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Yorodumi- PDB-4nu7: 2.05 Angstrom Crystal Structure of Ribulose-phosphate 3-epimerase... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4nu7 | ||||||
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Title | 2.05 Angstrom Crystal Structure of Ribulose-phosphate 3-epimerase from Toxoplasma gondii. | ||||||
Components | Ribulose-phosphate 3-epimerase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM Barrel / ribulose-phosphate 3-epimerase | ||||||
Function / homology | Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / : Function and homology information | ||||||
Biological species | Toxoplasma gondii (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Minasov, G. / Ruan, J. / Ngo, H. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: Front Cell Infect Microbiol / Year: 2018 Title: CSGID Solves Structures and Identifies Phenotypes for Five Enzymes in Toxoplasma gondii . Authors: Lykins, J.D. / Filippova, E.V. / Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Zhou, Y. / Dubrovska, I. / Flores, K.J. / Shuvalova, L.A. / Ruan, J. / El Bissati, K. / Dovgin, S. / Roberts, C.W. / Woods, S. ...Authors: Lykins, J.D. / Filippova, E.V. / Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Zhou, Y. / Dubrovska, I. / Flores, K.J. / Shuvalova, L.A. / Ruan, J. / El Bissati, K. / Dovgin, S. / Roberts, C.W. / Woods, S. / Moulton, J.D. / Moulton, H. / McPhillie, M.J. / Muench, S.P. / Fishwick, C.W.G. / Sabini, E. / Shanmugam, D. / Roos, D.S. / McLeod, R. / Anderson, W.F. / Ngo, H.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4nu7.cif.gz | 373.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4nu7.ent.gz | 309.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4nu7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4nu7_validation.pdf.gz | 473.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4nu7_full_validation.pdf.gz | 480.3 KB | Display | |
Data in XML | 4nu7_validation.xml.gz | 39.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4nu7_validation.cif.gz | 56.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/4nu7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/4nu7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4nmlC 4nogC 4o0nC 4odiC 5bxiC 3qc3S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26469.367 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Toxoplasma gondii (eukaryote) / Strain: ME49 / Gene: RPE, TGVEG_004130 / Plasmid: pMCSG28 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)/pMagic / References: UniProt: B9PPN9, ribulose-phosphate 3-epimerase #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.05 Å3/Da / Density % sol: 59.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 3.5 Details: Protein: 7.4 mG/mL, 0.5 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer pH 8.3; Screen: Classics II (A1), 2M Ammonium sulfate, 0.1M Citric acid pH 3.5. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å |
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Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 18, 2012 / Details: Beryllium lenses |
Radiation | Monochromator: Diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→30 Å / Num. all: 81012 / Num. obs: 81012 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 32.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 20.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.09 Å / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.615 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3999 / Rsym value: 0.615 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3QC3 Resolution: 2.05→29.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 6.973 / SU ML: 0.093 Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.123 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.93 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→29.88 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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