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- EMDB-2447: Electron microscopy of the complex formed by chaperones TBCE and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2447
タイトルElectron microscopy of the complex formed by chaperones TBCE and TBCB and alpha-tubulin
マップデータReconstruction of the complex formed by TBCE, TBCB and alpha-tubulin
試料
  • 試料: Ternary complex of alpha-tubulin, TBCE and TBCB
  • タンパク質・ペプチド: Tubulin binding cofactor E
  • タンパク質・ペプチド: Tubulin binding cofactor B
  • タンパク質・ペプチド: alpha-tubulin
キーワードchaperones / protein folding (フォールディング) / protein degradation (タンパク質分解) / tubulin proteostasis
機能・相同性
機能・相同性情報


peripheral nervous system neuron axonogenesis / post-chaperonin tubulin folding pathway / 筋萎縮 / Post-chaperonin tubulin folding pathway / tubulin complex assembly / alpha-tubulin binding / developmental growth / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / adult locomotory behavior ...peripheral nervous system neuron axonogenesis / post-chaperonin tubulin folding pathway / 筋萎縮 / Post-chaperonin tubulin folding pathway / tubulin complex assembly / alpha-tubulin binding / developmental growth / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / adult locomotory behavior / post-embryonic development / mitotic spindle organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / double-stranded RNA binding / フォールディング / mitotic cell cycle / nervous system development / protein-folding chaperone binding / 微小管 / 細胞分化 / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tubulin-specific chaperone E / TBCE, ubiquitin-like (Ubl) domain / ユビキチン様タンパク質 / CAP-Gly domain signature. / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY ...Tubulin-specific chaperone E / TBCE, ubiquitin-like (Ubl) domain / ユビキチン様タンパク質 / CAP-Gly domain signature. / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY / Alpha tubulin / Alpha tubulin / チューブリン / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / ユビキチン様タンパク質 / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin alpha-1B chain / Tubulin-specific chaperone E / Tubulin-folding cofactor B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Serna M / Carranza G / Martin-Benito J / Janowsk R / Canals A / Coll M / Zabala JC / Valpuesta JM
引用ジャーナル: J Cell Sci / 年: 2015
タイトル: The structure of the complex between α-tubulin, TBCE and TBCB reveals a tubulin dimer dissociation mechanism.
著者: Marina Serna / Gerardo Carranza / Jaime Martín-Benito / Robert Janowski / Albert Canals / Miquel Coll / Juan Carlos Zabala / José María Valpuesta /
要旨: Tubulin proteostasis is regulated by a group of molecular chaperones termed tubulin cofactors (TBC). Whereas tubulin heterodimer formation is well-characterized biochemically, its dissociation ...Tubulin proteostasis is regulated by a group of molecular chaperones termed tubulin cofactors (TBC). Whereas tubulin heterodimer formation is well-characterized biochemically, its dissociation pathway is not clearly understood. Here, we carried out biochemical assays to dissect the role of the human TBCE and TBCB chaperones in α-tubulin-β-tubulin dissociation. We used electron microscopy and image processing to determine the three-dimensional structure of the human TBCE, TBCB and α-tubulin (αEB) complex, which is formed upon α-tubulin-β-tubulin heterodimer dissociation by the two chaperones. Docking the atomic structures of domains of these proteins, including the TBCE UBL domain, as we determined by X-ray crystallography, allowed description of the molecular architecture of the αEB complex. We found that heterodimer dissociation is an energy-independent process that takes place through a disruption of the α-tubulin-β-tubulin interface that is caused by a steric interaction between β-tubulin and the TBCE cytoskeleton-associated protein glycine-rich (CAP-Gly) and leucine-rich repeat (LRR) domains. The protruding arrangement of chaperone ubiquitin-like (UBL) domains in the αEB complex suggests that there is a direct interaction of this complex with the proteasome, thus mediating α-tubulin degradation.
履歴
登録2013年8月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年9月18日-
マップ公開2014年9月10日-
更新2015年8月26日-
現状2015年8月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.051
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.051
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2447.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2447.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 126 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the complex formed by TBCE, TBCB and alpha-tubulin
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.66 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.051 / ムービー #1: 0.051
最小 - 最大-0.03980095 - 0.19663683
平均 (標準偏差)0.00350237 (±0.02621287)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ323232
Spacing323232
セルA=B=C: 149.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.664.664.66
M x/y/z323232
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z149.120149.120149.120
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS323232
D min/max/mean-0.0400.1970.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of alpha-tubulin, TBCE and TBCB

全体名称: Ternary complex of alpha-tubulin, TBCE and TBCB
要素
  • 試料: Ternary complex of alpha-tubulin, TBCE and TBCB
  • タンパク質・ペプチド: Tubulin binding cofactor E
  • タンパク質・ペプチド: Tubulin binding cofactor B
  • タンパク質・ペプチド: alpha-tubulin

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超分子 #1000: Ternary complex of alpha-tubulin, TBCE and TBCB

超分子名称: Ternary complex of alpha-tubulin, TBCE and TBCB / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: heterotrimer / Number unique components: 3
分子量理論値: 137 KDa

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分子 #1: Tubulin binding cofactor E

分子名称: Tubulin binding cofactor E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Tubulin-specific chaperone E / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 59 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換細胞: Sf9 / 組換プラスミド: pFastBac-1
配列UniProtKB: Tubulin-specific chaperone E / InterPro: CAP Gly-rich domain

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分子 #2: Tubulin binding cofactor B

分子名称: Tubulin binding cofactor B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
Name.synonym: Tubulin-specific chaperone B, Tubulin-folding cofactor B
コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 27 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 (DE3) pLysS / 組換プラスミド: pET3a
配列UniProtKB: Tubulin-folding cofactor B / InterPro: CAP Gly-rich domain

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分子 #3: alpha-tubulin

分子名称: alpha-tubulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: Tubulin alpha-1B chain / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Bovin / 組織: Brain / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 50 KDa
配列UniProtKB: Tubulin alpha-1B chain / InterPro: Alpha tubulin

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 6.7 / 詳細: 100mM MES-NaOH, 25mM KCl, 1mM MgCl2, 1mM EGTA
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein floated on 2% w/v uranyl acetate for 1 min.
グリッド詳細: 300 mesh copper grid with thin carbon support, glow discharged in air atmosphere
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1200EXII
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 5.6 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
日付2010年11月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 85 / 平均電子線量: 10 e/Å2

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画像解析

CTF補正詳細: N. Grigorieff CTFFIND3
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, Spider, XMIPP
詳細: Individual particles were manually selected using XMIPP software package.
使用した粒子像数: 26129
詳細The particles were manually selected using the XMIPP program

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1v6e


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The domain was fitted by manual docking using Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

1whg


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The domain was fitted by manual docking using Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

1tub


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The domain was fitted by manual docking using Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 4

初期モデルPDB ID:

4icu


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The domain was fitted by manual docking using Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 5

初期モデルPDB ID:

3rj0


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The domain was fitted by manual docking using Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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