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- PDB-5wcu: Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wcu
タイトルCrystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5
要素
  • (DNA (167-MER)) x 2
  • Histone H2A
  • Histone H2B
  • Histone H3
  • Histone H4
  • Histone H5
キーワードCHROMATIN BINDING PROTEIN/DNA / NUCLEOSOME CORE PARTICLE / HISTONE FOLD / CHROMOSOME / CHROMATIN / GLOBULAR DOMAIN / HISTONE H5 / GH5 / 167 BP NUCLEOSOME / CHROMATOSOME / NUCLEOSOME PACKING / 30 NM CHROMATIN FIBER / LINKER HISTONE H5 / LINKER DNA / NUCLEOSOME BINDING PROTEIN / PROTEIN DNA COMPLEXES / DNA BINDING / CHROMATIN HIGHER ORDER STRUCTURE / CHROMATIN FOLDING / CHROMATIN BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / Interleukin-7 signaling / Chromatin modifying enzymes / Condensation of Prophase Chromosomes / SUMOylation of chromatin organization proteins / Metalloprotease DUBs / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RCAF complex ...HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / Interleukin-7 signaling / Chromatin modifying enzymes / Condensation of Prophase Chromosomes / SUMOylation of chromatin organization proteins / Metalloprotease DUBs / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RCAF complex / RMTs methylate histone arginines / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / polytene chromosome band / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / PRC2 methylates histones and DNA / HDACs deacetylate histones / Ub-specific processing proteases / RNA Polymerase I Promoter Escape / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / larval somatic muscle development / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Transcriptional regulation by small RNAs / Estrogen-dependent gene expression / HATs acetylate histones / UCH proteinases / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Oxidative Stress Induced Senescence / polytene chromosome / negative regulation of DNA recombination / chromosome condensation / nucleosomal DNA binding / nuclear chromosome / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / chromatin organization / chromosome / double-stranded DNA binding / protein heterodimerization activity / protein-containing complex binding / chromatin / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Linker histone H1/H5 / linker histone H1 and H5 family / Linker histone H1/H5, domain H15 / Linker histone H1/H5 globular (H15) domain profile. / Domain in histone families 1 and 5 / : / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site ...Linker histone H1/H5 / linker histone H1 and H5 family / Linker histone H1/H5, domain H15 / Linker histone H1/H5 globular (H15) domain profile. / Domain in histone families 1 and 5 / : / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H5 / Histone H2B / Histone H3 / Histone H4 / Histone H2A
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Gallus gallus (ニワトリ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.53 Å
データ登録者Jiang, J.S. / Zhou, B.R.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Revisit of Reconstituted 30-nm Nucleosome Arrays Reveals an Ensemble of Dynamic Structures.
著者: Zhou, B.R. / Jiang, J. / Ghirlando, R. / Norouzi, D. / Sathish Yadav, K.N. / Feng, H. / Wang, R. / Zhang, P. / Zhurkin, V. / Bai, Y.
履歴
登録2017年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Histone H3
B: Histone H4
C: Histone H2A
D: Histone H2B
E: Histone H3
F: Histone H4
G: Histone H2A
H: Histone H2B
I: DNA (167-MER)
J: DNA (167-MER)
K: Histone H3
L: Histone H4
M: Histone H2A
N: Histone H2B
O: Histone H3
P: Histone H4
Q: Histone H2A
R: Histone H2B
S: DNA (167-MER)
T: DNA (167-MER)
U: Histone H5
V: Histone H5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)393,46722
ポリマ－393,46722
非ポリマー00
水00
1
A: Histone H3
B: Histone H4
C: Histone H2A
D: Histone H2B
E: Histone H3
F: Histone H4
G: Histone H2A
H: Histone H2B
I: DNA (167-MER)
J: DNA (167-MER)
U: Histone H5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,73411
ポリマ－196,73411
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area62380 Å2
ΔGint-404 kcal/mol
Surface area82510 Å2
手法PISA
2
K: Histone H3
L: Histone H4
M: Histone H2A
N: Histone H2B
O: Histone H3
P: Histone H4
Q: Histone H2A
R: Histone H2B
S: DNA (167-MER)
T: DNA (167-MER)
V: Histone H5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,73411
ポリマ－196,73411
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area61970 Å2
ΔGint-384 kcal/mol
Surface area83250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.926, 108.543, 180.770
Angle α, β, γ (deg.)100.79, 90.08, 89.94
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 5種, 18分子 AEKOBFLPCGMQDHNRUV

#1: タンパク質
Histone H3


分子量: 11488.410 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 39-136 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: His3, His3:CG31613, CG31613, His3:CG33803, CG33803, His3:CG33806, CG33806, His3:CG33809, CG33809, His3:CG33812, CG33812, His3:CG33815, CG33815, His3:CG33818, CG33818, His3:CG33821, ...遺伝子: His3, His3:CG31613, CG31613, His3:CG33803, CG33803, His3:CG33806, CG33806, His3:CG33809, CG33809, His3:CG33812, CG33812, His3:CG33815, CG33815, His3:CG33818, CG33818, His3:CG33821, CG33821, His3:CG33824, CG33824, His3:CG33827, CG33827, His3:CG33830, CG33830, His3:CG33833, CG33833, His3:CG33836, CG33836, His3:CG33839, CG33839, His3:CG33842, CG33842, His3:CG33845, CG33845, His3:CG33848, CG33848, His3:CG33851, CG33851, His3:CG33854, CG33854, His3:CG33857, CG33857, His3:CG33860, CG33860, His3:CG33863, CG33863, His3:CG33866, CG33866
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02299
#2: タンパク質
Histone H4


分子量: 9279.875 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 22-103 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: His4, H4, His4r, H4r, CG3379, His4:CG31611, CG31611, His4:CG33869, CG33869, His4:CG33871, CG33871, His4:CG33873, CG33873, His4:CG33875, CG33875, His4:CG33877, CG33877, His4:CG33879, ...遺伝子: His4, H4, His4r, H4r, CG3379, His4:CG31611, CG31611, His4:CG33869, CG33869, His4:CG33871, CG33871, His4:CG33873, CG33873, His4:CG33875, CG33875, His4:CG33877, CG33877, His4:CG33879, CG33879, His4:CG33881, CG33881, His4:CG33883, CG33883, His4:CG33885, CG33885, His4:CG33887, CG33887, His4:CG33889, CG33889, His4:CG33891, CG33891, His4:CG33893, CG33893, His4:CG33895, CG33895, His4:CG33897, CG33897, His4:CG33899, CG33899, His4:CG33901, CG33901, His4:CG33903, CG33903, His4:CG33905, CG33905, His4:CG33907, CG33907, His4:CG33909, CG33909
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84040
#3: タンパク質
Histone H2A


分子量: 11352.236 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 15-118 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: His2A, H2a, His2A:CG31618, CG31618, His2A:CG33808, CG33808, His2A:CG33814, CG33814, His2A:CG33817, CG33817, His2A:CG33820, CG33820, His2A:CG33823, CG33823, His2A:CG33826, CG33826, His2A: ...遺伝子: His2A, H2a, His2A:CG31618, CG31618, His2A:CG33808, CG33808, His2A:CG33814, CG33814, His2A:CG33817, CG33817, His2A:CG33820, CG33820, His2A:CG33823, CG33823, His2A:CG33826, CG33826, His2A:CG33829, CG33829, His2A:CG33832, CG33832, His2A:CG33835, CG33835, His2A:CG33838, CG33838, His2A:CG33841, CG33841, His2A:CG33844, CG33844, His2A:CG33847, CG33847, His2A:CG33850, CG33850, His2A:CG33862, CG33862, His2A:CG33865, CG33865
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84051
#4: タンパク質
Histone H2B


分子量: 10592.202 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 29-122 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: His2B, His2B:CG17949, CG17949, His2B:CG33868, CG33868, His2B:CG33870, CG33870, His2B:CG33872, CG33872, His2B:CG33874, CG33874, His2B:CG33876, CG33876, His2B:CG33878, CG33878, His2B: ...遺伝子: His2B, His2B:CG17949, CG17949, His2B:CG33868, CG33868, His2B:CG33870, CG33870, His2B:CG33872, CG33872, His2B:CG33874, CG33874, His2B:CG33876, CG33876, His2B:CG33878, CG33878, His2B:CG33880, CG33880, His2B:CG33882, CG33882, His2B:CG33884, CG33884, His2B:CG33886, CG33886, His2B:CG33888, CG33888, His2B:CG33890, CG33890, His2B:CG33892, CG33892, His2B:CG33894, CG33894, His2B:CG33896, CG33896, His2B:CG33898, CG33898, His2B:CG33900, CG33900, His2B:CG33902, CG33902, His2B:CG33904, CG33904, His2B:CG33906, CG33906, His2B:CG33908, CG33908, His2B:CG33910, CG33910
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02283
#7: タンパク質 Histone H5


分子量: 8199.485 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-98 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02259

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 ISJT

#5: DNA鎖 DNA (167-MER)


分子量: 51318.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 167 BP WIDOM 601 DNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: DNA鎖 DNA (167-MER)


分子量: 51789.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 167 BP WIDOM 601 DNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M NH4NO3, 10% MPD (v/v)

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月18日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.53→49.63 Å / Num. obs: 15268 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 176.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 5.53→5.73 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 1.706 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QLC

4qlc


解像度: 5.53→48.62 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 29.56 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 1548 10.14 %Random
Rwork0.189 ---
obs0.195 15266 97.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.53→48.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13051 13568 0 0 26619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00528441
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75141235
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.50414822
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0414678
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042928
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
5.5376-5.71610.35451360.33271220X-RAY DIFFRACTION87
5.7161-5.91990.37891370.30031229X-RAY DIFFRACTION87
5.9199-6.15640.40271360.28541260X-RAY DIFFRACTION89
6.1564-6.43590.3731420.26831278X-RAY DIFFRACTION89
6.4359-6.77410.35351350.22391237X-RAY DIFFRACTION88
6.7741-7.1970.28621430.2241263X-RAY DIFFRACTION88
7.197-7.75020.281370.20241252X-RAY DIFFRACTION88
7.7502-8.52550.2221380.17221247X-RAY DIFFRACTION88
8.5255-9.74850.20091410.15961268X-RAY DIFFRACTION88
9.7485-12.24220.13921360.13731241X-RAY DIFFRACTION88
12.2422-45.44390.17251400.13631238X-RAY DIFFRACTION87

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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