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- EMDB-4077: Structure of bacterial 30S-IF1-IF3-mRNA-tRNA translation pre-init... -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 4077
タイトルStructure of bacterial 30S-IF1-IF3-mRNA-tRNA translation pre-initiation complex(state-2B)
試料30S-IF1-IF3-mRNA-tRNA pre-initiation complex (state-2B)
由来Thermus thermophilus hb8 / バクテリア / 好熱性
マップデータ
手法単粒子再構成法, 4.45Å分解能
データ登録者Hussain T / Llacer JL
引用Cell, 2016, 167, 133-144.e13

Cell, 2016, 167, 133-144.e13 万見文献
Large-Scale Movements of IF3 and tRNA during Bacterial Translation Initiation.
Tanweer Hussain / Jose L Llácer / Brian T Wimberly / Jeffrey S Kieft / V Ramakrishnan

構造検証レポートPDB-ID: 5lmr

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2016年8月1日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2016年8月17日 / マップ公開: 2016年10月5日 / 最新の更新: 2017年8月2日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.075
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(高さに従い着色)
  • 表面レベル: 0.075
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: : PDB-5lmr
  • 表面レベル: 0.075
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
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中心
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スケール
断面手前 <=> 奥

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方向
方向 Rotation
その他 /
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添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_4077.map.gz (map file in CCP4 format, 70305 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
260 pix
1.34 Å/pix.
= 348.4 Å
260 pix
1.34 Å/pix.
= 348.4 Å
260 pix
1.34 Å/pix.
= 348.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spiderにより作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度
表面のレベル:0.075 (by author), 0.075 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.12851952 - 0.4375484
平均 (標準偏差)0.00017137593 (0.022150738)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions260260260
Origin000
Limit259259259
Spacing260260260
セルA=B=C: 348.4 Å
α=β=γ: 90 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.341.341.34
M x/y/z260260260
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z348.400348.400348.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS260260260
D min/max/mean-0.1290.4380.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 30S-IF1-IF3-mRNA-tRNA pre-initiation complex (state-2B)

全体名称: 30S-IF1-IF3-mRNA-tRNA pre-initiation complex (state-2B)
構成要素数: 28
分子量理論値: 849.7 kDa

+
構成要素 #1: タンパク質, 30S-IF1-IF3-mRNA-tRNA pre-initiation complex (state-2B)

タンパク質名称: 30S-IF1-IF3-mRNA-tRNA pre-initiation complex (state-2B)
組換発現: No
分子量理論値: 849.7 kDa

+
構成要素 #2: 核酸, 16S rRNA

核酸名称: 16S rRNA / クラス: RNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
UUUGUUGGAG AGUUUGAUCC UGGCUCAGGG UGAACGCUGG CGGCGUGCCU AAGACAUGCA AGUCGUGCGG GCCGCGGGGU UUUACUCCGU GGUCAGCGGC GGACGGGUGA GUAACGCGUG GGUGACCUAC CCGGAAGAGG GGGACAACCC GGGGAAACUC GGGCUAAUCC CCCAUGUGGA CCCGCCCCUU GGGGUGUGUC CAAAGGGCUU UGCCCGCUUC CGGAUGGGCC CGCGUCCCAU CAGCUAGUUG GUGGGGUAAU GGCCCACCAA GGCGACGACG GGUAGCCGGU CUGAGAGGAU GGCCGGCCAC AGGGGCACUG AGACACGGGC CCCACUCCUA CGGGAGGCAG CAGUUAGGAA UCUUCCGCAA UGGGCGCAAG CCUGACGGAG CGACGCCGCU UGGAGGAAGA AGCCCUUCGG GGUGUAAACU CCUGAACCCG GGACGAAACC CCCGACGAGG GGACUGACGG UACCGGGGUA AUAGCGCCGG CCAACUCCGU GCCAGCAGCC GCGGUAAUAC GGAGGGCGCG AGCGUUACCC GGAUUCACUG GGCGUAAAGG GCGUGUAGGC GGCCUGGGGC GUCCCAUGUG AAAGACCACG GCUCAACCGU GGGGGAGCGU GGGAUACGCU CAGGCUAGAC GGUGGGAGAG GGUGGUGGAA UUCCCGGAGU AGCGGUGAAA UGCGCAGAUA CCGGGAGGAA CGCCGAUGGC GAAGGCAGCC ACCUGGUCCA CCCGUGACGC UGAGGCGCGA AAGCGUGGGG AGCAAACCGG AUUAGAUACC CGGGUAGUCC ACGCCCUAAA CGAUGCGCGC UAGGUCUCUG GGUCUCCUGG GGGCCGAAGC UAACGCGUUA AGCGCGCCGC CUGGGGAGUA CGGCCGCAAG GCUGAAACUC AAAGGAAUUG ACGGGGGCCC GCACAAGCGG UGGAGCAUGU GGUUUAAUUC GAAGCAACGC GAAGAACCUU ACCAGGCCUU GACAUGCUAG GGAACCCGGG UGAAAGCCUG GGGUGCCCCG CGAGGGGAGC CCUAGCACAG GUGCUGCAUG GCCGUCGUCA GCUCGUGCCG UGAGGUGUUG GGUUAAGUCC CGCAACGAGC GCAACCCCCG CCGUUAGUUG CCAGCGGUUC GGCCGGGCAC UCUAACGGGA CUGCCCGCGA AAGCGGGAGG AAGGAGGGGA CGACGUCUGG UCAGCAUGGC CCUUACGGCC UGGGCGACAC ACGUGCUACA AUGCCCACUA CAAAGCGAUG CCACCCGGCA ACGGGGAGCU AAUCGCAAAA AGGUGGGCCC AGUUCGGAUU GGGGUCUGCA ACCCGACCCC AUGAAGCCGG AAUCGCUAGU AAUCGCGGAU CAGCCAUGCC GCGGUGAAUA CGUUCCCGGG CCUUGUACAC ACCGCCCGUC ACGCCAUGGG AGCGGGCUCU ACCCGAAGUC GCCGGGAGCC UACGGGCAGG CGCCGAGGGU AGGGCCCGUG ACUGGGGCGA AGUCGUAACA AGGUAGCUGU ACCGGAAGGU GCGGCUGGAU CACCUCCUUU CU
分子量理論値: 493.958281 kDa
由来生物種: Thermus thermophilus hb8 / バクテリア / 好熱性

+
構成要素 #3: タンパク質, 30S ribosomal protein S2

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S2 / 組換発現: No
分子量理論値: 29.317703 kDa
由来生物種: Thermus thermophilus hb8 / バクテリア / 好熱性

+
構成要素 #4: タンパク質, 30S ribosomal protein S3

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S3 / 組換発現: No
分子量理論値: 26.751076 kDa
由来生物種: Thermus thermophilus hb8 / バクテリア / 好熱性

+
構成要素 #5: タンパク質, 30S ribosomal protein S4

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S4 / 組換発現: No
分子量理論値: 24.373447 kDa
由来生物種: Thermus thermophilus hb8 / バクテリア / 好熱性

+
構成要素 #6: タンパク質, 30S ribosomal protein S5

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S5 / 組換発現: No
分子量理論値: 17.583416 kDa
由来生物種: Thermus thermophilus hb8 / バクテリア / 好熱性

+
構成要素 #7: タンパク質, 30S ribosomal protein S6

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S6 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.988753 kDa
由来生物種: Thermus thermophilus hb8 / バクテリア / 好熱性

+
構成要素 #8: タンパク質, 30S ribosomal protein S7

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S7 / 組換発現: No
分子量理論値: 18.050973 kDa
由来生物種: Thermus thermophilus hb8 / バクテリア / 好熱性

+
構成要素 #9: タンパク質, 30S ribosomal protein S8

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S8 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.86857 kDa
由来生物種: Thermus thermophilus hb8 / バクテリア / 好熱性

+
構成要素 #10: タンパク質, 30S ribosomal protein S9

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S9 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.410614 kDa
由来生物種: Thermus thermophilus hb8 / バクテリア / 好熱性

+
構成要素 #11: タンパク質, 30S ribosomal protein S10

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S10 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.954968 kDa
由来生物種: Thermus thermophilus hb8 / バクテリア / 好熱性

+
構成要素 #12: タンパク質, 30S ribosomal protein S11

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S11 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.737868 kDa
由来生物種: Thermus thermophilus hb8 / バクテリア / 好熱性

+
構成要素 #13: タンパク質, 30S ribosomal protein S12

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S12 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.637384 kDa
由来生物種: Thermus thermophilus hb8 / バクテリア / 好熱性

+
構成要素 #14: タンパク質, 30S ribosomal protein S13

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S13 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.338861 kDa
由来生物種: Thermus thermophilus hb8 / バクテリア / 好熱性

+
構成要素 #15: タンパク質, 30S ribosomal protein S14 type Z

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / 組換発現: No
分子量理論値: 7.158725 kDa
由来生物種: Thermus thermophilus hb8 / バクテリア / 好熱性

