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- PDB-1ekj: THE X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF BETA CARBONIC ANHYDRASE F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ekj
タイトルTHE X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF BETA CARBONIC ANHYDRASE FROM THE C3 DICOT PISUM SATIVUM
要素BETA-CARBONIC ANHYDRASE
キーワードLYASE / ROSSMAN FOLD DOMAIN / STRAND EXCHANGE
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon utilization / chloroplast stroma / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta carbonic anhydrases, cladeB / Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 1. / Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 2. / Carbonic anhydrase, prokaryotic-like, conserved site / Beta-carbonic Anhydrase; Chain A / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase superfamily / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase ...Beta carbonic anhydrases, cladeB / Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 1. / Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 2. / Carbonic anhydrase, prokaryotic-like, conserved site / Beta-carbonic Anhydrase; Chain A / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase superfamily / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / AZIDE ION / CITRIC ACID / COPPER (II) ION / Carbonic anhydrase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Kimber, M.S. / Pai, E.F.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000
タイトル: The active site architecture of Pisum sativum beta-carbonic anhydrase is a mirror image of that of alpha-carbonic anhydrases.
著者: Kimber, M.S. / Pai, E.F.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Beta-Carbonic Anhydrase from Pisum Sativum: Crystallisation and Preliminary X-Ray Analysis
著者: Kimber, M.S. / Coleman, J.R. / Pai, E.F.
履歴
登録2000年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-CARBONIC ANHYDRASE
B: BETA-CARBONIC ANHYDRASE
C: BETA-CARBONIC ANHYDRASE
D: BETA-CARBONIC ANHYDRASE
E: BETA-CARBONIC ANHYDRASE
F: BETA-CARBONIC ANHYDRASE
G: BETA-CARBONIC ANHYDRASE
H: BETA-CARBONIC ANHYDRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,93946
ポリマ－191,7388
非ポリマー2,20138
水14,610811
1
A: BETA-CARBONIC ANHYDRASE
B: BETA-CARBONIC ANHYDRASE
C: BETA-CARBONIC ANHYDRASE
D: BETA-CARBONIC ANHYDRASE
ヘテロ分子

A: BETA-CARBONIC ANHYDRASE
B: BETA-CARBONIC ANHYDRASE
C: BETA-CARBONIC ANHYDRASE
D: BETA-CARBONIC ANHYDRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,07246
ポリマ－191,7388
非ポリマー2,33438
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z1
Buried area38930 Å2
ΔGint-217.5 kcal/mol
Surface area61470 Å2
手法PISA
2
E: BETA-CARBONIC ANHYDRASE
F: BETA-CARBONIC ANHYDRASE
G: BETA-CARBONIC ANHYDRASE
H: BETA-CARBONIC ANHYDRASE
ヘテロ分子

E: BETA-CARBONIC ANHYDRASE
F: BETA-CARBONIC ANHYDRASE
G: BETA-CARBONIC ANHYDRASE
H: BETA-CARBONIC ANHYDRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,80646
ポリマ－191,7388
非ポリマー2,06838
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_655-x+3/2,-y+1/2,z1
Buried area38950 Å2
ΔGint-216.1 kcal/mol
Surface area62340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.909, 143.318, 202.135
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
BETA-CARBONIC ANHYDRASE


分子量: 23967.291 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 細胞内の位置: NUCLEAR ENCODED / 器官: LEAF / 参照: UniProt: P17067, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 8種, 849分子

#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#8: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 811 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 16% PEG 4000, 0.05 M DITHIOTHREITOL, 0.4 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CITRATE, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
116 %PEG4000 1reservoir
2400 mMammonium acetate1reservoir
350 mMdithiothreitol1reservoir
4100 mMsodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / タイプ: APS / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→40 Å / Num. obs: 138484 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 14.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル最高解像度: 1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.277 / % possible all: 78.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 779081
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS0.5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.93→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: TORSION ANGLE ANNEALING REFINEMENT TO MAXIMIMUM LIKELIHOOD TARGETS, FOLLOWED BY INDIVIDUAL TEMPERATURE FACTOR REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1298 1 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.229 130054 87.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.75 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.16 Å20 Å20 Å2
2--11 Å20 Å2
3----13.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13162 0 97 811 14070
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.09
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.81.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.582
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.572
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.462.5
LS精密化 シェル解像度: 1.93→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 171 1 %
Rwork0.306 17133 -
obs--70.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP_ZN.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ACETATE.PARAMACETATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION_NEW.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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