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- EMDB-3284: Cryo-EM structure of BK polyomavirus VP1 virus-like particle -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 3284
タイトルCryo-EM structure of BK polyomavirus VP1 virus-like particle
マップデータReconstruction of BK VP1 VLP (sharpened/masked)
試料BK polyomavirus VP1 VLP:
virusウイルス
キーワードBKPyV (BKウイルス) / BK / polyomavirus / virus-like particle / VLP
由来BK polyomavirus VP1 VLP
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 9.12Å分解能
データ登録者Hurdiss DL / Morgan EL / Thompson RF / Prescott EL / Panou MM / Macdonald A / Ranson NA
引用ジャーナル: Structure / : 2016
タイトル: New Structural Insights into the Genome and Minor Capsid Proteins of BK Polyomavirus using Cryo-Electron Microscopy.
著者: Daniel L Hurdiss / Ethan L Morgan / Rebecca F Thompson / Emma L Prescott / Margarita M Panou / Andrew Macdonald / Neil A Ranson
要旨: BK polyomavirus is the causative agent of several diseases in transplant patients and the immunosuppressed. In order to better understand the structure and life cycle of BK, we produced infectious ...BK polyomavirus is the causative agent of several diseases in transplant patients and the immunosuppressed. In order to better understand the structure and life cycle of BK, we produced infectious virions and VP1-only virus-like particles in cell culture, and determined their three-dimensional structures using cryo-electron microscopy (EM) and single-particle image processing. The resulting 7.6-Å resolution structure of BK and 9.1-Å resolution of the virus-like particles are the highest-resolution cryo-EM structures of any polyomavirus. These structures confirm that the architecture of the major structural protein components of these human polyomaviruses are similar to previous structures from other hosts, but give new insight into the location and role of the enigmatic minor structural proteins, VP2 and VP3. We also observe two shells of electron density, which we attribute to a structurally ordered part of the viral genome, and discrete contacts between this density and both VP1 and the minor capsid proteins.
日付登録: 2015年12月17日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2016年1月13日 / マップ公開: 2016年4月27日 / 最新の更新: 2016年5月18日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.009
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.009
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_3284.map.gz (map file in CCP4 format, 488283 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
500 pix
1.35 Å/pix.
= 675. Å
500 pix
1.35 Å/pix.
= 675. Å
500 pix
1.35 Å/pix.
= 675. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面のレベル:0.009 (by author), 0.009 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.00716442 - 0.01983405
平均 (標準偏差)0.00076196 (0.00246748)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions500500500
Origin-249-249-249
Limit250250250
Spacing500500500
セルA=B=C: 675.0 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z500500500
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z675.000675.000675.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-249-249-249
NC/NR/NS500500500
D min/max/mean-0.0070.0200.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 BK polyomavirus VP1 VLP

全体名称: BK polyomavirus VP1 VLP / 構成要素数: 1 / オリゴマーの状態: Icosohedral

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構成要素 #1: ウイルス, BK polyomavirus VP1 VLP

ウイルス名称: BK polyomavirus VP1 VLP / クラス: VIRUS-LIKE PARTICLE / 中空か: No / エンベロープを持つか: No / 単離: STRAIN
生物種生物種: BK polyomavirus VP1 VLP / : BKV-Ia
由来(合成)ベクター: pIaw / 発現系の細胞: HEK293TT
由来(天然)宿主: Homo sapiens (ヒト) / 宿主のカテゴリ: VERTEBRATES

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液緩衝液: 10mM HEPES pH 7.9, 50mM CaCl2, 1mM MgCl2, 5mM KCl
pH: 7.9
支持膜Quantifoil R2/1 EM grids
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 実験手法: 6.5 seconds blot before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI POLARA 300 / 日付: 2015年5月13日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 40 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 19000 X (公称値) / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 526 - 6136 nm
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
カメラディテクター: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 170
詳細: 4 e-/A2/s, a 4 frames per second frame rate, and a 10 s exposure

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画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: I (正20面体型対称) / 投影像の数: 2888
3次元再構成ソフトウェア: Relion / CTF補正: CTFFIND3 / 分解能: 9.12 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143, gold-standard
FSC曲線
(分解能の算定)

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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