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- EMDB-3930: Nucleosome breathing : Class 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3930
タイトルNucleosome breathing : Class 6
マップデータ
試料Nucleosomeヌクレオソーム
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.5 Å
データ登録者Halic M / Bilokapic S
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / : 2018
タイトル: Histone octamer rearranges to adapt to DNA unwrapping.
著者: Silvija Bilokapic / Mike Strauss / Mario Halic /
要旨: Nucleosomes, the basic units of chromatin, package and regulate expression of eukaryotic genomes. Although the structure of the intact nucleosome is well characterized, little is known about ...Nucleosomes, the basic units of chromatin, package and regulate expression of eukaryotic genomes. Although the structure of the intact nucleosome is well characterized, little is known about structures of partially unwrapped, transient intermediates. In this study, we present nine cryo-EM structures of distinct conformations of nucleosome and subnucleosome particles. These structures show that initial DNA breathing induces conformational changes in the histone octamer, particularly in histone H3, that propagate through the nucleosome and prevent symmetrical DNA opening. Rearrangements in the H2A-H2B dimer strengthen interaction with the unwrapping DNA and promote nucleosome stability. In agreement with this, cross-linked H2A-H2B that cannot accommodate unwrapping of the DNA is not stably maintained in the nucleosome. H2A-H2B release and DNA unwrapping occur simultaneously, indicating that DNA is essential in stabilizing the dimer in the nucleosome. Our structures reveal intrinsic nucleosomal plasticity that is required for nucleosome stability and might be exploited by extrinsic protein factors.
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履歴
登録2017年10月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年10月25日-
マップ公開2017年12月20日-
更新2018年1月24日-
現状2018年1月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3930.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 168 pix.
= 235.2 Å
1.4 Å/pix.
x 168 pix.
= 235.2 Å
1.4 Å/pix.
x 168 pix.
= 235.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.11 / ムービー #1: 0.11
最小 - 最大-0.07114536 - 0.49245793
平均 (標準偏差)0.0056003877 (±0.026432322)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions168168168
Spacing168168168
セルA=B=C: 235.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.41.41.4
M x/y/z168168168
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z235.200235.200235.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS168168168
D min/max/mean-0.0710.4920.006

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Nucleosome

全体名称: Nucleosomeヌクレオソーム / 構成要素数: 1

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構成要素 #1: タンパク質, Nucleosome

タンパク質名称: Nucleosomeヌクレオソーム / 組換発現: No
分子量理論値: 200 kDa
由来生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

撮影顕微鏡: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 100 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラ検出器: FEI FALCON II (4k x 4k)

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 14000
3次元再構成ソフトウェア: RELION / 解像度: 10.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF

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万見について

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

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関連情報:Omokage検索

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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