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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3728 | |||||||||
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タイトル | RNA polymerase I pre-initiation complex (CF focused refinement) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Sadian Y / Tafur L / Kosinski J / Jakobi AJ / Wetzel R / Buczak K / Hagen WJH / Beck M / Sachse C / Muller CW | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2017 タイトル: Structural insights into transcription initiation by yeast RNA polymerase I. 著者: Yashar Sadian / Lucas Tafur / Jan Kosinski / Arjen J Jakobi / Rene Wetzel / Katarzyna Buczak / Wim Jh Hagen / Martin Beck / Carsten Sachse / Christoph W Müller / 要旨: In eukaryotic cells, RNA polymerase I (Pol I) synthesizes precursor ribosomal RNA (pre-rRNA) that is subsequently processed into mature rRNA. To initiate transcription, Pol I requires the assembly of ...In eukaryotic cells, RNA polymerase I (Pol I) synthesizes precursor ribosomal RNA (pre-rRNA) that is subsequently processed into mature rRNA. To initiate transcription, Pol I requires the assembly of a multi-subunit pre-initiation complex (PIC) at the ribosomal RNA promoter. In yeast, the minimal PIC includes Pol I, the transcription factor Rrn3, and Core Factor (CF) composed of subunits Rrn6, Rrn7, and Rrn11. Here, we present the cryo-EM structure of the 18-subunit yeast Pol I PIC bound to a transcription scaffold. The cryo-EM map reveals an unexpected arrangement of the DNA and CF subunits relative to Pol I. The upstream DNA is positioned differently than in any previous structures of the Pol II PIC. Furthermore, the TFIIB-related subunit Rrn7 also occupies a different location compared to the Pol II PIC although it uses similar interfaces as TFIIB to contact DNA. Our results show that although general features of eukaryotic transcription initiation are conserved, Pol I and Pol II use them differently in their respective transcription initiation complexes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3728.map.gz | 626.6 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3728-v30.xml emd-3728.xml | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3728.png | 128.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3728 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3728 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3728_validation.pdf.gz | 193.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3728_full_validation.pdf.gz | 192.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3728_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3728 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3728 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3728.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : RNA polymerase I pre-initiation complex with Core Factor, Rrn3 an...
全体 | 名称: RNA polymerase I pre-initiation complex with Core Factor, Rrn3 and transcription scaffold |
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要素 |
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-超分子 #1: RNA polymerase I pre-initiation complex with Core Factor, Rrn3 an...
超分子 | 名称: RNA polymerase I pre-initiation complex with Core Factor, Rrn3 and transcription scaffold タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-分子 #1: RRN11_YEAST RNA polymerase I-specific transcription initiation fa...
分子 | 名称: RRN11_YEAST RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MFEVPITLTN RKFAQRRKLK YQYINYISRR FDRISKKSTT TDSLPTPENS AAENNDEEEG QNSEAGTYR RSVLQQKKRR RERHWRSVVG EIYSTTESET DSQEEETEEG GEHDTGIDKE D SDEERKFW KKYEKPEKSF EIWRTVSSQN KQPINKQKMT YHNFKKIEKI ...文字列: MFEVPITLTN RKFAQRRKLK YQYINYISRR FDRISKKSTT TDSLPTPENS AAENNDEEEG QNSEAGTYR RSVLQQKKRR RERHWRSVVG EIYSTTESET DSQEEETEEG GEHDTGIDKE D SDEERKFW KKYEKPEKSF EIWRTVSSQN KQPINKQKMT YHNFKKIEKI PLRKMEIPLL HC TKENKLY FQSISRGLEP LKTSTSEVRN YRTRHIVTLT DLLHLNVSRH NWSLAYKIFA TLI RIPGVQ IKSLWGIGVE ILDNLSNSSS GLDFLQWMCQ IYSSKSRFVQ NINYRSIVPP FQTG SRTHT AKFAITYLWS SLINCQKSME PSSNIIDKPF DTENDLLQEL IDKISEWVLT PPFME DAEV WFIYASCHLL KADTLSRQFV NDNKNNDLIG LDRDIKINQV IKHIHYVRTF LKICLD KGG FAVPSRLIEN QLKSFESRLY GEAQDIQERD VANVYDSIDN SSVENSFGDV YETNAEF LD TQLMDLSPED NGLDEMHYSD EDSSE |
-分子 #2: RRN7_YEAST RNA polymerase I-specific transcription initiation fac...
分子 | 名称: RRN7_YEAST RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MSTFIRGPIC GTDNCPSRLW RIIDGRRTCQ YGHVMEGDVE FNDDEDDLNG LGAGVITRRL NLTTNATGS FQSSQLTNSQ LLQQQQRQSH KKFKKLIGHE AKLLFLKSFQ FILKRQIRWL I TEMRFPKE FEHVAKIIWL KILKTINDQP QEELKLQLHM TSTISILYLA ...文字列: MSTFIRGPIC GTDNCPSRLW RIIDGRRTCQ YGHVMEGDVE FNDDEDDLNG LGAGVITRRL NLTTNATGS FQSSQLTNSQ LLQQQQRQSH KKFKKLIGHE AKLLFLKSFQ FILKRQIRWL I TEMRFPKE FEHVAKIIWL KILKTINDQP QEELKLQLHM TSTISILYLA STHLSLPVYT CD YIKWICT AKMPYFQASE ILPKSWRIQL PNYYVSILEG SISPFNGQLY NKIALTCGMI HFK EFFNSE ISCQGLLLKL VMQCALPPEF YFYTKQVIEF EETDIRNLTL WERTDERHTG RVSN HAELR VLSYFMLTIN WMLSFDRDRQ YPLKWILSLT ESLTQRTTTS ESIGRNIVKV VYPDK PTSS DYFQWSEEET LEFLKWMEKQ FLPTQTKSLH NENGSMEMTI DQKIARRKLY KIFPLD REA NHDGEFNDST HQLTFIEDLQ ERYAKQTPFF ESNKIRDSLN YQEANPPARK EAIGRLL TH IASQLLVDFA ISKEQLKDCI SRIKNACLHR MN |
-分子 #3: RRN6_YEAST RNA polymerase I-specific transcription initiation fac...
分子 | 名称: RRN6_YEAST RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MSEGQIPSSD VLGSQLGVGV QGASLYCPQE NYTTKKQEKP QWLRPVDDTL AEDALDLHIV VKSLLCDTA IRYISDDKVL QESDADDDLI TSDIDEDTDN QGDTSIVVNP VIPVVPKDVH F FKKVDVGN DSMFGVNCDT PVSFQDYIPS DLLRNLDDTL QESTNSSRPM ...文字列: MSEGQIPSSD VLGSQLGVGV QGASLYCPQE NYTTKKQEKP QWLRPVDDTL AEDALDLHIV VKSLLCDTA IRYISDDKVL QESDADDDLI TSDIDEDTDN QGDTSIVVNP VIPVVPKDVH F FKKVDVGN DSMFGVNCDT PVSFQDYIPS DLLRNLDDTL QESTNSSRPM QDAFFWDPTV AN RLDSQYI QTASDLRNYR DGTEIIAYAS GKTGSVLNIA VLTRQNTLHL NRHNNVTSIE LHS PIKSIK IPGASESIGR RSNLVGIITE NSFQIFRIES VHSRSCDVMV SSSEPLYFVE IDDL QVVDF AFNPWDLQQF AIIDIKGNWS IGRIPKNFNN NNKRKLQLID NLHGTIFDPE ELSSW KRIE WFSHFQKILV FDRSKMIEID FMNNWQTEVV QAKAWSNIRD YKRIDDKNGI LLTSRE III VGASESNDPV RRISWKHDLD PDDTTLRITV QKVKKPDHIL LVAFVYSMRH KRIYMHV FS HRKANLFQSL GCSTVLEIPG GTPTGIETIL TLDHIDDESR REEDADENFE LVVDFLVK L RNSSEVYYYA LSNTQNSEPN KQETPIIVDH PEWASLFNNA DEREKESIGA LVSQIKLKE RERISRVQNL IEHENSHDED KYLQDLGYRL SIATNELLES WQKTKDESIL SGSLSHSKLK NLLENSDSF ASIPEFSSLL DQFFQYYQDQ DVTFIGFEKL LHLFLHEDVP GLDIFYNKLL Q CWVLVSPQ AELLTKEIVK DIIWSLARLE KPSLFEPIQN EISRSLSGPY QDIISSWDMD DI NEEDESN EFNFDSQFSA PFNGRPPFNL NSQSQIPTIK SSQSSGLARR KRILKTQSQK ATP LSQSTQ NLSVLPDSMT PAFTLMQPPS SQISFVNDSQ PRNSQKAKKK KKRIRGFG |
-分子 #4: non-template strand DNA
分子 | 名称: non-template strand DNA / タイプ: dna / ID: 4 / 分類: DNA |
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配列 | 文字列: GGTTTAGTCA TGGAGTACAA GTGTGAGGAA AAGTAGTTGG CGTAGCAGGA GAAGTAAAGC AGTTGAAGAC |
-分子 #5: template strand DNA
分子 | 名称: template strand DNA / タイプ: dna / ID: 5 / 分類: DNA |
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配列 | 文字列: CCAAATCAGT ACCTCATGTT CACACTCCTT TTCATCAACC CTCCATGAAG TACGCTTTCG TCAACTTCTG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 4235 / 平均露光時間: 20.0 sec. / 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.75 µm / 倍率(公称値): 105000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 38589 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |