+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5gyk | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Mdm12-deletion mutant | |||||||||
Components | Mitochondrial distribution and morphology protein 12 | |||||||||
Keywords | LIPID TRANSPORT / Mdm12 / ERMES complex / SMP domain / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
Function / homology | Function and homology information ERMES complex / outer mitochondrial membrane protein complex / mitochondrion inheritance / mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / lipid transfer activity / aminophospholipid transport / peroxisome organization / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / mitochondrial genome maintenance / phospholipid homeostasis ...ERMES complex / outer mitochondrial membrane protein complex / mitochondrion inheritance / mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / lipid transfer activity / aminophospholipid transport / peroxisome organization / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / mitochondrial genome maintenance / phospholipid homeostasis / phospholipid transport / protein insertion into mitochondrial outer membrane / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / mitochondrion organization / mitochondrial outer membrane / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae S288c (yeast) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.596 Å | |||||||||
Authors | Jeong, H. / Park, J. / Lee, C. | |||||||||
Citation | Journal: EMBO Rep. / Year: 2016 Title: Crystal structure of Mdm12 reveals the architecture and dynamic organization of the ERMES complex Authors: Jeong, H. / Park, J. / Lee, C. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5gyk.cif.gz | 569.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5gyk.ent.gz | 477.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5gyk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5gyk_validation.pdf.gz | 879.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5gyk_full_validation.pdf.gz | 918.2 KB | Display | |
Data in XML | 5gyk_validation.xml.gz | 53 KB | Display | |
Data in CIF | 5gyk_validation.cif.gz | 70 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/5gyk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/5gyk | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5gydSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26503.057 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: Deletion of UNP residues 74-114 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Mdm12 mutant residues 74-114 to linker GGSGG / Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae S288c (yeast) / Strain: S288c / Gene: MDM12, YOL009C / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q92328 #2: Chemical | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.41 Å3/Da / Density % sol: 77.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: Ammonium sulfate, Tris-HCl (pH 8.5), Lithium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 5C (4A) / Wavelength: 0.97957 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 3, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97957 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.596→50 Å / Num. obs: 40722 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 11.1 |
Reflection shell | Resolution: 3.6→3.66 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5GYD Resolution: 3.596→41.451 Å / SU ML: 0.47 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.44 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.596→41.451 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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