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- EMDB-25535: Structure of the HCV IRES bound to the 40S ribosomal subunit, hea... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25535
タイトルStructure of the HCV IRES bound to the 40S ribosomal subunit, head open. Structure 9(delta dII)
マップデータPost processed map
試料
  • 複合体: 40S ribosomal small subunit with HCV IRESリボソーム
    • RNA: x 2種
    • タンパク質・ペプチド: x 34種
  • リガンド: x 1種
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal subunit / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学)
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S19e signature. / 40S Ribosomal protein S10 / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S3Ae signature. ...Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S19e signature. / 40S Ribosomal protein S10 / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ubiquitin domain signature. / Ribosomal protein L30 signature. / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / Type-2 KH domain profile. / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S15 signature. / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S11 signature. / Ubiquitin domain profile. / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein eS32 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 ...Small ribosomal subunit protein eS32 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / 40S ribosomal protein S24 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS14
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Hepatitis C virus (isolate 1) (C型肝炎ウイルス) / rabbit (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Brown ZP / Abaeva IS / De S / Hellen CUT / Pestova TV / Frank J
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM55440 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM122602 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI123406 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM139453 米国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2022
タイトル: Molecular architecture of 40S translation initiation complexes on the hepatitis C virus IRES.
著者: Zuben P Brown / Irina S Abaeva / Swastik De / Christopher U T Hellen / Tatyana V Pestova / Joachim Frank /
要旨: Hepatitis C virus mRNA contains an internal ribosome entry site (IRES) that mediates end-independent translation initiation, requiring a subset of eukaryotic initiation factors (eIFs). Biochemical ...Hepatitis C virus mRNA contains an internal ribosome entry site (IRES) that mediates end-independent translation initiation, requiring a subset of eukaryotic initiation factors (eIFs). Biochemical studies revealed that direct binding of the IRES to the 40S ribosomal subunit places the initiation codon into the P site, where it base pairs with eIF2-bound Met-tRNAiMet forming a 48S initiation complex. Subsequently, eIF5 and eIF5B mediate subunit joining, yielding an elongation-competent 80S ribosome. Initiation can also proceed without eIF2, in which case Met-tRNAiMet is recruited directly by eIF5B. However, the structures of initiation complexes assembled on the HCV IRES, the transitions between different states, and the accompanying conformational changes have remained unknown. To fill these gaps, we now obtained cryo-EM structures of IRES initiation complexes, at resolutions up to 3.5 Å, that cover all major stages from the initial ribosomal association, through eIF2-containing 48S initiation complexes, to eIF5B-containing complexes immediately prior to subunit joining. These structures provide insights into the dynamic network of 40S/IRES contacts, highlight the role of IRES domain II, and reveal conformational changes that occur during the transition from eIF2- to eIF5B-containing 48S complexes and prepare them for subunit joining.
履歴
登録2021年11月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月27日-
マップ公開2022年7月27日-
更新2022年8月24日-
現状2022年8月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25535.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25535.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Post processed map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.95 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.025340358 - 0.048045345
平均 (標準偏差)0.00022123537 (±0.003008001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 380.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_25535_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local resolution map filtered at local resolution

ファイルemd_25535_additional_1.map
注釈Local resolution map filtered at local resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local resolution values

ファイルemd_25535_additional_2.map
注釈Local resolution values
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_25535_additional_3.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map

ファイルemd_25535_half_map_1.map
注釈Half map
投影像・断面図
軸ZYX

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ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map

ファイルemd_25535_half_map_2.map
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密度ヒストグラム

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ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 40S ribosomal small subunit with HCV IRES

全体名称: 40S ribosomal small subunit with HCV IRESリボソーム
要素
  • 複合体: 40S ribosomal small subunit with HCV IRESリボソーム
    • RNA: 18S rRNA18S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: uS2 (SA)
    • タンパク質・ペプチド: eS1
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: eS4 (S4 X isoform)
    • タンパク質・ペプチド: uS7
    • タンパク質・ペプチド: eS6
    • タンパク質・ペプチド: eS7
    • タンパク質・ペプチド: eS8
    • タンパク質・ペプチド: uS4
    • タンパク質・ペプチド: eS10
    • タンパク質・ペプチド: uS17
    • タンパク質・ペプチド: eS12
    • タンパク質・ペプチド: uS15
    • タンパク質・ペプチド: uS11
    • タンパク質・ペプチド: uS19
    • タンパク質・ペプチド: uS9
    • タンパク質・ペプチド: uS13
    • タンパク質・ペプチド: eS19
    • タンパク質・ペプチド: uS10
    • タンパク質・ペプチド: eS21
    • タンパク質・ペプチド: uS8
    • タンパク質・ペプチド: uS12
    • タンパク質・ペプチド: eS24
    • タンパク質・ペプチド: eS25
    • タンパク質・ペプチド: eS26
    • タンパク質・ペプチド: eS27
    • タンパク質・ペプチド: eS28
    • タンパク質・ペプチド: uS14
    • タンパク質・ペプチド: eS30
    • タンパク質・ペプチド: eS31
    • タンパク質・ペプチド: Receptor for Activated C Kinase 1 (RACK1)
    • タンパク質・ペプチド: eL41
    • タンパク質・ペプチド: uS3
    • タンパク質・ペプチド: eS17
    • RNA: HCV IRESHepatitis C virus internal ribosome entry site
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: 40S ribosomal small subunit with HCV IRES

超分子名称: 40S ribosomal small subunit with HCV IRES / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#36
分子量理論値: 2 MDa

+
分子 #1: 18S rRNA

分子名称: 18S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 603.100938 KDa
配列文字列: UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGUUCCU UUGGUCGCUC GCUCCUCUCC UACUUGGAUA ACUGUGGUAA U UCUAGAGC ...文字列:
UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGUUCCU UUGGUCGCUC GCUCCUCUCC UACUUGGAUA ACUGUGGUAA U UCUAGAGC UAAUACAUGC CGACGGGCGC UGACCCCCUU CGCGGGGGGG AUGCGUGCAU UUAUCAGAUC AAAACCAACC CG GUCAGCC UCCCCCCGGC CCCGGCCGGG GGGGUGGGCG CCGGCGGCUU UGGUGACUCU AGAUAACCUC GGGCCGAUCG CAC GCCCUC CGUGGCGGCG ACGACCCAUU CGAACGUCUG CCCUAUCAAC UUUCGAUGGU AGUCGCCGUG CCUACCAUGG UGAC CACGG GUGACGGGGA AUCAGGGUUC GAUUCCGGAG AGGGAGCCUG AGAAACGGCU ACCACAUCCA AGGAAGGCAG CAGGC GCGC AAAUUACCCA CUCCCGACCC GGGGAGGUAG UGACGAAAAA UAACAAUACA GGACUCUUUC GAGGCCCUGU AAUUGG AAU GAGUCCACUU UAAAUCCUUU AACGAGGAUC CAUUGGAGGG CAAGUCUGGU GCCAGCAGCC GCGGUAAUUC CAGCUCC AA UAGCGUAUAU UAAAGUUGCU GCAGUUAAAA AGCUCGUAGU UGGAUCUUGG GAGCGGGCGG GCGGUCCGCC GCGAGGCG A GCCACCGCCC GUCCCCGCCC CUUGCCUCUC GGCGCCCCCU CGAUGCUCUU AGCUGAGUGU CCCGCGGGGC CCGAAGCGU UUACUUUGAA AAAAUUAGAG UGUUCAAAGC AGGCCCGAGC CGCCUGGAUA CCGCAGCUAG GAAUAAUGGA AUAGGACCGC GGUUCUAUU UUGUUGGUUU UCGGAACUGA GGCCAUGAUU AAGAGGGACG GCCGGGGGCA UUCGUAUUGC GCCGCUAGAG G UGAAAUUC UUGGACCGGC GCAAGACGGA CCAGAGCGAA AGCAUUUGCC AAGAAUGUUU UCAUUAAUCA AGAACGAAAG UC GGAGGUU CGAAGACGAU CAGAUACCGU CGUAGUUCCG ACCAUAAACG AUGCCGACCG GCGAUGCGGC GGCGUUAUUC CCA UGACCC GCCGGGCAGC UUCCGGGAAA CCAAAGUCUU UGGGUUCCGG GGGGAGUAUG GUUGCAAAGC UGAAACUUAA AGGA AUUUG GCGAAGGGCA CCACCAGGAG UGGAGCCUGC GGCUUAAUUU GACUCAACAC GGGAAACCUC ACCCGGCCCG GACAC GGAC AGGAUUGACA GAUUGAUAGC UCUUUCUCGA UUCCGUGGGU GGUGGUGCAU GGCCGUUCUU AGUUGGUGGA GCGAUU UGU CUGGUUAAUU CCGAUAACGA ACGAGACUCU GGCAUGCUAA CUAGUUACGC GACCCCCGAG CGGUCGGCGU CCCCCAA CU UCUUAGAGGG ACAAGUGGCG UUCAGCCACC CGAGAUUGAG CAAUAACAGG UCUGUGAUGC CCUUAGAUGU CCGGGGCU G CACGCGCGCU ACACUGACUG GCUCAGCGUG UGCCUACCCU ACGCCGGCAG GCGCGGGUAA CCCGUUGAAC CCCAUUCGU GAUGGGGAUC GGGGAUUGCA AUUAUUCCCC AUGAACGAGG AAUUCCCAGU AAGUGCGGGU CAUAAGCUUG CGUUGAUUAA GUCCCUGCC CUUUGUACAC ACCGCCCGUC GCUACUACCG AUUGGAUGGU UUAGUGAGGC CCUCGGAUCG GCCCCGCCGG G GUCGGCCC ACGGCCCUGG CGGAGCGCUG AGAAGACGGU CGAACUUGAC UAUCUAGAGG AAGUAAAAGU CGUAACAAGG UU UCCGUAG GUGAACCUGC GGAAGGAUCA UUA

+
分子 #36: HCV IRES

分子名称: HCV IRES / タイプ: rna / ID: 36 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Hepatitis C virus (isolate 1) (C型肝炎ウイルス)
分子量理論値: 128.746109 KDa
配列文字列: GCCAGCCCCC UGAUGGGGGC GACACUCCAC CAUGAAUCAC UCCCCUGUGA GGAACUACUG UCUUCACGCA GAAAGCGUCU AGCCAUGGC GUUAGUAUGA GUGUCGUGCA GCCUCCAGGA CCCCCCCUCC CGGGAGAGCC AUAGUGGUCU GCGGAACCGG U GAGUACAC ...文字列:
GCCAGCCCCC UGAUGGGGGC GACACUCCAC CAUGAAUCAC UCCCCUGUGA GGAACUACUG UCUUCACGCA GAAAGCGUCU AGCCAUGGC GUUAGUAUGA GUGUCGUGCA GCCUCCAGGA CCCCCCCUCC CGGGAGAGCC AUAGUGGUCU GCGGAACCGG U GAGUACAC CGGAAUUGCC AGGACGACCG GGUCCUUUCU UGGAUCAACC CGCUCAAUGC CUGGAGAUUU GGGCGUGCCC CC GCAAGAC UGCUAGCCGA GUAGUGUUGG GUCGCGAAAG GCCUUGUGGU ACUGCCUGAU AGGGUGCUUG CGAGUGCCCC GGG AGGUCU CGUAGACCGU GCACCAUGAG CACGAAUCCU AAACCUCAAA GAAAAACCAA ACGUAACACC AACCGUCGCC CACA

+
分子 #2: uS2 (SA)

分子名称: uS2 (SA) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 32.958016 KDa
配列文字列: MSGALDVLQM KEEDVLKFLA AGTHLGGTNL DFQMEQYIYK RKSDGIYIIN LKRTWEKLLL AARAIVAIEN PADVSVISSR NTGQRAVLK FAAATGATPI AGRFTPGTFT NQIQTAFREP RLLVVTDPRA DHQPLTEASY VNLPTIALCN TDSPLRYVDI A IPCNNKGA ...文字列:
MSGALDVLQM KEEDVLKFLA AGTHLGGTNL DFQMEQYIYK RKSDGIYIIN LKRTWEKLLL AARAIVAIEN PADVSVISSR NTGQRAVLK FAAATGATPI AGRFTPGTFT NQIQTAFREP RLLVVTDPRA DHQPLTEASY VNLPTIALCN TDSPLRYVDI A IPCNNKGA HSVGLMWWML AREVLRMRGT ISREHPWEVM PDLYFYRDPE EIEKEEQAAA EKAVTKEEFQ GEWTAPAPEF TA TQPEVAD WSEGVQVPSV PIQQFPTEDW SAQPATEDWS AAPTAQATEW VGTTTEWS

+
分子 #3: eS1

分子名称: eS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 30.002061 KDa
配列文字列: MAVGKNKRLT KGGKKGAKKK VVDPFSKKDW YDVKAPAMFN IRNIGKTLVT RTQGTKIASD GLKGRVFEVS LADLQNDEVA FRKFKLITE DVQGKNCLTN FHGMDLTRDK MCSMVKKWQT MIEAHVDVKT TDGYLLRLFC VGFTKKRNNQ IRKTSYAQHQ Q VRQIRKKM ...文字列:
MAVGKNKRLT KGGKKGAKKK VVDPFSKKDW YDVKAPAMFN IRNIGKTLVT RTQGTKIASD GLKGRVFEVS LADLQNDEVA FRKFKLITE DVQGKNCLTN FHGMDLTRDK MCSMVKKWQT MIEAHVDVKT TDGYLLRLFC VGFTKKRNNQ IRKTSYAQHQ Q VRQIRKKM MEIMTREVQT NDLKEVVNKL IPDSIGKDIE KACQSIYPLH DVFVRKVKML KKPKFELGKL MELHGEGSSS GK ATGDETG AKVERADGYE PPVQESV

+
分子 #4: 40S ribosomal protein S2

分子名称: 40S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 24.441846 KDa
配列文字列: KEWLPVTKLG RLVKDMKIKS LEEIYLFSLP IKESEIIDFF LGASLKDEVL KIMPVQKQTR AGQRTRFKAF VAIGDYNGHV GLGVKCSKE VATAIRGAII LAKLSIVPVR RGYWGNKIGK PHTVPCKVTG RCGSVLVRLI PAPRGTGIVS APVPKKLLMM A GIDDCYTS ...文字列:
KEWLPVTKLG RLVKDMKIKS LEEIYLFSLP IKESEIIDFF LGASLKDEVL KIMPVQKQTR AGQRTRFKAF VAIGDYNGHV GLGVKCSKE VATAIRGAII LAKLSIVPVR RGYWGNKIGK PHTVPCKVTG RCGSVLVRLI PAPRGTGIVS APVPKKLLMM A GIDDCYTS ARGCTATLGN FAKATFDAIS KTYSYLTPDL WKETVFTKSP YQEFTDHLVK THT

+
分子 #5: eS4 (S4 X isoform)

分子名称: eS4 (S4 X isoform) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 29.654869 KDa
配列文字列: MARGPKKHLK RVAAPKHWML DKLTGVFAPR PSTGPHKLRE CLPLIIFLRN RLKYALTGDE VKKICMQRFI KIDGKVRTDI TYPAGFMDV ISIDKTGENF RLIYDTKGRF AVHRITPEEA KYKLCKVRKI FVGTKGIPHL VTHDARTIRY PDPLIKVNDT I QIDLETGK ...文字列:
MARGPKKHLK RVAAPKHWML DKLTGVFAPR PSTGPHKLRE CLPLIIFLRN RLKYALTGDE VKKICMQRFI KIDGKVRTDI TYPAGFMDV ISIDKTGENF RLIYDTKGRF AVHRITPEEA KYKLCKVRKI FVGTKGIPHL VTHDARTIRY PDPLIKVNDT I QIDLETGK ITDFIKFDTG NLCMVTGGAN LGRIGVITNR ERHPGSFDVV HVKDANGNSF ATRLSNIFVI GKGNKPWISL PR GKGIRLT IAEERDKRLA AKQSSG

+
分子 #6: uS7

分子名称: uS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 22.913453 KDa
配列文字列: MTEWETAAPA VAETPDIKLF GKWSTDDVQI NDISLQDYIA VKEKYAKYLP HSAGRYAAKR FRKAQCPIVE RLTNSMMMHG RNNGKKLMT VRIVKHAFEI IHLLTGENPL QVLVNAIINS GPREDSTRIG RAGTVRRQAV DVSPLRRVNQ AIWLLCTGAR E AAFRNIKT ...文字列:
MTEWETAAPA VAETPDIKLF GKWSTDDVQI NDISLQDYIA VKEKYAKYLP HSAGRYAAKR FRKAQCPIVE RLTNSMMMHG RNNGKKLMT VRIVKHAFEI IHLLTGENPL QVLVNAIINS GPREDSTRIG RAGTVRRQAV DVSPLRRVNQ AIWLLCTGAR E AAFRNIKT IAECLADELI NAAKGSSNSY AIKKKDELER VAKSNR

+
分子 #7: eS6

分子名称: eS6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 28.751906 KDa
配列文字列: MKLNISFPAT GCQKLIEVDD ERKLRTFYEK RMATEVAADA LGEEWKGYVV RISGGNDKQG FPMKQGVLTH GRVRLLLSKG HSCYRPRRT GERKRKSVRG CIVDANLSVL NLVIVKKGEK DIPGLTDTTV PRRLGPKRAS RIRKLFNLSK EDDVRQYVVR K PLNKEGKK ...文字列:
MKLNISFPAT GCQKLIEVDD ERKLRTFYEK RMATEVAADA LGEEWKGYVV RISGGNDKQG FPMKQGVLTH GRVRLLLSKG HSCYRPRRT GERKRKSVRG CIVDANLSVL NLVIVKKGEK DIPGLTDTTV PRRLGPKRAS RIRKLFNLSK EDDVRQYVVR K PLNKEGKK PRTKAPKIQR LVTPRVLQHK RRRIALKKQR TKKNKEEAAE YAKLLAKRMK EAKEKRQEQI AKRRRLSSLR AS TSKSESS QK

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分子 #8: eS7

分子名称: eS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 47.356172 KDa
配列文字列: EPITNRVFQA LTSSDFKQQD GGSFSLSRTH LSGFRSRPRR TTIASAATRP PPIPSRGGSA PTGTPEGAGA SRSSRTVPRL PPQPSGPPR APRHPGFQRA LPSLIRPEPG VRAPLLASAG TRFKRPASQA VKALSARGLL QPQVQVGPRA NRVPQRREPR Q HLSGHAPG ...文字列:
EPITNRVFQA LTSSDFKQQD GGSFSLSRTH LSGFRSRPRR TTIASAATRP PPIPSRGGSA PTGTPEGAGA SRSSRTVPRL PPQPSGPPR APRHPGFQRA LPSLIRPEPG VRAPLLASAG TRFKRPASQA VKALSARGLL QPQVQVGPRA NRVPQRREPR Q HLSGHAPG ASEGGSASPT YWSLGITSWD ALGFPLRLGG SSGFRSSVAL FRPLSFRRGD LPRSREIWAS SSAGAQPGEA MF SSSAKIV KPNGEKPDEF ESGISQALLE LEMNSDLKAQ LRELNITAAK EIEVGGGRKA IIIFVPVPQL KSFQKIQVRL VRE LEKKFS GKHVVFIAQR RILPKPTRKS RTKNKQKRPR SRTLTAVHDA ILEDLVFPSE IVGKRIRVKL DGSRLIKVHL DKAQ QNNVE HKVETFSGVY KKLTGKDVNF EFPEFQL

+
分子 #9: eS8

分子名称: eS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 24.263387 KDa
配列文字列: MGISRDNWHK RRKTGGKRKP YHKKRKYELG RPAANTKIGP RRIHTVRVRG GNKKYRALRL DVGNFSWGSE CCTRKTRIID VVYNASNNE LVRTKTLVKN CIVLIDSTPY RQWYESHYAL PLGRKKGAKL TPEEEEILNK KRSKKIQKKY DERKKNAKIS S LLEEQFQQ ...文字列:
MGISRDNWHK RRKTGGKRKP YHKKRKYELG RPAANTKIGP RRIHTVRVRG GNKKYRALRL DVGNFSWGSE CCTRKTRIID VVYNASNNE LVRTKTLVKN CIVLIDSTPY RQWYESHYAL PLGRKKGAKL TPEEEEILNK KRSKKIQKKY DERKKNAKIS S LLEEQFQQ GKLLACIASR PGQCGRADGY VLEGKELEFY LRKIKARKGK

+
分子 #10: uS4

分子名称: uS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 22.641564 KDa
配列文字列: MPVARSWVCR KTYVTPRRPF EKSRLDQELK LIGEYGLRNK REVWRVKFTL AKIRKAAREL LTLDEKDPRR LFEGNALLRR LVRIGVLDE GKMKLDYILG LKIEDFLERR LQTQVFKLGL AKSIHHARVL IRQRHIRVRK QVVNIPSFIV RLDSQKHIDF S LRSPYGGG ...文字列:
MPVARSWVCR KTYVTPRRPF EKSRLDQELK LIGEYGLRNK REVWRVKFTL AKIRKAAREL LTLDEKDPRR LFEGNALLRR LVRIGVLDE GKMKLDYILG LKIEDFLERR LQTQVFKLGL AKSIHHARVL IRQRHIRVRK QVVNIPSFIV RLDSQKHIDF S LRSPYGGG RPGRVKRKNA KKGQGGAGAG DDEEED

+
分子 #11: eS10

分子名称: eS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 17.156865 KDa
配列文字列:
MLMPKKNRIA IYELLFKEGV MVAKKDVHMP KHPELADKNV PNLHVMKAMQ SLKSRGYVKE QFAWRHFYWY LTNEGIQYLR DYLHLPPEI VPATLRRSRP ETGRPRPKGL EGERPARLTR GEADRDTYRR SAVPPGADKK AEAGAGSATE

+
分子 #12: uS17

分子名称: uS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 18.468826 KDa
配列文字列:
MADIQTERAY QKQPTIFQNK KRVLLGETGK EKLPRYYKNI GLGFKTPKEA IEGTYIDKKC PFTGNVSIRG RILSGVVTKM KMQRTIVIR RDYLHYIRKY NRFEKRHKNM SVHLSPCFRD VQIGDIVTVG ECRPLSKTVR FNVLKVTKAA GTKKQFQKF

+
分子 #13: eS12

分子名称: eS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 14.538987 KDa
配列文字列:
MAEEGIAAGG VMDVNTALQE VLKTALIHDG LARGIREAAK ALDKRQAHLC VLASNCDEPM YVKLVEALCA EHQINLIKVD DNKKLGEWV GLCKIDREGK PRKVVGCSCV VVKDYGKESQ AKDVIEEYFK CKK

+
分子 #14: uS15

分子名称: uS15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 17.259389 KDa
配列文字列:
MGRMHAPGKG LSQSALPYRR SVPTWLKLTS DDVKEQIYKL AKKGLTPSQI GVILRDSHGV AQVRFVTGNK ILRILKSKGL APDLPEDLY HLIKKAVAVR KHLERNRKDK DAKFRLILIE SRIHRLARYY KTKRVLPPNW KYESSTASAL VA

+
分子 #15: uS11

分子名称: uS11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 18.133984 KDa
配列文字列:
MKARALSGSG VRRRRAAMAP RKGKEKKEEQ VISLGPQVAE GENVFGVCHI FASFNDTFVH VTDLSGKETI CRVTGGMKVK ADRDESSPY AAMLAAQDVA QRCKELGITA LHIKLRATGG NRTKTPGPGA QSALRALARS GMKIGRIEDV TPIPSDSTRR K GGRRGRRL

+
分子 #16: uS19

分子名称: uS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 17.049182 KDa
配列文字列:
MAEVEQKKKR TFRKFTYRGV DLDQLLDMSY EQLMQLYSAR QRRRLSRGLR RKQHSLLKRL RKAKKEAPPM EKPEVVKTHL RDMIILPEM VGSMVGVYNG KTFNQVEIKP EMIGHYLGEF SITYKPVKHG RPGIGATHSS RFIPLK

+
分子 #17: uS9

分子名称: uS9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 19.213465 KDa
配列文字列:
SARVAPRFPF PVVAPRGEDR HSSAAAMPSK GPLQSVQVFG RKKTATAVAH CKRGNGLIKV NGRPLEMIEP RTLQYKLLEP VLLLGKERF AGVDIRVRVK GGGHVAQIYA IRQSISKALV AYYQKYVDEA SKKEIKDILI QYDRTLLVAD PRRCESKKFG G PGARARYQ KSYR

+
分子 #18: uS13

分子名称: uS13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 17.759777 KDa
配列文字列:
MSLVIPEKFQ HILRVLNTNI DGRRKIAFAI TAIKGVGRRY AHVVLRKADI DLTKRAGELT EDEVERVITI MQNPRQYKIP DWFLNRQKD VKDGKYSQVL ANGLDNKLRE DLERLKKIRA HRGLRHFWGL RVRGQHTKTT GRRGRTVGVS KKK

+
分子 #19: eS19

分子名称: eS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 16.235796 KDa
配列文字列:
MPGVTVKDVN QQEFVRALAA FLKKSGKLKV PEWVDTVKLA KHKELAPYDE NWFYTRAAST ARHLYLRGGA GVGSMTKIYG GRQRNGVMP SHFSRGSKSV ARRVLQALEG LKMVEKDQDW GRKLTPQGQR DLDRIAGQVA AAKKKH

+
分子 #20: uS10

分子名称: uS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 13.398763 KDa
配列文字列:
MAFKDTGKTP VEPEVAIHRI RITLTSRNVK SLEKVCADLI RGAKEKNLKV KGPVRMPTKT LRITTRKTPC GEGSKTWDRF QMRIHKRLI DLHSPSEIVK QITSISIEPG VEVEVTIADA

+
分子 #21: eS21

分子名称: eS21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 9.124389 KDa
配列文字列:
MQNDAGEFVD LYVPRKCSAS NRIIGAKDHA SIQMNVAEVD KVTGRFNGQF KTYAICGAIR RMGESDDSIL RLAKADGIVS KNF

+
分子 #22: uS8

分子名称: uS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 14.865555 KDa
配列文字列:
MVRMNVLADA LKSINNAEKR GKRQVLIRPC SKVIVRFLTV MMKHGYIGEF EIIDDHRAGK IVVNLTGRLN KCGVISPRFD VQLKDLEKW QNNLLPSRQF GFIVLTTSAG IMDHEEARRK HTGGKILGFF F

+
分子 #23: uS12

分子名称: uS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 15.844666 KDa
配列文字列:
MGKCRGLRTA RKLRSHRRDQ KWHDKQYKKA HLGTALKANP FGGASHAKGI VLEKVGVEAK QPNSAIRKCV RVQLIKNGKK ITAFVPNDG CLNFIEENDE VLVAGFGRKG HAVGDIPGVR FKVVKVANVS LLALYKGKKE RPRS

+
分子 #24: eS24

分子名称: eS24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 15.237104 KDa
配列文字列:
MNDTVTIRTR KFMTNRLLQR KQMVIDVLHP GKATVPKTEI REKLAKMYKT TPDVIFVFGF RTHFGGGKTT GFGMIYDSLD YAKKNEPKH RLARHGLYEK KKTSRKQRKE RKNRMKKVRG TAKANVGAGK KK

+
分子 #25: eS25

分子名称: eS25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 13.645028 KDa
配列文字列:
PPKDDKKKKD AGKSAKKDKD PVNKSGGKAK KKKWSKGKVR DKLNNLVLFD KATYDKLCKE VPNYKLITPA VVSERLKIRG SLARAALQE LLSKGLIKLV SKHRAQVIYT RNTKGGDAPA AGEDA

+
分子 #26: eS26

分子名称: eS26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 11.645794 KDa
配列文字列:
TKKRRNNGRA KKGRGHVQPI RCTNCARCVP KDKAIKKFVI RNIVEAAAVR DISEASVFDA YVLPKLYVKL HYCVSCAIHS KVVRNRSRE ARKDRTPPPR FR

+
分子 #27: eS27

分子名称: eS27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 9.480186 KDa
配列文字列:
MPLAKDLLHP SPEEEKRKHK KKRLVQSPNS YFMDVKCPGC YKITTVFSHA QTVVLCVGCS TVLCQPTGGK ARLTEGCSFR RKQH

+
分子 #28: eS28

分子名称: eS28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 7.855052 KDa
配列文字列:
MDTSRVQPIK LARVTKVLGR TGSQGQCTQV RVEFMDDTSR SIIRNVKGPV REGDVLTLLE SEREARRLR

+
分子 #29: uS14

分子名称: uS14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 6.690821 KDa
配列文字列:
MGHQQLYWSH PRKFGQGSRS CRVCSNRHGL IRKYGLNMCR QCFRQYAKDI GFIKLD

