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万見
- PDB-2c0w: Molecular Structure of fd Filamentous Bacteriophage Refined with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c0w
タイトルMolecular Structure of fd Filamentous Bacteriophage Refined with Respect to X-ray Fibre Diffraction
要素COAT PROTEIN B
キーワードVIRUS / CAPSID PROTEIN / FILAMENTOUS BACTERIOPHAGE / MEMBRANE PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN / HELICAL VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / host cell membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #80 / Phage major coat protein, Gp8 / Bacteriophage M13, G8P, capsid domain superfamily / Capsid protein G8P / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein G8P
類似検索 - 構成要素
生物種ENTEROBACTERIA PHAGE FD (ファージ)
手法繊維回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Marvin, D.A. / Welsh, L.C. / Symmons, M.F. / Scott, W.R.P. / Straus, S.K.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Molecular Structure of Fd (F1, M13) Filamentous Bacteriophage Refined with Respect to X-Ray Fibre Diffraction and Solid-State NMR Data Supports Specific Models of Phage Assembly at the Bacterial Membrane.
著者: Marvin, D.A. / Welsh, L.C. / Symmons, M.F. / Scott, W.R.P. / Straus, S.K.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Molecular Models and Structural Comparisons of Native and Mutant Class I Filamentous Bacteriophages Ff (Fd, F1, M13), If1 and Ike
著者: Marvin, D.A. / Hale, R.D. / Nave, C. / Helmer-Citterich, M.
#2: ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 1990
タイトル: Model-Building Studies of Inovirus: Genetic Variations on a Geometric Theme
著者: Marvin, D.A.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Matching Electrostatic Charge between DNA and Coat Protein in Filamentous Bacteriophage. Fibre Diffraction of Charge-Deletion Mutants.
著者: Symmons, M.F. / Welsh, L.C. / Nave, C. / Marvin, D.A. / Perham, R.N.
履歴
登録2005年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22013年5月1日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COAT PROTEIN B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2121
ポリマ－5,2121
非ポリマー00
水00
1
A: COAT PROTEIN B
x 55


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)286,66155
ポリマ－286,66155
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation54
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation1
3


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit, std helical frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)1.000, 1.000, 1.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1
対称性らせん対称: (回転対称性: 5 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 55 / Rise per n subunits: 16.15 Å / Rotation per n subunits: -36 °)

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要素

#1: タンパク質・ペプチド COAT PROTEIN B / FD GENE 8 COAT PROTEIN / MAJOR COAT PROTEIN


分子量: 5212.021 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ENTEROBACTERIA PHAGE FD (ファージ)
解説: H. HOFFMANN-BERLING Z. NATURFORSCH. SECT. B BIOSCI. V18 P876, Y1963
発現宿主: PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 参照: UniProt: P69539
構成要素の詳細RESIDUE IN CHAIN A, TYR 44 TO MET WAS AN INTENTIONAL MUTATION IN THE VIRAL GENOME, THIS MUTATION IS ...RESIDUE IN CHAIN A, TYR 44 TO MET WAS AN INTENTIONAL MUTATION IN THE VIRAL GENOME, THIS MUTATION IS KNOWN TO IMPROVE ORIENTATION FOR XRAY STUDIES. THE VIRUS WAS THEN GROWN IN THE NORMAL WAY, NOT USING RECOMBINANT METHODS, SEE REFERENCE 1
配列の詳細Y21M MUTANT IN CHAIN

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実験情報

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実験

実験手法: 繊維回折

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試料調製

結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.00

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→44 Å / Num. obs: 0 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORFX-PLOR 3.840精密化
CCP13(LSQINT)データ削減
CCP13-FDSCALEデータスケーリング
FX-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IFJ

1ifj


解像度: 3.2→20 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.21 --
obs0.21 826 0 %
原子変位パラメータBiso mean: 20 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数366 0 0 0 366
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
FIBER DIFFRACTIONx_bond_d0.006
FIBER DIFFRACTIONx_bond_d_na
FIBER DIFFRACTIONx_bond_d_prot
FIBER DIFFRACTIONx_angle_d
FIBER DIFFRACTIONx_angle_d_na
FIBER DIFFRACTIONx_angle_d_prot
FIBER DIFFRACTIONx_angle_deg1
FIBER DIFFRACTIONx_angle_deg_na
FIBER DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
FIBER DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
FIBER DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
FIBER DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
FIBER DIFFRACTIONx_improper_angle_d
FIBER DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
FIBER DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
FIBER DIFFRACTIONx_mcbond_it
FIBER DIFFRACTIONx_mcangle_it
FIBER DIFFRACTIONx_scbond_it
FIBER DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARALLHDG.PRO VERSION 4.05 / Topol file: TOPALLHDG.PRO VERSION 4.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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