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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30605 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of gp45-dependent transcription activation complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Transcription (転写 (生物学)) / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 late viral transcription / bidirectional double-stranded viral DNA replication / transcription regulator activator activity / viral DNA genome replication / DNA polymerase processivity factor activity / viral transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ ...late viral transcription / bidirectional double-stranded viral DNA replication / transcription regulator activator activity / viral DNA genome replication / DNA polymerase processivity factor activity / viral transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / DNA複製 / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) / Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli 1-392-07_S4_C3 (大腸菌) / Escherichia virus T4 (T4ファージ) / Enterobacteria phage T4 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Shi J / Wen A | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Transcription activation by a sliding clamp. 著者: Jing Shi / Aijia Wen / Sha Jin / Bo Gao / Yang Huang / Yu Feng / 要旨: Transcription activation of bacteriophage T4 late genes is accomplished by a transcription activation complex containing RNA polymerase (RNAP), the promoter specificity factor gp55, the coactivator ...Transcription activation of bacteriophage T4 late genes is accomplished by a transcription activation complex containing RNA polymerase (RNAP), the promoter specificity factor gp55, the coactivator gp33, and a universal component of cellular DNA replication, the sliding clamp gp45. Although genetic and biochemical studies have elucidated many aspects of T4 late gene transcription, no precise structure of the transcription machinery in the process is available. Here, we report the cryo-EM structures of a gp55-dependent RNAP-promoter open complex and an intact gp45-dependent transcription activation complex. The structures reveal the interactions between gp55 and the promoter DNA that mediate the recognition of T4 late promoters. In addition to the σR2 homology domain, gp55 has a helix-loop-helix motif that chaperons the template-strand single-stranded DNA of the transcription bubble. Gp33 contacts both RNAP and the upstream double-stranded DNA. Gp45 encircles the DNA and tethers RNAP to it, supporting the idea that gp45 switches the promoter search from three-dimensional diffusion mode to one-dimensional scanning mode. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30605.map.gz | 38.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30605-v30.xml emd-30605.xml | 21 KB 21 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30605.png | 79.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30605.cif.gz | 8.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30605 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30605 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30605.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.307 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : gp45-dependent transcription activation complex
+超分子 #1: gp45-dependent transcription activation complex
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #5: gp55
+分子 #7: RNA polymerase-associated protein Gp33
+分子 #8: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #9: DNA polymerase clamp
+分子 #4: DNA (template strand)
+分子 #6: DNA (nontemplate strand)
+分子 #10: MAGNESIUM ION
+分子 #11: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 59.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY |
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初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 8981 |