYTDAAV AYEMLGKLKE AMGAYQSAKR WREAMSIAVQ KFPEEVE SV AEELISSLTF EHRYVDAADI QLEYLDNVKE AVALYCKAYR YDIASLVAIK AKKDELLE E VVDPGLGEGF GIIAELLADC KGQINSQLRR LRELRAKKEE NPYAFYGQET EQADDVSVA PSETSTQESF FTRYTGKTGG TAKTGASRRT AKNKRREERK RARGKKGTIY EEEYLVQSVG RLIERLNQT KPDAVRVVEG LCRRNMREQA HQIQKNFVEV LDLLKANVKE IYSISEKDRE R VNENGEVY YIPEIPVPEI HDFPKSHIVD F

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分子 #2: Elongator complex protein 2, Elp2

分子名称: Elongator complex protein 2, Elp2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MVECITPEAI FIGANKQTQV SDIHKVKKIV AFGAGKTIAL WDPIEPNNKG VYATLKGHEA EVTCVRFVP DSDFMVSASE DHHVKIWKFT DYSHLQCIQT IQHYSKTIVA LSALPSLISV G CADGTISI WRQNIQNDEF GLAHEFTIKK GFFYPLCLSL SKVEEKKYLL ...文字列:
MVECITPEAI FIGANKQTQV SDIHKVKKIV AFGAGKTIAL WDPIEPNNKG VYATLKGHEA EVTCVRFVP DSDFMVSASE DHHVKIWKFT DYSHLQCIQT IQHYSKTIVA LSALPSLISV G CADGTISI WRQNIQNDEF GLAHEFTIKK GFFYPLCLSL SKVEEKKYLL AIGGTNVNVF IA SFILSDS GIEKCRVVAE LEGHEDWVKS LAFRHQETPG DYLLCSGSQD RYIRLWRIRI NDL IDDSEE DSKKLTLLSN KQYKFQIDDE LRVGINFEAL IMGHDDWISS LQWHESRLQL LAAT ADTSL MVWEPDETSG IWVCSLRLGE MSSKGASTAT GSSGGFWSCL WFTHERMDFF LTNGK TGSW RMWATKDNII CDQRLGISGA TKDVTDIAWS PSGEYLLATS LDQTTRLFAP WIYDAS GRK REIATWHEFS RPQIHGYDMI CVETVTDTRF VSGGDEKILR SFDLPKGVAG MLQKFVG IQ FEEKSEMPDS ATVPVLGLSN KAGEDDANED DEEEEGGNKE TPDITDPLSL LECPPMED Q LQRHLLWPEV EKLYGHGFEI TCLDISPDQK LIASACRSNN VQNAVIRIFS TENWLEIKP ALPFHSLTIT RLKFSKDGKF LLSVCRDRKW ALWERNMEDN TFELRFKNEK PHTRIIWDAD WAPLEFGNV FVTASRDKTV KVWRHQKEPA DDYVLEASIK HTKAVTAISI HDSMIREKIL I SVGLENGE IYLYSYTLGK FELITQLNED ITPADKITRL RWSHLKRNGK LFLGVGSSDL ST RIYSLAY E

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分子 #3: Elongator complex protein 3, Elp3

分子名称: Elongator complex protein 3, Elp3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MARHGKGPKT NKKKLAPEKE RFIQCCADIT LELTDSLTSG TTREINLNGL ITKYSKKYKL KQQPRLTDI INSIPDQYKK YLLPKLKAKP VRTASGIAVV AVMCKPHRCP HIAYTGNICV Y CPGGPDSD FEYSTQSYTG YEPTSMRAIR ARYDPYEQAR GRVEQLKQLG ...文字列:
MARHGKGPKT NKKKLAPEKE RFIQCCADIT LELTDSLTSG TTREINLNGL ITKYSKKYKL KQQPRLTDI INSIPDQYKK YLLPKLKAKP VRTASGIAVV AVMCKPHRCP HIAYTGNICV Y CPGGPDSD FEYSTQSYTG YEPTSMRAIR ARYDPYEQAR GRVEQLKQLG HSIDKVEYVL MG GTFMSLP KEYREDFIVK LHNALSGFNG NDIDEAILYS QQSLTKCVGI TIETRPDYCT QTH LDDMLK YGCTRLEIGV QSLYEDVARD TNRGHTVRSV CETFAVSKDA GYKVVSHMMP DLPN VGMER DIEQFKEYFE NPDFRTDGLK IYPTLVIRGT GLYELWKTGR YKSYSANALV DLVAR ILAL VPPWTRIYRV QRDIPMPLVT SGVDNGNLRE LALARMKDLG TTCRDVRTRE VGIQEV HHK VQPDQVELIR RDYYANGGWE TFLSYEDPKK DILIGLLRLR KASKKYTYRK EFTSQRT SI VRELHVYGSV VPLHSRDPRK FQHQGFGTLL MEEAERIAKE EHGSEKISVI SGVGVRNY Y GKLGYELDGP YMSKRI

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分子 #4: tRNA Ala UGC

分子名称: tRNA Ala UGC / タイプ: rna / ID: 4
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
GGGCACAUGG CGCAGUUGGU AGCGCGCUUC CCUUGCAAGG AAGAGGUCAU CGGUUCGAUU CCGGUUGCGU CCA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMHepesHepes
125.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium chloride塩化ナトリウム
50.0 mMNaFSodium fluoride
0.1 mMNa3VO4Sodium vanadate
5.0 mMC4H10O2S2Dithiothreitolジチオトレイトール
5.0 mMMgCl2Magnesium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: Pelco EasyGlow glow discharger
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 2.5 ul of sample, blotting parameters: wait time 15 s, blot force 5, blot time 5-8 s..
詳細Pure Elp123 was incubated with in vitro transcribed tRNA Ala UGC at 1:5 molar ratio for 30 min at 25 degrees, and then immediately plunged.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
詳細Gatan Quantum energy filter and a K2 Summit direct detector
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 5412 / 平均電子線量: 39.8 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 798000
詳細: Initially 9757 particles were manually selected using EMAN2 boxer swarm tool, and used as 2D templates for the autopicking procedure in relion, that yielded 798000 particles.
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

4151


詳細: The initial model was low pass filtered to 60 A.
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 13000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
詳細: Focused 3D classification without alignment was performed yielding two classes with extra densities in both lobes.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 使用した粒子像数: 12921
詳細The detector was operated in super resolution mode.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5m2n

chain_id: B

5cqs

chain_id: A, D, residue_range: 932-1349
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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