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- PDB-5gyk: Crystal Structure of Mdm12-deletion mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gyk
タイトルCrystal Structure of Mdm12-deletion mutant
要素Mitochondrial distribution and morphology protein 12
キーワードLIPID TRANSPORT / Mdm12 / ERMES complex / SMP domain / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ERMES complex / mitochondrion inheritance / outer mitochondrial membrane protein complex / mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / lipid transfer activity / aminophospholipid transport / peroxisome organization / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / mitochondrial genome maintenance / phospholipid transport ...ERMES complex / mitochondrion inheritance / outer mitochondrial membrane protein complex / mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / lipid transfer activity / aminophospholipid transport / peroxisome organization / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / mitochondrial genome maintenance / phospholipid transport / phospholipid homeostasis / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / protein insertion into mitochondrial outer membrane / mitochondrion organization / mitochondrial outer membrane / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial distribution and morphology protein 12 / Synaptotagmin-like mitochondrial-lipid-binding domain / Synaptotagmin-like mitochondrial lipid-binding proteins (SMP) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Mitochondrial distribution and morphology protein 12
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.596 Å
データ登録者Jeong, H. / Park, J. / Lee, C.
引用ジャーナル: EMBO Rep. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of Mdm12 reveals the architecture and dynamic organization of the ERMES complex
著者: Jeong, H. / Park, J. / Lee, C.
履歴
登録2016年9月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Database references
改定 2.02023年11月8日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
B: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
C: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
D: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
E: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
F: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,5068
ポリマ－159,0186
非ポリマー1,4882
水00
1
A: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
B: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7503
ポリマ－53,0062
非ポリマー7441
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area24950 Å2
手法PISA
2
C: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
D: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7503
ポリマ－53,0062
非ポリマー7441
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area25330 Å2
手法PISA
3
E: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
F: Mitochondrial distribution and morphology protein 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0062
ポリマ－53,0062
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area24800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.239, 148.243, 212.394
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Mitochondrial distribution and morphology protein 12 / Mitochondrial inheritance component MDM12


分子量: 26503.057 Da / 分子数: 6 / 変異: Deletion of UNP residues 74-114 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Mdm12 mutant residues 74-114 to linker GGSGG
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: MDM12, YOL009C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92328
#2: 化合物 ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Ammonium sulfate, Tris-HCl (pH 8.5), Lithium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97957 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.596→50 Å / Num. obs: 40722 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 3.6→3.66 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000data processing
AutoSol位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GYD

5gyd


解像度: 3.596→41.451 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2673 1995 4.91 %
Rwork0.2197 --
obs0.222 40625 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.596→41.451 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10812 0 62 0 10874
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00711071
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.36915012
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.744130
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481746
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071911
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5962-3.6860.37411390.31242682X-RAY DIFFRACTION98
3.686-3.78560.38311410.3012722X-RAY DIFFRACTION100
3.7856-3.8970.3681410.27912733X-RAY DIFFRACTION100
3.897-4.02260.32941410.26242725X-RAY DIFFRACTION100
4.0226-4.16630.30711420.24622731X-RAY DIFFRACTION100
4.1663-4.33290.29641410.21852745X-RAY DIFFRACTION100
4.3329-4.52990.28381400.1962743X-RAY DIFFRACTION100
4.5299-4.76840.21361440.17942763X-RAY DIFFRACTION100
4.7684-5.06670.21451410.17642736X-RAY DIFFRACTION100
5.0667-5.45710.23661440.21262768X-RAY DIFFRACTION100
5.4571-6.00480.29681430.23132774X-RAY DIFFRACTION100
6.0048-6.87020.27341450.23672804X-RAY DIFFRACTION100
6.8702-8.64290.27431470.21922823X-RAY DIFFRACTION100
8.6429-41.45380.18771460.18262881X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.99030.35641.26411.74880.30822.5670.76510.6292-1.62270.2279-0.2842-1.06321.58130.39150.20540.5477-0.14320.21670.50370.26730.961713.7428-14.8957-48.4363
23.14821.09110.61080.43680.67752.2311-0.10030.5282-0.7112-0.00480.318-0.31290.83090.35210.00840.74970.02150.11440.67380.0150.651511.6291-14.0493-60.5973
32.4450.6043-1.09612.16861.07184.91420.2546-0.02810.0148-0.7351-0.3048-0.54520.2164-1.1912-0.0653-0.10160.42760.00780.28830.23820.52510.6505-1.1732-53.2117
43.99181.5296-1.22211.2499-0.74771.9472-0.54651.1493-0.0869-1.00080.45510.4383-0.1671-0.1323-0.00930.9560.0493-0.06490.74630.00040.48472.7875-11.5096-69.1366
54.0593-0.29940.55471.0469-0.83971.0101-0.1613-0.96141.72450.9920.38-0.4996-1.2308-0.5169-0.09481.04990.06180.12510.47390.1980.49412.009213.3873-42.2498
62.10950.74620.88411.4827-0.05882.1251-0.58580.07110.5645-1.01430.62450.648-0.62920.4348-0.00620.5038-0.01750.00580.53190.11120.683712.3295.5953-56.3386
72.6051-1.18261.65680.7891-1.0611.3452-0.11960.4346-0.9321-1.7270.419-0.38270.7258-0.06980.25960.7282-0.00270.37570.5254-0.02150.753113.2004-19.3666-62.2238
82.2012-1.5419-0.45891.090.29050.95820.07192.36210.4588-0.06940.0520.13790.1607-0.77450.01030.9885-0.8316-0.34141.2035-0.21260.3079-13.2889-31.7824-52.1386
91.8655-0.30330.33752.30240.99831.08970.23090.6686-0.7051-0.2777-0.3243-0.2920.1392-0.4902-0.00080.6354-0.12070.170.7911-0.05550.708-5.4421-41.0943-47.955
100.5859-1.1241-0.34942.95740.40510.2739-0.42020.1531-0.1495-0.47870.32410.31690.5875-0.64-0.00341.0816-0.3629-0.02220.89310.02210.6577-16.2286-38.2503-39.2195
112.87220.7532-0.13024.00280.46141.97530.7082-0.404-0.5982-0.8654-0.405-1.05710.06160.42090.03370.92430.15620.28090.63520.12870.60274.232-42.7759-38.9648
120.42660.24230.12080.14170.03160.5176-0.1273-0.26730.5530.44240.89381.348-1.2119-0.98110.00780.89430.19520.26761.35480.45071.5438-31.6355-35.1551-29.9761
130.886-0.76370.46970.8192-0.11640.5931-0.7016-0.269-0.2793-0.1480.48350.51290.5032-1.0757-0.02610.722-0.38690.2051.12960.01570.7535-19.0012-44.447-34.019
141.6127-0.60941.28110.2339-0.49711.0138-0.4551.1901-1.4011-0.5856-0.2922-1.2484-0.5490.8743-0.00891.39-0.37190.28180.691-0.15931.0367-2.1046-44.1541-48.4091
152.6325-1.260.21161.85041.03140.9485-0.2046-0.8-0.3430.6919-0.24370.82461.234-0.8012-0.55180.5644-0.5374-0.04280.54510.05860.5369-14.2085-70.1271-14.3969
160.60.08850.10882.2756-1.31461.56190.176-0.1754-0.28170.0510.03640.41080.1623-1.17450.18040.2927-0.0520.11711.04640.12330.5089-20.7949-59.3881-17.2367
172.5430.3428-0.39452.2917-1.1981.2497-0.1046-0.3632-0.16320.10690.1751-0.1163-0.20310.34080.02260.1683-0.106-0.03070.49730.05380.4144-8.4886-60.9753-24.821
181.838-1.50021.01152.1853-0.12954.6928-0.5971-1.03920.15340.97140.31470.2406-2.2324-0.7602-0.18340.89620.35530.24590.90910.04560.8781-19.7885-46.0547-14.213
191.8863-1.1289-1.70990.99040.98251.6102-0.0670.175-0.52940.54190.3449-0.27830.54582.29290.4587-0.21160.58780.52261.2868-0.0770.65945.7391-64.634-34.8723
201.18180.9771.20791.01550.93391.21320.5160.17971.0462-0.10610.3072-0.5424-1.8358-0.13370.01350.86850.03330.15070.69270.18530.651-7.9124-56.8112-32.2351
210.5191-0.3955-0.70840.4679-0.06874.1619-0.15391.1383-0.76260.09910.32541.61270.1613-1.9874-1.11410.01150.14950.28050.93640.22071.3982-25.8267-60.2246-15.2914
223.20840.55671.08671.2632-0.25240.742-0.08190.70270.2422-0.1162-0.13670.4284-1.6597-0.8927-0.00870.9430.1813-0.05040.63720.20860.5099-13.3555-55.455914.0397
231.49930.5924-0.75122.65170.77241.4910.22630.63360.406-0.2148-0.15380.3151-0.5255-0.87980.06560.2047-0.0589-0.1131.01310.20450.501-20.1057-65.945216.6514
242.1196-0.4146-0.35332.0731-0.68461.8506-0.06090.5359-0.1612-0.09250.5725-0.5167-0.10030.36820.09840.4234-0.2150.11980.45670.10570.3446-6.7177-64.126923.7438
251.81330.5672-0.45032.17220.73583.5088-0.35851.1243-0.1528-0.18240.0942-0.00660.9865-0.3356-0.0590.4604-0.1968-0.09490.56670.01960.5754-19.9267-79.007314.4059
260.41380.16740.37330.72820.45480.4035-0.03260.41980.6586-0.35830.07770.0731-0.94851.0439-0.1318-0.4675-1.50880.17530.68340.48211.13028.1038-61.129532.837
271.4124-0.0586-0.90542.6260.36231.30390.45910.7647-0.76820.3790.0329-0.46560.71740.7859-0.00180.720.0079-0.09690.43920.02160.534-6.0614-68.142630.6794
28-0.0144-0.105-0.11520.29580.43520.6082-0.4461.02070.4817-0.30250.08610.7633-0.2692-1.0421-0.00060.7089-0.1166-0.19430.96530.17170.898-24.9445-64.718814.1023
292.59761.06570.29291.342-0.94331.1686-0.9668-1.1564-0.55920.64191.3436-0.41510.04860.24040.09651.140.635-0.4770.24470.4789-0.0879-10.8607-90.329252.2624
