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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21898 | ||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of the C. sordellii lethal toxin TcsL in complex with SEMA6A | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cell adhesion involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of sprouting angiogenesis / semaphorin receptor binding / Other semaphorin interactions / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of neuron migration / chemorepellent activity / neural crest cell migration / host cell cytosol ...negative regulation of cell adhesion involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of sprouting angiogenesis / semaphorin receptor binding / Other semaphorin interactions / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of neuron migration / chemorepellent activity / neural crest cell migration / host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / negative chemotaxis / glycosyltransferase activity / semaphorin-plexin signaling pathway / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / negative regulation of angiogenesis / cysteine-type peptidase activity / cytoskeleton organization / host cell endosome membrane / axon guidance / animal organ morphogenesis / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / nervous system development / toxin activity / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of cell migration / axon / apoptotic process / host cell plasma membrane / extracellular space / extracellular region / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Paeniclostridium sordellii (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kucharska I / Rubinstein JL / Julien JP | ||||||||||||
資金援助 | カナダ, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2020 タイトル: Recognition of Semaphorin Proteins by P. sordellii Lethal Toxin Reveals Principles of Receptor Specificity in Clostridial Toxins. 著者: Hunsang Lee / Greg L Beilhartz / Iga Kucharska / Swetha Raman / Hong Cui / Mandy Hiu Yi Lam / Huazhu Liang / John L Rubinstein / Daniel Schramek / Jean-Philippe Julien / Roman A Melnyk / Mikko Taipale / 要旨: Pathogenic clostridial species secrete potent toxins that induce severe host tissue damage. Paeniclostridium sordellii lethal toxin (TcsL) causes an almost invariably lethal toxic shock syndrome ...Pathogenic clostridial species secrete potent toxins that induce severe host tissue damage. Paeniclostridium sordellii lethal toxin (TcsL) causes an almost invariably lethal toxic shock syndrome associated with gynecological infections. TcsL is 87% similar to C. difficile TcdB, which enters host cells via Frizzled receptors in colon epithelium. However, P. sordellii infections target vascular endothelium, suggesting that TcsL exploits another receptor. Here, using CRISPR/Cas9 screening, we establish semaphorins SEMA6A and SEMA6B as TcsL receptors. We demonstrate that recombinant SEMA6A can protect mice from TcsL-induced edema. A 3.3 Å cryo-EM structure shows that TcsL binds SEMA6A with the same region that in TcdB binds structurally unrelated Frizzled. Remarkably, 15 mutations in this evolutionarily divergent surface are sufficient to switch binding specificity of TcsL to that of TcdB. Our findings establish semaphorins as physiologically relevant receptors for TcsL and reveal the molecular basis for the difference in tissue targeting and disease pathogenesis between highly related toxins. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21898.map.gz | 7.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21898-v30.xml emd-21898.xml | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21898.png | 48.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21898 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21898 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21898_validation.pdf.gz | 370.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21898_full_validation.pdf.gz | 369.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21898_validation.xml.gz | 4.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21898_validation.cif.gz | 5.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21898 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21898 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21898.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of SEMA6A with TcsL
全体 | 名称: Complex of SEMA6A with TcsL |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of SEMA6A with TcsL
超分子 | 名称: Complex of SEMA6A with TcsL / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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-超分子 #2: SEMA6A
超分子 | 名称: SEMA6A / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: TcsL
超分子 | 名称: TcsL / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Paeniclostridium sordellii (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: SEMA6A
分子 | 名称: SEMA6A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 63.85741 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ETGFPEDSEP ISISHGNYTK QYPVFVGHKP GRNTTQRHRL DIQMIMIMNG TLYIAARDHI YTVDIDTSHT EEIYCSKKLT WKSRQADVD TCRMKGKHKD ECHNFIKVLL KKNDDALFVC GTNAFNPSCR NYKMDTLEPF GDEFSGMARC PYDAKHANVA L FADGKLYS ...文字列: ETGFPEDSEP ISISHGNYTK QYPVFVGHKP GRNTTQRHRL DIQMIMIMNG TLYIAARDHI YTVDIDTSHT EEIYCSKKLT WKSRQADVD TCRMKGKHKD ECHNFIKVLL KKNDDALFVC GTNAFNPSCR NYKMDTLEPF GDEFSGMARC PYDAKHANVA L FADGKLYS ATVTDFLAID AVIYRSLGES PTLRTVKHDS KWLKEPYFVQ AVDYGDYIYF FFREIAVEYN TMGKVVFPRV AQ VCKNDMG GSQRVLEKQW TSFLKARLNC SVPGDSHFYF NILQAVTDVI RINGRDVVLA TFSTPYNSIP GSAVCAYDML DIA SVFTGR FKEQKSPDST WTPVPDERVP KPRPGCCAGS SSLERYATSN EFPDDTLNFI KTHPLMDEAV PSIFNRPWFL RTMV RYRLT KIAVDTAAGP YQNHTVVFLG SEKGIILKFL ARIGNSGFLN DSLFLEEMSV YNSEKCSYDG VEDKRIMGMQ LDRAS SSLY VAFSTCVIKV PLGRCERYGK CKKTCIASRD PYCGWIKEGG ACSHLSPNSR LTFEQDIERG NTDGLGDCHN GSWSHP QFE K |
-分子 #2: TcsL
分子 | 名称: TcsL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの |
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由来(天然) | 生物種: Paeniclostridium sordellii (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 63.315875 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: SAWSHPQFEK ENLYFQGTNV RINLDGNTRS FIVPVITTEQ IRKNLSYSFY GSGGSYSLSL SPYNMNIDLN LVENDTWVID VDNVVKNIT IESDEIQKGE LIENILSKLN IEDNKIVLNN HTINFYGAIN ESNRFISLTF SILEDINIII EIDLVSKSYK I LLSGNCIK ...文字列: SAWSHPQFEK ENLYFQGTNV RINLDGNTRS FIVPVITTEQ IRKNLSYSFY GSGGSYSLSL SPYNMNIDLN LVENDTWVID VDNVVKNIT IESDEIQKGE LIENILSKLN IEDNKIVLNN HTINFYGAIN ESNRFISLTF SILEDINIII EIDLVSKSYK I LLSGNCIK LIENSSDIQQ KIDHIGFNGE HQKYIPYSYI DNETKYNGFI DYSKKEGLFT AEFSNESIIR NIYMPDSNNL FI YSSKDLK DIRIINKGDV KLLIGNYFKD NMKVSLSFTI EDTNTIKLNG VYLDENGVAQ ILKFMNNAKS ALNTSNSLMN FLE SINIKN IFYNNLDPNI KFILDTNFII SGSNSIGQFE LICDKDKNIQ PYFIKFKIKE TSYTLYAGNR QNLIVEPSYH LDDS GNISS TVINFSQKYL YGIDRYVNKV IITPNLYTDE INITPVYKPN YICPEVIILD ANYINEKINI NINDLSIRYV WDNDG SDLI LIANSEEDNQ PQVKIRFVNV FKSDTAADKL SFNFSDKQDV SVSKIISTFS LAAGSENLYF QGHHHHHH |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.9 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 45.24 e/Å2 / 詳細: Dataset was collected with FEI Falcon IV. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |