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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2430 | |||||||||
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タイトル | The structure of the COPII coat assembled on membranes | |||||||||
マップデータ | sec13/31 outer coat edge left-handed direction | |||||||||
試料 |
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キーワード | COPII (COPII) / coat / secretion (分泌) / trafficking / Sec13 / Sec31 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Seh1-associated complex / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / COPII-mediated vesicle transport / nuclear pore localization / regulation of TORC1 signaling / COPII-coated vesicle cargo loading / nuclear pore outer ring / COPII vesicle coat ...Seh1-associated complex / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / COPII-mediated vesicle transport / nuclear pore localization / regulation of TORC1 signaling / COPII-coated vesicle cargo loading / nuclear pore outer ring / COPII vesicle coat / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / mating projection tip / endoplasmic reticulum organization / vacuolar membrane / nucleocytoplasmic transport / positive regulation of TOR signaling / mRNA transport / endoplasmic reticulum exit site / 核膜孔 / : / positive regulation of TORC1 signaling / cell periphery / intracellular protein transport / protein import into nucleus / 核膜 / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / positive regulation of DNA-templated transcription / 小胞体 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 40.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Zanetti G / Prinz S / Daum S / Meister A / Schekman R / Bacia K / Briggs JAG | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2013 タイトル: The structure of the COPII transport-vesicle coat assembled on membranes. 著者: Giulia Zanetti / Simone Prinz / Sebastian Daum / Annette Meister / Randy Schekman / Kirsten Bacia / John A G Briggs / 要旨: Coat protein complex II (COPII) mediates formation of the membrane vesicles that export newly synthesised proteins from the endoplasmic reticulum. The inner COPII proteins bind to cargo and membrane, ...Coat protein complex II (COPII) mediates formation of the membrane vesicles that export newly synthesised proteins from the endoplasmic reticulum. The inner COPII proteins bind to cargo and membrane, linking them to the outer COPII components that form a cage around the vesicle. Regulated flexibility in coat architecture is essential for transport of a variety of differently sized cargoes, but structural data on the assembled coat has not been available. We have used cryo-electron tomography and subtomogram averaging to determine the structure of the complete, membrane-assembled COPII coat. We describe a novel arrangement of the outer coat and find that the inner coat can assemble into regular lattices. The data reveal how coat subunits interact with one another and with the membrane, suggesting how coordinated assembly of inner and outer coats can mediate and regulate packaging of vesicles ranging from small spheres to large tubular carriers. DOI:http://dx.doi.org/10.7554/eLife.00951.001. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2430.map.gz | 1.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2430-v30.xml emd-2430.xml | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2430.png | 46.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2430 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2430 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2430.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sec13/31 outer coat edge left-handed direction | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Sec13/31 complex (as part of complete COPII assembled on membrane...
全体 | 名称: Sec13/31 complex (as part of complete COPII assembled on membrane) edge in left-handed direction |
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要素 |
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-超分子 #1000: Sec13/31 complex (as part of complete COPII assembled on membrane...
超分子 | 名称: Sec13/31 complex (as part of complete COPII assembled on membrane) edge in left-handed direction タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: heterotetramers of sec13 and sec31 / Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 319.236 KDa / 理論値: 319.236 KDa |
-分子 #1: Sec31
分子 | 名称: Sec31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 集合状態: heterotetramer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: cytosol/endoplasmic reticulum |
分子量 | 実験値: 138.824 KDa / 理論値: 138.824 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換株: RSY1112 / 組換プラスミド: pNS3141 (6H31/CK1313) |
配列 | UniProtKB: UNIPROTKB: E7Q1I6 |
-分子 #2: Sec13
分子 | 名称: Sec13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 集合状態: heterotetramer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: cytosol/endoplasmic reticulum |
分子量 | 実験値: 20.79 KDa / 理論値: 27.9 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換株: RSY1112 / 組換プラスミド: pNS3141 (6H31/CK1313) |
配列 | UniProtKB: UNIPROTKB: E7Q6Z3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
濃度 | 0.03 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.8 / 詳細: HEPES, 50 mM KOAc, 1.2 mM MgCl2 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: plunge frozen |
グリッド | 詳細: C-flat grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-電子顕微鏡法 #1
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 19500 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GATAN GIF 2002 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° |
Microscopy ID | 1 |
日付 | 2012年9月18日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN MULTISCAN / 実像数: 26 / 平均電子線量: 80 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #2
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 19500 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GATAN GIF 2002 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° |
Microscopy ID | 2 |
日付 | 2012年6月19日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN MULTISCAN / 実像数: 26 / 平均電子線量: 80 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: each tilted image within tomogram |
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最終 角度割当 | 詳細: 0 0 0 in zyz convention |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 40.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: TOM/AV3, Matlab / 使用したサブトモグラム数: 182 |
詳細 | see materials and methods in relevant publication |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation |
得られたモデル | PDB-4bzj: |