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- EMDB-30458: Cryo-EM structure of rNLRP1-rDPP9 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30458
タイトルCryo-EM structure of rNLRP1-rDPP9 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of Nlrp1-FIIND with DPP9 dimer
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptidyl peptidase 9ジペプチジルペプチダーゼ
    • タンパク質・ペプチド: NLR family protein 1
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cellular defense response / NLRP1 inflammasome complex assembly / cysteine-type endopeptidase activator activity / NLRP1 inflammasome complex / programmed necrotic cell death / canonical inflammasome complex / positive regulation of pyroptotic inflammatory response / self proteolysis / dipeptidyl-peptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 ...negative regulation of cellular defense response / NLRP1 inflammasome complex assembly / cysteine-type endopeptidase activator activity / NLRP1 inflammasome complex / programmed necrotic cell death / canonical inflammasome complex / positive regulation of pyroptotic inflammatory response / self proteolysis / dipeptidyl-peptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / pattern recognition receptor activity / cellular response to UV-B / stress-activated protein kinase signaling cascade / pyroptotic inflammatory response / cell leading edge / antiviral innate immune response / response to muramyl dipeptide / signaling adaptor activity / serine-type peptidase activity / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / protein homooligomerization / positive regulation of inflammatory response / : / double-stranded RNA binding / peptidase activity / double-stranded DNA binding / scaffold protein binding / neuron apoptotic process / regulation of apoptotic process / defense response to virus / 微小管 / defense response to bacterium / protein domain specific binding / neuronal cell body / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
: / FIIND domain / Function to find / FIIND domain profile. / CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / NACHT nucleoside triphosphatase ...: / FIIND domain / Function to find / FIIND domain profile. / CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / ロイシンリッチリピート / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Death-like domain superfamily / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1 allele 2 / Dipeptidyl peptidase 9
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Huang MH / Zhang XX
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31421001 to J.C. 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structural and biochemical mechanisms of NLRP1 inhibition by DPP9.
著者: Menghang Huang / Xiaoxiao Zhang / Gee Ann Toh / Qin Gong / Jia Wang / Zhifu Han / Bin Wu / Franklin Zhong / Jijie Chai /
要旨: Nucleotide-binding domain, leucine-rich repeat receptors (NLRs) mediate innate immunity by forming inflammasomes. Activation of the NLR protein NLRP1 requires autocleavage within its function-to-find ...Nucleotide-binding domain, leucine-rich repeat receptors (NLRs) mediate innate immunity by forming inflammasomes. Activation of the NLR protein NLRP1 requires autocleavage within its function-to-find domain (FIIND). In resting cells, the dipeptidyl peptidases DPP8 and DPP9 interact with the FIIND of NLRP1 and suppress spontaneous NLRP1 activation; however, the mechanisms through which this occurs remain unknown. Here we present structural and biochemical evidence that full-length rat NLRP1 (rNLRP1) and rat DPP9 (rDPP9) form a 2:1 complex that contains an autoinhibited rNLRP1 molecule and an active UPA-CARD fragment of rNLRP1. The ZU5 domain is required not only for autoinhibition of rNLRP1 but also for assembly of the 2:1 complex. Formation of the complex prevents UPA-mediated higher-order oligomerization of UPA-CARD fragments and strengthens ZU5-mediated NLRP1 autoinhibition. Structure-guided biochemical and functional assays show that both NLRP1 binding and enzymatic activity are required for DPP9 to suppress NLRP1 in human cells. Together, our data reveal the mechanism of DPP9-mediated inhibition of NLRP1 and shed light on the activation of the NLRP1 inflammasome.
履歴
登録2020年8月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月24日-
マップ公開2021年3月24日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.015
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7crw
  • 表面レベル: 0.015
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30458.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30458.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.061 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.03259771 - 0.070418745
平均 (標準偏差)0.0002718619 (±0.0024192687)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 254.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0611.0611.061
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z254.640254.640254.640
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1219875
NX/NY/NZ141223232
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.0330.0700.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Nlrp1-FIIND with DPP9 dimer

全体名称: Complex of Nlrp1-FIIND with DPP9 dimer
要素
  • 複合体: Complex of Nlrp1-FIIND with DPP9 dimer
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptidyl peptidase 9ジペプチジルペプチダーゼ
    • タンパク質・ペプチド: NLR family protein 1

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超分子 #1: Complex of Nlrp1-FIIND with DPP9 dimer

超分子名称: Complex of Nlrp1-FIIND with DPP9 dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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分子 #1: Dipeptidyl peptidase 9

分子名称: Dipeptidyl peptidase 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 98.203273 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSGGVSPVEQ VAAGDMDDTA ARFCVQKHSW DGLRNIIHGS RKSSGLIVSK APHDFQFVQK PDESGPHSHR LYYLGMPYGS RENSLLYSE IPKKVRKEAL LLLSWKQMLD HFQATPHHGV YSREEELLRE RKRLGVFGIT SYDFHSESGL FLFQASNSLF H CRDGGKNG ...文字列:
MSGGVSPVEQ VAAGDMDDTA ARFCVQKHSW DGLRNIIHGS RKSSGLIVSK APHDFQFVQK PDESGPHSHR LYYLGMPYGS RENSLLYSE IPKKVRKEAL LLLSWKQMLD HFQATPHHGV YSREEELLRE RKRLGVFGIT SYDFHSESGL FLFQASNSLF H CRDGGKNG FMVSPMKPLE IKTQCSGPRM DPKICPADPA FFSFINNNDL WVANIETGEE RRLTFCHQGS ASVLDNPKSA GV ATFVIQE EFDRFTGCWW CPTASWEGSG GLKTLRILYE EVDESEVEVI HVPSPALEER KTDSYRYPRT GSKNPKIALK LAE LQTDHQ GKIVSSCEKE LVQPFSSLFP KVEYIARAGW TRDGRYAWAM FLDRPQQRLQ LVLLPPALFI PTLESEAQWQ EAAR AIPKN VQPFIIYEEV TNVWINVHDI FHPFPQAEGQ QDFCFLRANE CKTGFCHLYR VTVDLKTNDY DWTEPLSPAE DEFKC PIKE EVALTSGEWE VLSRHGSKIW VNEQTKLVYF QGTKDTPLEH HLYVVSYESA GEIVRLTTPG FSHSCSMSQN FDMFVS HYS SVSTPPCVHV YKLSGPDDDP LHKQPRFWAS MMEAASCPPD YVPPEIFHFH TRADVQLYGM IYKPHTLQPG RKHPTVL FV YGGPQVQLVN NSFKGIKYLR LNTLASLGYA VVVIDGRGSC QRGLHFEGAL KNQMGQVEIE DQVEGLQYVA EKYGFIDL S RVAIHGWSYG GFLSLMGLIH KPQVFKVAIA GAPVTVWMAY DTGYTERYMD VPENNQQGYE AGSVALHVEK LPNEPNRLL ILHGFLDENV HFFHTNFLVS QLIRAGKPYQ LQIYPNERHS IRCRESGEHY EVTLLHFLQE HL

UniProtKB: Dipeptidyl peptidase 9

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分子 #2: NLR family protein 1

分子名称: NLR family protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 138.577859 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEESQSKQES NTRVAQHGSQ QDVDPTFQTK RALEKERSKP RPRPLPRVQL QSLPGWSSTS KDVPLSQLIR EMDHESRRCI HRSKKKLDR SEHISQGTIP EIYEKRKETI SHTQSMEQKY LFQNFTKLLL LQKCCPGGSE KLVRESWHPC VPEEGGHMIE I QDLFDPNL ...文字列:
MEESQSKQES NTRVAQHGSQ QDVDPTFQTK RALEKERSKP RPRPLPRVQL QSLPGWSSTS KDVPLSQLIR EMDHESRRCI HRSKKKLDR SEHISQGTIP EIYEKRKETI SHTQSMEQKY LFQNFTKLLL LQKCCPGGSE KLVRESWHPC VPEEGGHMIE I QDLFDPNL DTEKKPQLVI IEGAAGIGKS TLARQVKRAW DEGQLYRDRF QHVFFFSCRE LAQCKQLSLA ELIAQGQEVP TA PTRQILS RPEKLLFILD GIDEPAWVLE DQNPELCVHW SQAQPVHTLL GSLLGKSILP EASLMLTART TALQKLVPSL GQP HRVEVL GFSEFERKDY FYKYFAKERN TIIDFNLIGS IPVLLTLCEV PWVCWLLCTC LEKQMQQGEV LSLTSQTTTA LCLK YLSLT IPGQHLSTQL RTLCSLAAEG ICQRRTLFSK SDLCKQGLAE DAIATFLKIG VLQRQPSSLS YSFAHLCLQE FFAAM SYIL EDSEEAHGDM GNDRTVETLV ERYGRQNLFE APTVRFLLGL LNTREMREME NIFACKFPWE TKLKLLQSII GEPFCQ PCH LGLFHCLYEN QEEELLTETM LCFPLTASGP NHMEATVFQT NVKRLVIQTD MELMVVTFCI TFSHVRSLRL KGKGQQE YK LTAPAMVLYR WTPISEASWK VLFSNLKCTR NLEELDLSGN PLSYSAVRSL CTALRQPGCR LKTLWLVDCG LTSRCCSF L ASMLSAHSRL AELDLRLNDL GDNGVRQLCE GLRNPACNLS ILRLDQASLS EQVITELRAL ETKNPKLFIS STWMSHMTM PTENTDGEES LTSSKQQQQQ SGDKHMEPLG TDDDFWGPSG PVSTEVVDRE RNLYRVRLPM AGSYHCPSTG LHFVVTRAVT IEIGFCAWS QFLHETPLQH SHMVAGPLFD IKAEHGAVTA VCLPHFVSLQ EGKVDSSLFH VAHFQDHGMV LETPARVEPH F AVLENPSF SPMGVLLRMI PAVGHFIPIT SITLIYYRLY LEDITFHLYL VPNDCTIRKA IDEEELKFQF VRINKPPPVD AL YVGSRYI VSSSKEVEIL PKELELCYRS PRESQLFSEI YVGNIGSGIN LQLTDKKYMN LIWEALLKPG DLRPALPRMA SAP KDAPAL LHFVDQHREQ LVARVTSVDP LLDKLHGLVL SEEDYETVRA EATNQDKMRK LFRGSRSWSW DCKDHFYQAL KETH PHLIM DLLEKSGGVS VRL

UniProtKB: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1 allele 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 182116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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