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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25023 | ||||||||||||
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タイトル | tRNA-like Structure from Brome Mosaic Virus Bound to Tyrosyl-tRNA Synthetase from Phaseolus vulgaris. Conformation: Bound State 1. | ||||||||||||
マップデータ | Cryo-EM map of tyrosyl-tRNA synthetase (TyrRS) from Phaseolus vulgaris bound to tRNA-like structure (TLS) from brome mosaic virus (BMV). Complex in 'bound state 1'. | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | tRNA-synthetase / Viral RNA / 3' UTR / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Phaseolus vulgaris (インゲン) / Brome mosaic virus (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.51 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kieft JS / Bonilla SL | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2021 タイトル: A viral RNA hijacks host machinery using dynamic conformational changes of a tRNA-like structure. 著者: Steve L Bonilla / Madeline E Sherlock / Andrea MacFadden / Jeffrey S Kieft / 要旨: Viruses require multifunctional structured RNAs to hijack their host’s biochemistry, but their mechanisms can be obscured by the difficulty of solving conformationally dynamic RNA structures. Using ...Viruses require multifunctional structured RNAs to hijack their host’s biochemistry, but their mechanisms can be obscured by the difficulty of solving conformationally dynamic RNA structures. Using cryo–electron microscopy (cryo-EM), we visualized the structure of the mysterious viral transfer RNA (tRNA)–like structure (TLS) from the brome mosaic virus, which affects replication, translation, and genome encapsidation. Structures in isolation and those bound to tyrosyl-tRNA synthetase (TyrRS) show that this ~55-kilodalton purported tRNA mimic undergoes large conformational rearrangements to bind TyrRS in a form that differs substantially from that of tRNA. Our study reveals how viral RNAs can use a combination of static and dynamic RNA structures to bind host machinery through highly noncanonical interactions, and we highlight the utility of cryo-EM for visualizing small, conformationally dynamic structured RNAs. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25023.map.gz | 149.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25023-v30.xml emd-25023.xml | 18.6 KB 18.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25023_fsc.xml | 15 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25023.png | 92.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-25023.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_25023_additional_1.map.gz emd_25023_half_map_1.map.gz emd_25023_half_map_2.map.gz | 289.5 MB 285.6 MB 285.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25023 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25023 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25023_validation.pdf.gz | 765.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25023_full_validation.pdf.gz | 764.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25023_validation.xml.gz | 23.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25023_validation.cif.gz | 30.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25023 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25023 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25023.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of tyrosyl-tRNA synthetase (TyrRS) from Phaseolus vulgaris bound to tRNA-like structure (TLS) from brome mosaic virus (BMV). Complex in 'bound state 1'. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Sharpened (B factor: 341.8) cryo-EM map of tyrosyl-tRNA...
ファイル | emd_25023_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened (B factor: 341.8) cryo-EM map of tyrosyl-tRNA synthetase (TyrRS) from Phaseolus vulgaris bound to tRNA-like structure (TLS) from brome mosaic virus (BMV). Complex in 'bound state 1'. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map A of tyrosyl-tRNA synthetase (TyrRS) from Phaseolus...
ファイル | emd_25023_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map A of tyrosyl-tRNA synthetase (TyrRS) from Phaseolus vulgaris bound to tRNA-like structure (TLS) from brome mosaic virus (BMV). Complex in 'bound state 1'. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map B of tyrosyl-tRNA synthetase (TyrRS) from Phaseolus...
ファイル | emd_25023_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map B of tyrosyl-tRNA synthetase (TyrRS) from Phaseolus vulgaris bound to tRNA-like structure (TLS) from brome mosaic virus (BMV).Complex in 'bound state 1'. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : RNA-protein complex: tyrosyl-tRNA synthetase from Phaseolus vulga...
全体 | 名称: RNA-protein complex: tyrosyl-tRNA synthetase from Phaseolus vulgaris bound to tRNA-like structure from brome mosaic virus RNA 3. |
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要素 |
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-超分子 #1: RNA-protein complex: tyrosyl-tRNA synthetase from Phaseolus vulga...
超分子 | 名称: RNA-protein complex: tyrosyl-tRNA synthetase from Phaseolus vulgaris bound to tRNA-like structure from brome mosaic virus RNA 3. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Phaseolus vulgaris (インゲン) |
-分子 #1: Tyrosine--tRNA ligase
分子 | 名称: Tyrosine--tRNA ligase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: tyrosine-tRNA ligase |
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由来(天然) | 生物種: Phaseolus vulgaris (インゲン) |
分子量 | 理論値: 45.482191 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MMEQAPSEAL QSLSVSDSQI PQSSNSTPQL SPEEKFKIVR SVGEECIQED ELLNLLTKKP EPVCYDGFE PSGRMHIAQG VMKTISVNKL TSAGCRVKIW IADWFAKLNN KMGGDLKKIE TVGRYLIEIW KAVGMDVEGG K VEFLWSSK ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MMEQAPSEAL QSLSVSDSQI PQSSNSTPQL SPEEKFKIVR SVGEECIQED ELLNLLTKKP EPVCYDGFE PSGRMHIAQG VMKTISVNKL TSAGCRVKIW IADWFAKLNN KMGGDLKKIE TVGRYLIEIW KAVGMDVEGG K VEFLWSSK EINARADEYW PLVLDIAQKN NLKRIIRCSQ IMGRSEQDEL TAAQIFYPCM QCADIFFLKA DICQLGMDQR KV NVLAREY CDDIKRKNKP IILSHHMLPG LQQGQEKMSK SDPSSSVFME DEEAEVNVKI KKAYCPPKVV EGNPCLEYIK YLI LPWFNE FTVERSADNG GNKTFKSYEE LIADYESGEL HPADLKPALS KSLNKILEPV REHFRKDSNA KELLKRVKAY RVTK UniProtKB: tyrosine--tRNA ligase |
-分子 #2: tRNA-like structure from brome mosaic virus RNA 3
分子 | 名称: tRNA-like structure from brome mosaic virus RNA 3 / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Brome mosaic virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 55.044559 KDa |
配列 | 文字列: GGCGUGGUUG ACACGCAGAC CUCUUACAAG AGUGUCUAGG UGCCUUUGAG AGUUACUCUU UGCUCUCUUC GGAAGAACCC UUAGGGGUU CGUGCAUGGG CUUGCAUAGC AAGUCUUAGA AUGCGGGUAC CGUACAGUGU UGAAAAACAC UGUAAAUCUC U AAAAGAGA CCA GENBANK: GENBANK: X58457.1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 2.5 seconds before plunging.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |