[日本語] English
万見- EMDB-31208: Local maps of TFIID-based PIC-Mediator complex (deletion of MED1-IDR) -
+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31208 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Local maps of TFIID-based PIC-Mediator complex (deletion of MED1-IDR) | |||||||||
マップデータ | CAK module in the TFIID-based PIC-Mediator complex (deletion of MED1-IDR) | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.54 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen X / Qi Y / Wang X / Wu Z / Yin X / Li J / Liu W / Xu Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2021 タイトル: Structures of the human Mediator and Mediator-bound preinitiation complex. 著者: Xizi Chen / Xiaotong Yin / Jiabei Li / Zihan Wu / Yilun Qi / Xinxin Wang / Weida Liu / Yanhui Xu / 要旨: The 1.3-megadalton transcription factor IID (TFIID) is required for preinitiation complex (PIC) assembly and RNA polymerase II (Pol II)-mediated transcription initiation on almost all genes. The 26- ...The 1.3-megadalton transcription factor IID (TFIID) is required for preinitiation complex (PIC) assembly and RNA polymerase II (Pol II)-mediated transcription initiation on almost all genes. The 26-subunit Mediator stimulates transcription and cyclin-dependent kinase 7 (CDK7)-mediated phosphorylation of the Pol II C-terminal domain (CTD). We determined the structures of human Mediator in the Tail module-extended (at near-atomic resolution) and Tail-bent conformations and structures of TFIID-based PIC-Mediator (76 polypeptides, ~4.1 megadaltons) in four distinct conformations. PIC-Mediator assembly induces concerted reorganization (Head-tilting and Middle-down) of Mediator and creates a Head-Middle sandwich, which stabilizes two CTD segments and brings CTD to CDK7 for phosphorylation; this suggests a CTD-gating mechanism favorable for phosphorylation. The TFIID-based PIC architecture modulates Mediator organization and TFIIH stabilization, underscoring the importance of TFIID in orchestrating PIC-Mediator assembly. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31208.map.gz | 15.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-31208-v30.xml emd-31208.xml | 23.9 KB 23.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31208.png | 49.4 KB | ||
その他 | emd_31208_additional_1.map.gz emd_31208_additional_2.map.gz emd_31208_additional_3.map.gz | 227.9 MB 3.1 MB 1.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31208 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31208 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31208.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | CAK module in the TFIID-based PIC-Mediator complex (deletion of MED1-IDR) | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.405 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: Mediator module in the TFIID-based PIC-Mediator complex (deletion...
ファイル | emd_31208_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Mediator module in the TFIID-based PIC-Mediator complex (deletion of MED1-IDR) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Pol II module in the TFIID-based PIC-Mediator complex...
ファイル | emd_31208_additional_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Pol II module in the TFIID-based PIC-Mediator complex (deletion of MED1-IDR) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: CTD-Mediator in the TFIID-based PIC-Mediator complex (deletion of...
ファイル | emd_31208_additional_3.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | CTD-Mediator in the TFIID-based PIC-Mediator complex (deletion of MED1-IDR) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Local maps of TFIID-based PIC-Mediator complex (deletion of MED1-IDR)
全体 | 名称: Local maps of TFIID-based PIC-Mediator complex (deletion of MED1-IDR) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Local maps of TFIID-based PIC-Mediator complex (deletion of MED1-IDR)
超分子 | 名称: Local maps of TFIID-based PIC-Mediator complex (deletion of MED1-IDR) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#72 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
---|---|
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 110227 |