+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4cke | ||||||
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Title | Vaccinia virus capping enzyme complexed with SAH in P1 form | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / TRIFUNCTIONAL VACCINIA VIRUS MRNA CAPPING ENZYME GUANINE-N7-METHYLTRANSFERASE (MTASE) | ||||||
Function / homology | Function and homology information inorganic triphosphate phosphatase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / DNA-templated transcription termination / virion component / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity ...inorganic triphosphate phosphatase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / DNA-templated transcription termination / virion component / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / GTP binding / RNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | VACCINIA VIRUS | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Kyrieleis, O.J.P. / Chang, J. / de la Pena, M. / Shuman, S. / Cusack, S. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2014 Title: Crystal Structure of Vaccinia Virus Mrna Capping Enzyme Provides Insights Into the Mechanism and Evolution of the Capping Apparatus. Authors: Kyrieleis, O.J.P. / Chang, J. / De La Pena, M. / Shuman, S. / Cusack, S. | ||||||
History |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4cke.cif.gz | 886.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4cke.ent.gz | 742.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4cke.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4cke_validation.pdf.gz | 1000.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4cke_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 4cke_validation.xml.gz | 71.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4cke_validation.cif.gz | 96.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/4cke ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/4cke | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4ckbC 4ckcC 2vdwS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 96856.680 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) VACCINIA VIRUS / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): STAR PLYSS References: UniProt: P04298, polynucleotide 5'-phosphatase, mRNA guanylyltransferase, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase #2: Protein | Mass: 33396.656 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) VACCINIA VIRUS / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): STAR PLYSS / References: UniProt: P04318 #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Nonpolymer details | S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEI | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.1 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / pH: 6 Details: PROTEIN SOLUTION AT 4 MG/ML IN 40 MM TRIS-HCL, PH 8.0, 200 MM NACL, 5 MM DTT WITH 5 MM ADOMET, 1 MM MGCL2 AND 2 MM M7GPPPG. RESERVOIR SOLUTION CONTAINS 0.1 M MES, PH 6.0, 1 M LICL, 10% PEG6000 AT 20 C. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-3 / Wavelength: 0.931 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: May 6, 2007 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.931 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. obs: 57928 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 43.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 5.42 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→2.95 Å / Redundancy: 1.83 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / % possible all: 95.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2VDW Resolution: 2.9→41.813 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.99 / Phase error: 31.95 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→41.813 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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