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万見
- PDB-6u0m: Structure of the S. cerevisiae replicative helicase CMG in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u0m
タイトルStructure of the S. cerevisiae replicative helicase CMG in complex with a forked DNA
要素
  • (DNA replication complex GINS protein ...) x 4
  • (DNA replication licensing factor ...) x 5
  • Cell division control protein 45
  • DNA (15-MER)
  • DNA (26-MER)
  • Minichromosome maintenance protein 5
キーワードREPLICATION/DNA / DNA replication / CMG-Mcm10 / REPLICATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Unwinding of DNA / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / MCM complex binding / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / nuclear DNA replication / premeiotic DNA replication ...Unwinding of DNA / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / MCM complex binding / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / nuclear DNA replication / premeiotic DNA replication / replication fork protection complex / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / mitotic DNA replication / CMG complex / nuclear pre-replicative complex / DNA replication preinitiation complex / Activation of ATR in response to replication stress / MCM complex / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / single-stranded DNA helicase activity / silent mating-type cassette heterochromatin formation / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / nuclear replication fork / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / subtelomeric heterochromatin formation / DNA helicase activity / transcription elongation by RNA polymerase II / helicase activity / DNA-templated DNA replication / heterochromatin formation / single-stranded DNA binding / DNA helicase / DNA replication / chromosome, telomeric region / DNA damage response / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #2050 / mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / : / PSF2 N-terminal domain / : / : / PSF3 N-terminal domain / PSF1 C-terminal domain / CDC45 family ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #2050 / mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / : / PSF2 N-terminal domain / : / : / PSF3 N-terminal domain / PSF1 C-terminal domain / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein Psf2 / CDC45 / GINS complex, subunit Psf3 / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / GINS complex subunit Sld5 / : / MCM3 winged helix domain / GINS subunit, domain A / GINS complex protein helical bundle domain / GINS complex, subunit Psf1 / GINS, helical bundle-like domain superfamily / : / MCM5, C-terminal domain / DNA replication licensing factor MCM7, winged helix / DNA replication licensing factor Mcm5 / MCM4, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / : / MCM3-like, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor MCM6 ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor MCM6 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / Cell division control protein 45 / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA replication complex GINS protein PSF1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Yuan, Z. / Georgescu, R. / Bai, L. / Zhang, D. / O'Donnell, M. / Li, H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM111472 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)OD12272 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM45436 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: DNA unwinding mechanism of a eukaryotic replicative CMG helicase.
著者: Zuanning Yuan / Roxana Georgescu / Lin Bai / Dan Zhang / Huilin Li / Michael E O'Donnell /
要旨: High-resolution structures have not been reported for replicative helicases at a replication fork at atomic resolution, a prerequisite to understanding the unwinding mechanism. The eukaryotic ...High-resolution structures have not been reported for replicative helicases at a replication fork at atomic resolution, a prerequisite to understanding the unwinding mechanism. The eukaryotic replicative CMG (Cdc45, Mcm2-7, GINS) helicase contains a Mcm2-7 motor ring, with the N-tier ring in front and the C-tier motor ring behind. The N-tier ring is structurally divided into a zinc finger (ZF) sub-ring followed by the oligosaccharide/oligonucleotide-binding (OB) fold ring. Here we report the cryo-EM structure of CMG on forked DNA at 3.9 Å, revealing that parental DNA enters the ZF sub-ring and strand separation occurs at the bottom of the ZF sub-ring, where the lagging strand is blocked and diverted sideways by OB hairpin-loops of Mcm3, Mcm4, Mcm6, and Mcm7. Thus, instead of employing a specific steric exclusion process, or even a separation pin, unwinding is achieved via a "dam-and-diversion tunnel" mechanism that does not require specific protein-DNA interaction. The C-tier motor ring contains spirally configured PS1 and H2I loops of Mcms 2, 3, 5, 6 that translocate on the spirally-configured leading strand, and thereby pull the preceding DNA segment through the diversion tunnel for strand separation.
履歴
登録2019年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年4月22日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_PDB_caveat ...atom_site / database_PDB_caveat / em_software / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_src_syn / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _em_software.category / _entity.formula_weight ..._em_software.category / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.src_method / _entity_name_com.entity_id / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_poly.type / _entity_src_gen.entity_id / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.entity_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_asym_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id
解説: Atomic clashes / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20607
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA replication complex GINS protein PSF1
B: DNA replication complex GINS protein PSF2
C: DNA replication complex GINS protein PSF3
D: DNA replication complex GINS protein SLD5
E: Cell division control protein 45
2: DNA replication licensing factor MCM2
3: DNA replication licensing factor MCM3
4: DNA replication licensing factor MCM4
5: Minichromosome maintenance protein 5
6: DNA replication licensing factor MCM6
7: DNA replication licensing factor MCM7
F: DNA (26-MER)
G: DNA (15-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)661,10116
ポリマ－659,58013
非ポリマー1,5223
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area69730 Å2
ΔGint-364 kcal/mol
Surface area264690 Å2

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要素

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DNA replication complex GINS protein ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF1 / Partner of Sld five 1


分子量: 24230.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PSF1, YDR013W, PZA208, YD8119.18 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12488
#2: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF2 / Partner of Sld five 2


分子量: 23428.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PSF2, YJL072C, HRF213, J1086 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40359
#3: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF3 / Partner of Sld five 3


分子量: 21659.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PSF3, YOL146W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12146
#4: タンパク質 DNA replication complex GINS protein SLD5


分子量: 33624.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SLD5, YDR489W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03406

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タンパク質 , 2種, 2分子 E5

#5: タンパク質 Cell division control protein 45


分子量: 73810.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CDC45, SLD4, YLR103C, L8004.11 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08032
#9: タンパク質 Minichromosome maintenance protein 5 / Cell division control protein 46


分子量: 74401.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM5, CDC46, YLR274W, L9328.1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P29496, DNA helicase

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DNA replication licensing factor ... , 5種, 5分子 23467

#6: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 2


分子量: 74987.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM2, YBL023C, YBL0438 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P29469, DNA helicase
#7: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM3 / Minichromosome maintenance protein 3


分子量: 79986.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM3, YEL032W, SYGP-ORF23 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P24279, DNA helicase
#8: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM4 / Cell division control protein 54


分子量: 85821.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM4, CDC54, HCD21, YPR019W, YP9531.13 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30665, DNA helicase
#10: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM6


分子量: 73927.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53091*PLUS
#11: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM7 / Cell division control protein 47 / Minichromosome maintenance protein 7


分子量: 82034.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM7, CDC47, YBR202W, YBR1441 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38132, DNA helicase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 FG

#12: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7075.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#13: DNA鎖 DNA (15-MER)


分子量: 4593.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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非ポリマー , 1種, 3分子

#14: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CMG-forkDNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#13 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / プラスミド: pRS
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 162550 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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