+
分子 #30: eS30

分子名称: eS30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 14.498884 KDa
配列文字列:
MQLFVRAQEL HTLEVTGRET VAQIKAHVAS LEGIAPEDQV VLLAGTPLED EATLGQCGVE ALSTLEVAGR MLGGKVHGSL ARVGKVRGQ TLKVAKQEKK KKRTGRAKRR MQYNRRFVNV VPTFGKKKGP NANS

+
分子 #31: eS31

分子名称: eS31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 21.431742 KDa
配列文字列:
MARHPLYQGS GIWCGRLRGG AFGGGAGKPR GPAALFLFDP PSARRWARHQ DADLRENPYG EDHHARGIPP DQQRLIFAGK QLEDGRTLS DYNIQKESTL HLVLRLRGGA KKRKKKSYTT PKKNKHKRKK VKLAVLKYYK VDENGKISRL RRECPSDECG A GVFMASHF DRHYCGKCCL TYCFNKPEDK

+
分子 #32: Receptor for Activated C Kinase 1 (RACK1)

分子名称: Receptor for Activated C Kinase 1 (RACK1) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 35.115652 KDa
配列文字列: MTEQMTLRGT LKGHNGWVTQ IATTPQFPDM ILSASRDKTI IMWKLTRDET NYGIPQRALR GHSHFVSDVV ISSDGQFALS GSWDGTLRL WDLTTGTTTR RFVGHTKDVL SVAFSSDNRQ IVSGSRDKTI KLWNTLGVCK YTVQDESHSE WVSCVRFSPN S SNPIIVSC ...文字列:
MTEQMTLRGT LKGHNGWVTQ IATTPQFPDM ILSASRDKTI IMWKLTRDET NYGIPQRALR GHSHFVSDVV ISSDGQFALS GSWDGTLRL WDLTTGTTTR RFVGHTKDVL SVAFSSDNRQ IVSGSRDKTI KLWNTLGVCK YTVQDESHSE WVSCVRFSPN S SNPIIVSC GWDKLVKVWN LANCKLKTNH IGHTGYLNTV TVSPDGSLCA SGGKDGQAML WDLNEGKHLY TLDGGDIINA LC FSPNRYW LCAATGPSIK IWDLEGKIIV DELKQEVIST SSKAEPPQCT SLAWSADGQT LFAGYTDNLV RVWQVTIGTR

+
分子 #33: eL41

分子名称: eL41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 3.473451 KDa
配列文字列:
MRAKWRKKRM RRLKRKRRKM RQRSK

+
分子 #34: uS3

分子名称: uS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 31.146607 KDa
配列文字列: MSARRRRRRA AFRRRAEPFI PISVREPLPF LSAARGGKMA VQISKKRKFV ADGIFKAELN EFLTRELAED GYSGVEVRVT PTRTEIIIL ATRTQNVLGE KGRRIRELTA VVQKRFGFPE GSVELYAEKV ATRGLCAIAQ AESLRYKLLG GLAVRRACYG V LRFIMESG ...文字列:
MSARRRRRRA AFRRRAEPFI PISVREPLPF LSAARGGKMA VQISKKRKFV ADGIFKAELN EFLTRELAED GYSGVEVRVT PTRTEIIIL ATRTQNVLGE KGRRIRELTA VVQKRFGFPE GSVELYAEKV ATRGLCAIAQ AESLRYKLLG GLAVRRACYG V LRFIMESG AKGCEVVVSG KLRGQRAKSM KFVDGLMIHS GDPVNYYVDT AVRHVLLRQG VLGIKVKIML PWDPSGKIGP KK PLPDHVS IVEPKDEILP TTPISEQKGG KPEPPAMPQP VPTA

+
分子 #35: eS17

分子名称: eS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 15.552119 KDa
配列文字列:
MGRVRTKTVK KAARVIIEKY YTRLGNDFHT NKRVCEEIAI IPSKKLRNKI AGYVTHLMKR IQRGPVRGIS IKLQEEERER RDNYVPEVS ALDQEIIEVD PDTKEMLKLL DFGSLSNLQV TQPTVGMNFK TPRGAV

+
分子 #37: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.000075 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: H2/O2 mixture for 25 seconds at 25W power
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 4 second blot time, force 3.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 70.9 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: Relion 3
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 46095
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6d9j


5flx

chain_id: z
得られたモデル

PDB-7syo:
Structure of the HCV IRES bound to the 40S ribosomal subunit, head open. Structure 9(delta dII)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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