302.3693-1.0683-0.79742.39210.10040.81420.1123-0.53460.63930.1526-0.1858-0.65420.07810.3625-0.01230.6028-0.063-0.18160.61090.05420.7629-2.3874-82.844246.5234
311.51310.48990.46463.426-0.33721.37740.04880.0043-0.4283-0.0530.0378-0.10240.030.0925-0.00310.5606-0.0465-0.00190.3420.09460.3428-15.0448-85.166539.1781
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331.0379-0.8829-1.67541.02511.43322.67880.43680.9608-0.5221-0.6595-1.2030.8376-0.0437-1.33850.01220.3265-0.0803-0.17960.5127-0.06270.8164-31.7881-87.108932.3064
341.21870.7632-1.11640.7477-0.30011.3659-0.22750.65150.7477-0.4248-0.21440.0430.2171-0.0802-0.0050.47410.02-0.07340.32890.07570.659-17.8161-79.610334.1952
353.3558-3.6566-1.44376.28852.21922.0928-1.57-0.29751.28081.2385-0.2290.38240.1340.545-1.79420.7567-0.2059-0.14560.72660.02160.77421.2589-82.633849.8239
361.00320.1757-0.36170.74820.30970.73120.49940.21320.7651-2.0135-0.2209-1.0924-0.14450.16220.05770.45290.23180.18910.70780.18371.20912.0898-112.250246.6875
372.2799-0.9556-0.67792.5592-1.35011.45350.0009-0.4180.33950.08830.0289-0.6471-0.6180.76910.00930.53650.1687-0.30980.9789-0.0080.694311.894-111.912559.0443
382.73790.16311.89971.4626-0.99262.2508-0.1050.4499-0.0959-0.0289-0.3162-0.14190.4693-0.0309-0.05670.6670.2198-0.08270.58230.15910.60188.3622-124.045352.5579
392.8547-2.17370.25331.7715-0.18740.4483-0.4157-0.50250.32011.91260.52670.1577-0.51180.18520.01821.25070.0827-0.18680.7136-0.05920.65633.7505-112.04669.1369
400.60240.4533-0.18420.50270.07170.34240.20031.5251-0.6080.1292-0.41980.64860.31520.4551-0.06561.73660.213-0.4030.8578-0.32170.99664.6405-140.683543.4772
413.0127-1.692-0.07911.08370.02090.6413-0.29150.2014-0.09470.6536-0.60420.80050.1694-0.1102-0.02310.78510.1203-0.12540.5785-0.01740.77958.3476-131.665256.6174
420.03460.19460.1942.3222.06741.84750.0893-0.32160.11231.78890.0129-2.05110.23721.6529-0.19670.67260.1573-1.48490.8847-0.07260.572813.5092-109.114961.9655
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 29 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 118 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 119 through 171 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 172 through 217 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 218 through 230 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 231 through 255 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 256 through 267 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 0 through 29 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 30 through 118 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 119 through 171 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 172 through 217 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 218 through 230 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 231 through 255 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 256 through 264 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 0 through 29 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 30 through 118 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 119 through 171 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 172 through 217 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 218 through 230 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 231 through 255 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 256 through 267 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 0 through 29 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 30 through 118 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 119 through 171 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 172 through 217 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 218 through 230 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 231 through 255 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 256 through 267 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 0 through 29 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 30 through 118 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 119 through 171 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 172 through 217 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 218 through 230 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 231 through 255 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 256 through 266 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 0 through 29 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 30 through 118 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 119 through 171 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 172 through 217 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 218 through 230 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 231 through 255 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'F' and (resid 256 through 265 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る