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- EMDB-3570: Structure of deformed wing virus, a honeybee pathogen -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 3570
タイトルStructure of deformed wing virus, a honeybee pathogen
マップデータ
試料Deformed wing virus:
virusウイルス / VP1 / VP2 / VP3 / ligandリガンド
機能・相同性Peptidase S1, PA clan / CRPV capsid protein like / RNA依存性RNAポリメラーゼ / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Dicistrovirus, capsid-polyprotein, C-terminal / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain ...Peptidase S1, PA clan / CRPV capsid protein like / RNA依存性RNAポリメラーゼ / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Dicistrovirus, capsid-polyprotein, C-terminal / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / Picornavirus capsid / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / ヘリカーゼ / cysteine-type peptidase activity / host cell membrane / RNA helicase activity / カプシド / viral RNA genome replication / RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / transcription, DNA-templated / structural molecule activity / RNA binding / 生体膜 / ATP binding / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
機能・相同性情報
由来Deformed wing virus (ウイルス)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 3.8Å分解能
データ登録者Skubnik K / Novacek J / Fuzik T / Pridal A / Paxton R / Plevka P
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / : 2017
タイトル: Structure of deformed wing virus, a major honey bee pathogen.
著者: Karel Škubník / Jiří Nováček / Tibor Füzik / Antonín Přidal / Robert J Paxton / Pavel Plevka
構造検証レポートPDB-ID: 5mup

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年1月13日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2016年8月31日 / マップ公開: 2017年4月5日 / 最新の更新: 2018年10月24日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: : PDB-5mup
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデル: PDB-5mup
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_3570.map.gz (map file in CCP4 format, 651086 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
546 pix
1.05 Å/pix.
= 575.484 Å
546 pix
1.05 Å/pix.
= 575.484 Å
546 pix
1.05 Å/pix.
= 575.484 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.054 Å
密度
表面のレベル:0.045 (by author), 0.045 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.2114736 - 0.32601574
平均 (標準偏差)0.0012782764 (0.014463036)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions546546546
Origin-273.0-273.0-273.0
Limit272.0272.0272.0
Spacing546546546
セルA=B=C: 575.484 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0541.0541.054
M x/y/z546546546
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z575.484575.484575.484
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-273-273-273
NC/NR/NS546546546
D min/max/mean-0.2110.3260.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Deformed wing virus

全体名称: Deformed wing virus / 詳細: Virus was purified from honeybee pupae / 構成要素数: 5

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構成要素 #1: ウイルス, Deformed wing virus

ウイルス名称: Deformed wing virus / クラス: VIRION / 詳細: Virus was purified from honeybee pupae / 中空か: No / エンベロープを持つか: No / 単離: OTHER
生物種生物種: Deformed wing virus (ウイルス)
由来(天然)宿主: Apis mellifera (セイヨウミツバチ)

+
構成要素 #2: タンパク質, VP1

タンパク質名称: VP1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 28.679273 kDa
由来生物種: Deformed wing virus (ウイルス)

+
構成要素 #3: タンパク質, VP2

タンパク質名称: VP2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 28.3609 kDa
由来生物種: Deformed wing virus (ウイルス)

+
構成要素 #4: タンパク質, VP3

タンパク質名称: VP3 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 46.697582 kDa
由来生物種: Deformed wing virus (ウイルス)

+
構成要素 #5: リガンド, URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE

リガンド名称: URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.324181 kDa

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 2.5 mg/ml
緩衝液: Dulbeccos Phosphate Buffered Saline D8537 sigma aldrich
pH: 7.4
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 温度: 298 K / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 21 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 75000.0 X (公称値), 74235.0 X (実測値) / Cs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 1000.0 - 4000.0 nm
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
カメラディテクター: FEI FALCON II (4k x 4k)

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画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 879
3次元再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / ソフトウェア: RELION / 分解能: 3.8 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF / オイラー角: Relion 3D auto refinement
FSC曲線
(分解能の算定)

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原子モデル構築

モデリング #1当てはまり具合の基準: R-factor / 精密化に使用した空間: REAL
得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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