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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3807 | |||||||||
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タイトル | Chloroplast Ribosome, collected with pixel size 1.39 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Spinacia oleracea (ホウレンソウ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Forsberg BO / Aibara S / Kimanius D / Paul B / Lindahl E / Amunts A | |||||||||
引用 | ジャーナル: IUCrJ / 年: 2017 タイトル: Cryo-EM reconstruction of the chlororibosome to 3.2 Å resolution within 24 h. 著者: Björn O Forsberg / Shintaro Aibara / Dari Kimanius / Bijoya Paul / Erik Lindahl / Alexey Amunts / 要旨: The introduction of direct detectors and the automation of data collection in cryo-EM have led to a surge in data, creating new opportunities for advancing computational processing. In particular, on- ...The introduction of direct detectors and the automation of data collection in cryo-EM have led to a surge in data, creating new opportunities for advancing computational processing. In particular, on-the-fly workflows that connect data collection with three-dimensional reconstruction would be valuable for more efficient use of cryo-EM and its application as a sample-screening tool. Here, accelerated on-the-fly analysis is reported with optimized organization of the data-processing tools, image acquisition and particle alignment that make it possible to reconstruct the three-dimensional density of the 70S chlororibosome to 3.2 Å resolution within 24 h of tissue harvesting. It is also shown that it is possible to achieve even faster processing at comparable quality by imposing some limits to data use, as illustrated by a 3.7 Å resolution map that was obtained in only 80 min on a desktop computer. These on-the-fly methods can be employed as an assessment of data quality from small samples and extended to high-throughput approaches. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3807.map.gz | 14.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3807-v30.xml emd-3807.xml | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3807.png | 214.9 KB | ||
マスクデータ | emd_3807_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_3807_half_map_1.map.gz emd_3807_half_map_2.map.gz | 98.1 MB 98.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3807 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3807 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3807_validation.pdf.gz | 420.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3807_full_validation.pdf.gz | 420 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3807_validation.xml.gz | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3807 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3807 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3807.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.39 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_3807_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_3807_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_3807_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Chloroplast ribosome from spinach
全体 | 名称: Chloroplast ribosome from spinach |
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要素 |
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-超分子 #1: Chloroplast ribosome from spinach
超分子 | 名称: Chloroplast ribosome from spinach / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 19.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 20000 |
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初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |