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万見- EMDB-31037: Nanometer resolution in situ structure of SARS-CoV-2 post-fusion spike -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31037 | |||||||||
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タイトル | Nanometer resolution in situ structure of SARS-CoV-2 post-fusion spike | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | 2019-nCoV, SARS-CoV-2 / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhu Y / Tai L / Zhu G / Yin G / Sun F | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Nanometer-resolution in situ structure of the SARS-CoV-2 postfusion spike protein. 著者: Linhua Tai / Guoliang Zhu / Minnan Yang / Lei Cao / Xiaorui Xing / Guoliang Yin / Chun Chan / Chengfeng Qin / Zihe Rao / Xiangxi Wang / Fei Sun / Yun Zhu / 要旨: The spike protein of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) mediates membrane fusion to allow entry of the viral genome into host cells. To understand its detailed entry ...The spike protein of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) mediates membrane fusion to allow entry of the viral genome into host cells. To understand its detailed entry mechanism and develop a specific entry inhibitor, in situ structural information on the SARS-CoV-2 spike protein in different states is urgent. Here, by using cryo-electron tomography, we observed both prefusion and postfusion spikes in β-propiolactone-inactivated SARS-CoV-2 virions and solved the in situ structure of the postfusion spike at nanometer resolution. Compared to previous reports, the six-helix bundle fusion core, the glycosylation sites, and the location of the transmembrane domain were clearly resolved. We observed oligomerization patterns of the spikes on the viral membrane, likely suggesting a mechanism of fusion pore formation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31037.map.gz | 895.6 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31037-v30.xml emd-31037.xml | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31037_fsc.xml | 5.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31037.png | 24.3 KB | ||
マスクデータ | emd_31037_msk_1.map | 11.4 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_31037_half_map_1.map.gz emd_31037_half_map_2.map.gz | 8.7 MB 8.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31037 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31037 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31037_validation.pdf.gz | 587.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31037_full_validation.pdf.gz | 587.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31037_validation.xml.gz | 10.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31037_validation.cif.gz | 14.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31037 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31037 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31037.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.72 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_31037_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_31037_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_31037_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
全体 | 名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
超分子 | 名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 2697049 / 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Spike protein S2
分子 | 名称: Spike protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: 2019-nCoV, SARS-CoV-2 |
分子量 | 理論値: 58.672516 KDa |
配列 | 文字列: NSVAYSNNSI AIPTNFTISV TTEILPVSMT KTSVDCTMYI CGDSTECSNL LLQYGSFCTQ LNRALTGIAV EQDKNTQEVF AQVKQIYKT PPIKDFGGFN FSQILPDPSK PSKRSFIEDL LFNKVTLADA GFIKQYGDCL GDIAARDLIC AQKFNGLTVL P PLLTDEMI ...文字列: NSVAYSNNSI AIPTNFTISV TTEILPVSMT KTSVDCTMYI CGDSTECSNL LLQYGSFCTQ LNRALTGIAV EQDKNTQEVF AQVKQIYKT PPIKDFGGFN FSQILPDPSK PSKRSFIEDL LFNKVTLADA GFIKQYGDCL GDIAARDLIC AQKFNGLTVL P PLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFGA GAALQIPFAM QMAYRFNGIG VTQNVLYENQ KLIANQFNSA IGKIQDSLSS TA SALGKLQ DVVNQNAQAL NTLVKQLSSN FGAISSVLND ILSRLDKVEA EVQIDRLITG RLQSLQTYVT QQLIRAAEIR ASA NLAATK MSECVLGQSK RVDFCGKGYH LMSFPQSAPH GVVFLHVTYV PAQEKNFTTA PAICHDGKAH FPREGVFVSN GTHW FVTQR NFYEPQIITT DNTFVSGNCD VVIGIVNNTV YDPLQPELDS FKEELDKYFK NHTSPDVDLG DISGINASVV NIQKE IDRL NEVAKNLNES LIDLQELGKY EQYIKWPWYI WLGFIAGLIA IVMVTIML |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 9 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 3.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |