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- EMDB-3387: Cryo-EM structure of human apo phosphorylated APC/C -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3387
タイトルCryo-EM structure of human apo phosphorylated APC/C
マップデータSingle particle reconstruction of human apo phosphorylated APC/C
試料
  • 試料: Recombinant human apo APC/C phosphorylated in vitro
  • タンパク質・ペプチド: x 14種
キーワードCell cycle (細胞周期) / phosphorylation (リン酸化) / mitosis (有糸分裂) / ubiquitination (ユビキチン)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / positive regulation of synapse maturation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / 後期促進複合体 / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / regulation of meiotic cell cycle / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition ...regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / positive regulation of synapse maturation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / 後期促進複合体 / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / regulation of meiotic cell cycle / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / regulation of exit from mitosis / positive regulation of synaptic plasticity / Phosphorylation of the APC/C / protein K11-linked ubiquitination / enzyme-substrate adaptor activity / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of dendrite morphogenesis / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / mitotic metaphase chromosome alignment / cullin family protein binding / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / Transcriptional Regulation by VENTX / positive regulation of axon extension / ヘテロクロマチン / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / regulation of mitotic cell cycle / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / nuclear periphery / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / brain development / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / 紡錘体 / spindle / 動原体 / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / ubiquitin-protein transferase activity / Separation of Sister Chromatids / ubiquitin protein ligase activity / microtubule cytoskeleton / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / mitotic cell cycle / nervous system development / ubiquitin-dependent protein catabolic process / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / protein phosphatase binding / 細胞分化 / molecular adaptor activity / protein ubiquitination / 細胞周期 / 細胞分裂 / negative regulation of gene expression / 中心体 / ubiquitin protein ligase binding / 核小体 / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / : / Anaphase-promoting complex subunit 5, N-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain / : / : / Anaphase-promoting complex subunit 1 WD40 beta-propeller domain ...Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / : / Anaphase-promoting complex subunit 5, N-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain / : / : / Anaphase-promoting complex subunit 1 WD40 beta-propeller domain / Anaphase-promoting complex sub unit 1 C-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 middle domain / APC1 beta sandwich domain / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex, subunit 16 / Cdc23 / Apc13 / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 4 long domain / Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23 / Apc13p protein / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 5 domain / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit APC10/Doc1 / Anaphase-promoting complex, subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex APC subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 11, RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 2, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / TPR repeat / Tetratricopeptide repeat / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Tetratricopeptide repeat / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Tetratricopeptide repeat 1 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Galactose-binding-like domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 7 ...Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 7 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase-promoting complex subunit 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Zhang S / Chang L / Alfieri C / Zhang Z / Yang J / Maslen S / Skehel M / Barford D
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Molecular mechanism of APC/C activation by mitotic phosphorylation.
著者: Suyang Zhang / Leifu Chang / Claudio Alfieri / Ziguo Zhang / Jing Yang / Sarah Maslen / Mark Skehel / David Barford /
要旨: In eukaryotes, the anaphase-promoting complex (APC/C, also known as the cyclosome) regulates the ubiquitin-dependent proteolysis of specific cell-cycle proteins to coordinate chromosome segregation ...In eukaryotes, the anaphase-promoting complex (APC/C, also known as the cyclosome) regulates the ubiquitin-dependent proteolysis of specific cell-cycle proteins to coordinate chromosome segregation in mitosis and entry into the G1 phase. The catalytic activity of the APC/C and its ability to specify the destruction of particular proteins at different phases of the cell cycle are controlled by its interaction with two structurally related coactivator subunits, Cdc20 and Cdh1. Coactivators recognize substrate degrons, and enhance the affinity of the APC/C for its cognate E2 (refs 4-6). During mitosis, cyclin-dependent kinase (Cdk) and polo-like kinase (Plk) control Cdc20- and Cdh1-mediated activation of the APC/C. Hyperphosphorylation of APC/C subunits, notably Apc1 and Apc3, is required for Cdc20 to activate the APC/C, whereas phosphorylation of Cdh1 prevents its association with the APC/C. Since both coactivators associate with the APC/C through their common C-box and Ile-Arg tail motifs, the mechanism underlying this differential regulation is unclear, as is the role of specific APC/C phosphorylation sites. Here, using cryo-electron microscopy and biochemical analysis, we define the molecular basis of how phosphorylation of human APC/C allows for its control by Cdc20. An auto-inhibitory segment of Apc1 acts as a molecular switch that in apo unphosphorylated APC/C interacts with the C-box binding site and obstructs engagement of Cdc20. Phosphorylation of the auto-inhibitory segment displaces it from the C-box-binding site. Efficient phosphorylation of the auto-inhibitory segment, and thus relief of auto-inhibition, requires the recruitment of Cdk-cyclin in complex with a Cdk regulatory subunit (Cks) to a hyperphosphorylated loop of Apc3. We also find that the small-molecule inhibitor, tosyl-l-arginine methyl ester, preferentially suppresses APC/C(Cdc20) rather than APC/C(Cdh1), and interacts with the binding sites of both the C-box and Ile-Arg tail motifs. Our results reveal the mechanism for the regulation of mitotic APC/C by phosphorylation and provide a rationale for the development of selective inhibitors of this state.
履歴
登録2016年3月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年4月27日-
マップ公開2016年4月27日-
更新2016年6月1日-
現状2016年6月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3387.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3387.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 68.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Single particle reconstruction of human apo phosphorylated APC/C
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.08 / ムービー #1: 0.08
最小 - 最大-0.11015941 - 0.29764223
平均 (標準偏差)0.00240201 (±0.01513086)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ264264264
Spacing264264264
セルA=B=C: 359.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.361.361.36
M x/y/z264264264
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z359.040359.040359.040
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS264264264
D min/max/mean-0.1100.2980.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Recombinant human apo APC/C phosphorylated in vitro

全体名称: Recombinant human apo APC/C phosphorylated in vitro
要素
  • 試料: Recombinant human apo APC/C phosphorylated in vitro
  • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 1後期促進複合体
  • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 2後期促進複合体
  • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 3後期促進複合体
  • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 4後期促進複合体
  • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 5後期促進複合体
  • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 6後期促進複合体
  • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 7後期促進複合体
  • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 8後期促進複合体
  • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 10後期促進複合体
  • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 11後期促進複合体
  • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 12後期促進複合体
  • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 13後期促進複合体
  • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 15後期促進複合体
  • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 16後期促進複合体

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超分子 #1000: Recombinant human apo APC/C phosphorylated in vitro

超分子名称: Recombinant human apo APC/C phosphorylated in vitro / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 14
分子量実験値: 1.2 MDa / 理論値: 1.2 MDa

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分子 #1: Anaphase-promoting complex subunit 1

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Apc1 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 216.5 KDa / 理論値: 216.5 KDa
組換発現生物種: baculovirus-insect cells (バキュロウイルス科)
組換細胞: High Five insect cells / 組換プラスミド: pF1, pU1
配列UniProtKB: Anaphase-promoting complex subunit 1

+
分子 #2: Anaphase-promoting complex subunit 2

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Apc2 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 93.8 KDa / 理論値: 93.8 KDa
組換発現生物種: baculovirus-insect cells (バキュロウイルス科)
組換細胞: High Five insect cells / 組換プラスミド: pF1, pU1
配列UniProtKB: Anaphase-promoting complex subunit 2

+
分子 #3: Anaphase-promoting complex subunit 3

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: Apc3 / コピー数: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 91.8 KDa / 理論値: 91.8 KDa
組換発現生物種: baculovirus-insect cells (バキュロウイルス科)
組換細胞: High Five insect cells / 組換プラスミド: pF1, pU1
配列UniProtKB: Cell division cycle protein 27 homolog

+
分子 #4: Anaphase-promoting complex subunit 4

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: Apc4 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 92.1 KDa / 理論値: 92.1 KDa
組換発現生物種: baculovirus-insect cells (バキュロウイルス科)
組換細胞: High Five insect cells / 組換プラスミド: pF1, pU1
配列UniProtKB: Anaphase-promoting complex subunit 4

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分子 #5: Anaphase-promoting complex subunit 5

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: Apc5 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 85.1 KDa / 理論値: 85.1 KDa
組換発現生物種: baculovirus-insect cells (バキュロウイルス科)
組換細胞: High Five insect cells / 組換プラスミド: pF1, pU1
配列UniProtKB: Anaphase-promoting complex subunit 5

+
分子 #6: Anaphase-promoting complex subunit 6

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / Name.synonym: Apc6 / コピー数: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 71.7 KDa / 理論値: 71.7 KDa
組換発現生物種: baculovirus-insect cells (バキュロウイルス科)
組換細胞: High Five insect cells / 組換プラスミド: pF1, pU1
配列UniProtKB: Cell division cycle protein 16 homolog

+
分子 #7: Anaphase-promoting complex subunit 7

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / Name.synonym: Apc7 / コピー数: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 66.9 KDa / 理論値: 66.9 KDa
組換発現生物種: baculovirus-insect cells (バキュロウイルス科)
組換細胞: High Five insect cells / 組換プラスミド: pF1, pU1
配列UniProtKB: Anaphase-promoting complex subunit 7

+
分子 #8: Anaphase-promoting complex subunit 8

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / Name.synonym: Apc8 / コピー数: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 68.8 KDa / 理論値: 68.8 KDa
組換発現生物種: baculovirus-insect cells (バキュロウイルス科)
組換細胞: High Five insect cells / 組換プラスミド: pF1, pU1
配列UniProtKB: Cell division cycle protein 23 homolog

+
分子 #9: Anaphase-promoting complex subunit 10

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / Name.synonym: Apc10 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 21.3 KDa / 理論値: 21.3 KDa
組換発現生物種: baculovirus-insect cells (バキュロウイルス科)
組換細胞: High Five insect cells / 組換プラスミド: pF1, pU1
配列UniProtKB: Anaphase-promoting complex subunit 10

+
分子 #10: Anaphase-promoting complex subunit 11

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / Name.synonym: Apc11 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 9.8 KDa / 理論値: 9.8 KDa
組換発現生物種: baculovirus-insect cells (バキュロウイルス科)
組換細胞: High Five insect cells / 組換プラスミド: pF1, pU1
配列UniProtKB: Anaphase-promoting complex subunit 11

+
分子 #11: Anaphase-promoting complex subunit 12

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / Name.synonym: Apc12 / コピー数: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 9.8 KDa / 理論値: 9.8 KDa
組換発現生物種: baculovirus-insect cells (バキュロウイルス科)
組換細胞: High Five insect cells / 組換プラスミド: pF1, pU1
配列UniProtKB: Anaphase-promoting complex subunit CDC26

+
分子 #12: Anaphase-promoting complex subunit 13

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / Name.synonym: Apc13 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 8.5 KDa / 理論値: 8.5 KDa
組換発現生物種: baculovirus-insect cells (バキュロウイルス科)
組換細胞: High Five insect cells / 組換プラスミド: pF1, pU1
配列UniProtKB: Anaphase-promoting complex subunit 13

+
分子 #13: Anaphase-promoting complex subunit 15

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / Name.synonym: Apc15 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 14.3 KDa / 理論値: 14.3 KDa
組換発現生物種: baculovirus-insect cells (バキュロウイルス科)
組換細胞: High Five insect cells / 組換プラスミド: pF1, pU1
配列UniProtKB: Anaphase-promoting complex subunit 15

+
分子 #14: Anaphase-promoting complex subunit 16

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / Name.synonym: Apc16 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 11.7 KDa / 理論値: 11.7 KDa
組換発現生物種: baculovirus-insect cells (バキュロウイルス科)
組換細胞: High Five insect cells / 組換プラスミド: pF1, pU1
配列UniProtKB: Anaphase-promoting complex subunit 16

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20mM Hepes, 150mM NaCl, 0.005mM TCEP
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Vitrification in liquid ethane
グリッド詳細: 200 mesh Quantifoil R2/2 copper grid with thin carbon support, treated with a 9:1 argon:oxygen plasma cleaner for 20-40s
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
手法: The grids were incubated for 30s at 4 degree and 100% humidity before blotting for 5s and plunging into liquid ethane

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 78000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: FEI
試料ステージ試料ホルダー: liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: OTHER
温度最低: 90 K / 最高: 120 K / 平均: 105 K
日付2015年4月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 2500 / 平均電子線量: 27 e/Å2
詳細: The exposure time for each micrograph was 2s at a dose rate of 27 electrons/angstrom2/s. 34 movie frames were recorded for each micrograph.
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 83642
詳細Particles were selected by automatic particle picking in RELION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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