+
構成要素 #16: タンパク質, 30S ribosomal protein S15

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S15 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.578407 kDa
由来生物種: Thermus thermophilus hb8 / バクテリア / 好熱性

+
構成要素 #17: タンパク質, 30S ribosomal protein S16

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S16 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.409983 kDa
由来生物種: Thermus thermophilus hb8 / バクテリア / 好熱性

+
構成要素 #18: タンパク質, 30S ribosomal protein S17

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S17 / 組換発現: No
分子量理論値: 12.325655 kDa
由来生物種: Thermus thermophilus hb8 / バクテリア / 好熱性

+
構成要素 #19: タンパク質, 30S ribosomal protein S18

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S18 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.258299 kDa
由来生物種: Thermus thermophilus hb8 / バクテリア / 好熱性

+
構成要素 #20: タンパク質, 30S ribosomal protein S19

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S19 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.605464 kDa
由来生物種: Thermus thermophilus hb8 / バクテリア / 好熱性

+
構成要素 #21: タンパク質, 30S ribosomal protein S20

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S20 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.736143 kDa
由来生物種: Thermus thermophilus hb8 / バクテリア / 好熱性

+
構成要素 #22: タンパク質, 30S ribosomal protein Thx

タンパク質名称: 30S ribosomal protein Thx / 組換発現: No
分子量理論値: 3.35003 kDa
由来生物種: Thermus thermophilus hb8 / バクテリア / 好熱性

+
構成要素 #23: タンパク質, Translation initiation factor IF-1

タンパク質名称: Translation initiation factor IF-1 / 組換発現: No
分子量理論値: 8.247664 kDa
由来(合成)発現系: Thermus thermophilus hb8 / バクテリア / 好熱性
ベクター: pET13a

+
構成要素 #24: タンパク質, Translation initiation factor IF-3

タンパク質名称: Translation initiation factor IF-3 / 組換発現: No
分子量理論値: 19.904377 kDa
由来(合成)発現系: Thermus thermophilus hb8 / バクテリア / 好熱性
ベクター: pET13a

+
構成要素 #25: 核酸, mRNA

核酸名称: mRNA / クラス: RNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
GCUCUUUUAA CAAUUUAUCA GGCAAGGAGG UAAAAAUGUU CA
分子量理論値: 13.466019 kDa

+
構成要素 #26: 核酸, tRNAi

核酸名称: tRNAi / クラス: RNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
CGCGGGG(4SU)GG AGCAGCCUGG UAGCUCGUCG GG(OMC)UCAUAAC CCGAAG(G7M)UCG UCGG(5MU)(PSU)CAAA UCCGGCCCCC GCAACCA
分子量理論値: 24.861938 kDa
由来生物種: Thermus thermophilus hb8 / バクテリア / 好熱性

+
構成要素 #27: リガンド, ZINC ION

リガンド名称: ZINC ION / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.540905 MDa

+
構成要素 #28: リガンド, MAGNESIUM ION

リガンド名称: MAGNESIUM ION / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 2.430505 MDa

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実験情報

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試料調製

試料の状態粒子
試料溶液試料濃度: 0.08 mg/ml / pH: 7.5
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 温度: 277 K / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 30 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 78000 X (公称値), 104478 X (実測値) / Cs: 2 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 1500 - 3500 nm
試料ホルダモデル: OTHER / 温度: K ( 90 - 100 K)
カメラディテクター: OTHER

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 4400
詳細: Recorded in a FEI Falcon III direct electron detector. Images were collected in movie-mode at 32 frames per second

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 17176 / 詳細: FEI Falcon III
3次元再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / ソフトウェア: RELION / 分解能: 4.45 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF

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原子モデル構築

得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2017年10月4日: この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

  • Jacques Dubochet (University of Lausanne, Switzerland)は、電子顕微鏡試料の氷包埋法(いわゆるクライオ電顕法)を開発しました。EMDBやPDBにある電子顕微鏡のエントリの大多数がこの方法を利用しています。
  • Joachim Frank (Columbia University, New York, USA)は、単粒子解析法を開拓しました。EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリの大多数がこの解析法によるものです。また、広く利用されている画像解析ソフトェア「Spider」の開発者でもあります。EM Navigatorでもマップデータの画像作成などにSpiderを利用しています。
  • Richard Henderson (MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK)は電子顕微鏡による生体分子の立体構造解析の始祖です。電子顕微鏡による最初のPDBエントリであるPDB-1brdは、彼によるものです。

外部リンク: The 2017 Nobel Prize in Chemistry - Press Release

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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