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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22884 | |||||||||
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タイトル | Structure of the NiV F glycoprotein in complex with the 12B2 neutralizing antibody | |||||||||
マップデータ | Sharpened map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 membrane fusion involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Nipah virus (ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Dang HV / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Veesler D | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021 タイトル: Broadly neutralizing antibody cocktails targeting Nipah virus and Hendra virus fusion glycoproteins. 著者: Ha V Dang / Robert W Cross / Viktoriya Borisevich / Zachary A Bornholdt / Brandyn R West / Yee-Peng Chan / Chad E Mire / Sofia Cheliout Da Silva / Antony S Dimitrov / Lianying Yan / Moushimi ...著者: Ha V Dang / Robert W Cross / Viktoriya Borisevich / Zachary A Bornholdt / Brandyn R West / Yee-Peng Chan / Chad E Mire / Sofia Cheliout Da Silva / Antony S Dimitrov / Lianying Yan / Moushimi Amaya / Chanakha K Navaratnarajah / Larry Zeitlin / Thomas W Geisbert / Christopher C Broder / David Veesler / 要旨: Hendra virus (HeV) and Nipah virus (NiV) are henipaviruses (HNVs) causing respiratory illness and severe encephalitis in humans, with fatality rates of 50-100%. There are no licensed therapeutics or ...Hendra virus (HeV) and Nipah virus (NiV) are henipaviruses (HNVs) causing respiratory illness and severe encephalitis in humans, with fatality rates of 50-100%. There are no licensed therapeutics or vaccines to protect humans. HeV and NiV use a receptor-binding glycoprotein (G) and a fusion glycoprotein (F) to enter host cells. HNV F and G are the main targets of the humoral immune response, and the presence of neutralizing antibodies is a correlate of protection against NiV and HeV in experimentally infected animals. We describe here two cross-reactive F-specific antibodies, 1F5 and 12B2, that neutralize NiV and HeV through inhibition of membrane fusion. Cryo-electron microscopy structures reveal that 1F5 and 12B2 recognize distinct prefusion-specific, conserved quaternary epitopes and lock F in its prefusion conformation. We provide proof-of-concept for using antibody cocktails for neutralizing NiV and HeV and define a roadmap for developing effective countermeasures against these highly pathogenic viruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22884.map.gz | 4.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22884-v30.xml emd-22884.xml | 20.3 KB 20.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22884.png | 71.6 KB | ||
その他 | emd_22884_additional_1.map.gz emd_22884_half_map_1.map.gz emd_22884_half_map_2.map.gz | 83.9 MB 154.2 MB 154.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22884 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22884 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22884_validation.pdf.gz | 838.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22884_full_validation.pdf.gz | 838.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22884_validation.xml.gz | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22884_validation.cif.gz | 17.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22884 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22884 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22884.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_22884_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_22884_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_22884_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : NiV F glycoprotein in complex with the 12B2 neutralizing antibody...
全体 | 名称: NiV F glycoprotein in complex with the 12B2 neutralizing antibody Fab fragment |
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要素 |
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-超分子 #1: NiV F glycoprotein in complex with the 12B2 neutralizing antibody...
超分子 | 名称: NiV F glycoprotein in complex with the 12B2 neutralizing antibody Fab fragment タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Nipah virus (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Fusion glycoprotein F0
分子 | 名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Nipah virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 60.028074 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MVVILDKRCY CNLLILILMI SECSVGILHY EKLSKIGLVK GVTRKYKIKS NPLTKDIVIK MIPNVSNMSQ CTGSVMENYK TRLNGILTP IKGALEIYKN NTHDLVGDVR LAGVIMAGVA IGIATAAQIT AGVALYEAMK NADNINKLKS SIESTNEAVV K LQETAEKT ...文字列: MVVILDKRCY CNLLILILMI SECSVGILHY EKLSKIGLVK GVTRKYKIKS NPLTKDIVIK MIPNVSNMSQ CTGSVMENYK TRLNGILTP IKGALEIYKN NTHDLVGDVR LAGVIMAGVA IGIATAAQIT AGVALYEAMK NADNINKLKS SIESTNEAVV K LQETAEKT VYVLTALQDY INTNLVPTID KISCKQTELS LDLALSKYLS DLLFVFGPNL QDPVSNSMTI QAISQAFGGN YE TLLRTLG YATEDFDDLL ESDSITGQII YVDLSSYYII VRVYFPILTE IQQAYIQELL PVSFNNDDSE WISIVPNFIL VRN TLISNI EIGFCLITKR SVICNQDYAT PMTNNMRECL TGSTEKCPRE LVVSSHVPRF ALSNGVLFAN CISVTCQCQT TGRA ISQSG EQTLLMIDNT TCPTAVLGNV IISLGKYLGS VNYNSEGIAI GPPVFTDKVD ISSQISSMNQ SLQQSKDYIK EAQRL LDTV NPSMKQIEDK IEEILSKIYH IENEIARIKK LIGEAPGGIE GRKLKETAAA KFERQHMDS |
-分子 #2: 12B2 Fab light chain
分子 | 名称: 12B2 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 23.657051 KDa |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPAS LSASVGETVT ITCRASENIY SYLAWYQHKQ GKSPQLLVYN AKSLAEGVPS RFSGSGSGTQ FSLKINSLQP EDFGSYYCQ HHYGTPWTFG GGTKLEIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS ...文字列: DIQMTQSPAS LSASVGETVT ITCRASENIY SYLAWYQHKQ GKSPQLLVYN AKSLAEGVPS RFSGSGSGTQ FSLKINSLQP EDFGSYYCQ HHYGTPWTFG GGTKLEIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS KDSTYSMSST LTLTKDEYER HNSYTCEATH KTSTSPIVKS FNRNEC |
-分子 #3: 12B2 heavy chain
分子 | 名称: 12B2 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 48.630758 KDa |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
配列 | 文字列: QVQLKESGPG LVAPSQSLSI TCTVSGFSLA SYGVHWVRQP PGKGLEWLGV IWTGGSTNYN SALMSRLSIN RDNSKSQVFL KLNSLQTDD TAIYYCARDR GYGYGGFAYW GQGTLVTVSA AKTTPPSVYP LAPGSAAQTN SMVTLGCLVK GYFPEPVTVT W NSGSLSSG ...文字列: QVQLKESGPG LVAPSQSLSI TCTVSGFSLA SYGVHWVRQP PGKGLEWLGV IWTGGSTNYN SALMSRLSIN RDNSKSQVFL KLNSLQTDD TAIYYCARDR GYGYGGFAYW GQGTLVTVSA AKTTPPSVYP LAPGSAAQTN SMVTLGCLVK GYFPEPVTVT W NSGSLSSG VHTFPAVLQS DLYTLSSSVT VPSSTWPSET VTCNVAHPAS STKVDKKIVP RDCGCKPCIC TVPEVSSVFI FP PKPKDVL TITLTPKVTC VVVDISKDDP EVQFSWFVDD VEVHTAQTQP REEQFNSTFR SVSELPIMHQ DWLNGKEFKC RVN SAAFPA PIEKTISKTK GRPKAPQVYT IPPPKEQMAK DKVSLTCMIT DFFPEDITVE WQWNGQPAEN YKNTQPIMDT DGSY FVYSK LNVQKSNWEA GNTFTCSVLH EGLHNHHTEK SLSHSPGK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: cryoSPARC ab initio |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 28776 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |