English [日本語]
- EMDB-3802: The cryo-EM structure of human TFIIH -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

データがありません

-
基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 3802
タイトルThe cryo-EM structure of human TFIIH
試料TFIIH
由来Homo sapiens / ヒト
マップデータPostprocessed (b-factor sharpened, low pass filtered) masked map used for atomic coordinate refinement.
手法単粒子再構成法, 4.4Å分解能
データ登録者Greber BJ / Nguyen THD / Fang J / Afonine PV / Adams PD / Nogales E
引用Nature, 2017

Nature, 2017
The cryo-electron microscopy structure of human transcription factor IIH
Greber BJ / Nguyen THD / Fang J / Afonine PV / Adams PD / Nogales E

構造検証レポートPDB-ID: 5of4

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年7月10日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2017年8月23日 / マップ公開: 2017年9月13日 / 最新の更新: 2017年9月20日

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: : PDB-5of4
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
3D viewer


表示 / / 立体視:
中心
拡大
スケール
断面手前 <=> 奥

固定: /
方向
方向 Rotation
その他 /
表示/非表示
添付画像

ダウンロードとリンク

-
マップデータ

ファイルemd_3802.map.gz (map file in CCP4 format, 67109 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
256 pix
1.32 Å/pix.
= 337.92 Å
256 pix
1.32 Å/pix.
= 337.92 Å
256 pix
1.32 Å/pix.
= 337.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spiderにより作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度
表面のレベル:0.03 (by author), 0.03 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.07498146 - 0.12866755
平均 (標準偏差)0.0003252262 (0.0035969224)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions256256256
Origin000
Limit255255255
Spacing256256256
セルA=B=C: 337.92 Å
α=β=γ: 90 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z337.920337.920337.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0750.1290.000

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_3802_msk_1.map ( map file in CCP4 format, 67109 KB )
投影像・断面図
ZYX
投影像
断面 (1/2)
密度ヒストグラム
Data typeImage stored as Reals
Annotation detailsNone
Space group number1

-
マスク #1~

ファイルemd_3802_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX
投影像
断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
試料の構成要素

+
全体 TFIIH

全体名称: TFIIH / 構成要素数: 14

+
構成要素 #1: タンパク質, TFIIH

タンパク質名称: TFIIH / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens / ヒト

+
構成要素 #2: タンパク質, TFIIH core complex

タンパク質名称: TFIIH core complex / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens / ヒト
由来(天然)細胞中の位置: Nucleus

+
構成要素 #3: タンパク質, TFIIH CDK-activating kinase (CAK) subcomplex

タンパク質名称: TFIIH CDK-activating kinase (CAK) subcomplex / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens / ヒト
由来(天然)細胞中の位置: Nucleus

+
構成要素 #4: タンパク質, TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subu...

タンパク質名称: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit,XPB,TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit
組換発現: No
分子量理論値: 62.426047 kDa
由来生物種: Homo sapiens / ヒト

+
構成要素 #5: タンパク質, TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit

タンパク質名称: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit
組換発現: No
分子量理論値: 87.021078 kDa
由来生物種: Homo sapiens / ヒト

+
構成要素 #6: タンパク質, General transcription factor IIH subunit 4,p52,General tra...

タンパク質名称: General transcription factor IIH subunit 4,p52,General transcription factor IIH subunit 4
組換発現: No
分子量理論値: 9.875401 kDa
由来生物種: Homo sapiens / ヒト

+
構成要素 #7: タンパク質, General transcription factor IIH subunit 2

タンパク質名称: General transcription factor IIH subunit 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 44.481996 kDa
由来生物種: Homo sapiens / ヒト

+
構成要素 #8: タンパク質, General transcription factor IIH subunit 3

タンパク質名称: General transcription factor IIH subunit 3 / 組換発現: No
分子量理論値: 34.416008 kDa
由来生物種: Homo sapiens / ヒト

+
構成要素 #9: タンパク質, General transcription factor IIH subunit 5

タンパク質名称: General transcription factor IIH subunit 5 / 組換発現: No
分子量理論値: 8.060362 kDa
由来生物種: Homo sapiens / ヒト

+
構成要素 #10: タンパク質, MAT1

タンパク質名称: MAT1 / 詳細: Sequence register unassigned. / 組換発現: No
分子量理論値: 10.571022 kDa
由来生物種: Homo sapiens / ヒト

+
構成要素 #11: タンパク質, Unassigned secondary structure elements.

タンパク質名称: Unassigned secondary structure elements. / 詳細: Sequence unassigned. / 組換発現: No
分子量理論値: 22.996232 kDa
由来生物種: Homo sapiens / ヒト

+
構成要素 #12: タンパク質, Unassigned secondary structure elements (p52 region)

タンパク質名称: Unassigned secondary structure elements (p52 region)
詳細: Sequence unassigned / 組換発現: No
分子量理論値: 19.762281 kDa
由来生物種: Homo sapiens / ヒト

+
構成要素 #13: タンパク質, Unassigned secondary structure elements (XPB NTE region)

タンパク質名称: Unassigned secondary structure elements (XPB NTE region)
組換発現: No
分子量理論値: 6.656196 kDa
由来生物種: Homo sapiens / ヒト

+
構成要素 #14: リガンド, IRON/SULFUR CLUSTER

リガンド名称: IRON/SULFUR CLUSTER / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.35164 kDa

-
実験情報

-
試料調製

試料の状態粒子
試料溶液試料濃度: 0.0049 mg/ml / pH: 7.8
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 温度: 278.15 K / 湿度: 100 % / 詳細: 3-4 minute incubation, 2 second blot

-
電子顕微鏡撮影

撮影顕微鏡: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 40 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 37879 X (実測値) / Cs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 2000 - 4500 nm
試料ホルダモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
カメラディテクター: GATAN K2 (4k x 4k)

-
画像取得

画像取得デジタル画像の数: 8300 / サンプリングサイズ: 5 microns
詳細: 8300 micrographs collected in four session with identical acquisition settings. Sessions lasted 4, 2, 4, and 4 days and yielded 1200, 1700, 2800, and 2600 micrographs.

-
画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 122900
詳細: Micrographs were inspected for quality of Thon rings and ice contamination. Poor micrographs were rejected.
3次元再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / ソフトウェア: RELION
CTF補正: Correction in RELION based on values determined in CTFFIND4.
分解能: 4.4 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF / 詳細: RELION 3D auto-refinement (gold standard).
オイラー角: Maximum-likelihood 3D refinement within RELION.

-
原子モデル構築

得られたモデル

+
万見について

-
お知らせ

-
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

+
2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

+
2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

+
2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る