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- EMDB-21427: Single Particle Cryo-EM Structure of the Natively Isolated Sec61,... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21427
タイトルSingle Particle Cryo-EM Structure of the Natively Isolated Sec61, TMCO1, Nicalin, TMEM147, and CCDC47 Containing Ribosome-Translocon Complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Native complex of a translating ribosome and a novel translocon containing the Sec61 complex, TMEM147, NOMO, Nicalin, CCDC47, and TMCO1.
    • 複合体: 60S SubunitEukaryotic large ribosomal subunit (60S)
      • 複合体: 60S acidic ribosomal protein P0
      • 複合体: 60S acidic ribosomal protein P1
      • 複合体: 60S acidic ribosomal protein P2
      • 複合体: 60S ribosomal protein L10
      • 複合体: 60S ribosomal protein L10a
      • 複合体: 60S ribosomal protein L11
      • 複合体: 60S ribosomal protein L12
      • 複合体: 60S ribosomal protein L13
      • 複合体: 60S ribosomal protein L13a
      • 複合体: 60S ribosomal protein L14
      • 複合体: 60S ribosomal protein L15
      • 複合体: 60S ribosomal protein L17
      • 複合体: 60S ribosomal protein L18
      • 複合体: 60S ribosomal protein L18a
      • 複合体: 60S ribosomal protein L19
      • 複合体: 60S ribosomal protein L21
      • 複合体: 60S ribosomal protein L22
      • 複合体: 60S ribosomal protein L23
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      • 複合体: 60S ribosomal protein L24
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      • 複合体: 60S ribosomal protein L30
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      • 複合体: 60S ribosomal protein L36
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      • 複合体: 60S ribosomal protein L39
      • 複合体: 60S ribosomal protein L4
      • 複合体: 60S ribosomal protein L5
      • 複合体: 60S ribosomal protein L6
      • 複合体: 60S ribosomal protein L7
      • 複合体: 60S ribosomal protein L7a
      • 複合体: 60S ribosomal protein L8
      • 複合体: 60S ribosomal protein L9
    • 複合体: 40S Subunit
      • 複合体: 40S ribosomal protein S10
      • 複合体: 40S ribosomal protein S11
      • 複合体: 40S ribosomal protein S12
      • 複合体: 40S ribosomal protein S13
      • 複合体: 40S ribosomal protein S14
      • 複合体: 40S ribosomal protein S15
      • 複合体: 40S ribosomal protein S15a
      • 複合体: 40S ribosomal protein S16
      • 複合体: 40S ribosomal protein S17
      • 複合体: 40S ribosomal protein S18
      • 複合体: 40S ribosomal protein S19
      • 複合体: 40S ribosomal protein S2
      • 複合体: 40S ribosomal protein S21
      • 複合体: 40S ribosomal protein S23
      • 複合体: 40S ribosomal protein S24
      • 複合体: 40S ribosomal protein S25
      • 複合体: 40S ribosomal protein S26
      • 複合体: 40S ribosomal protein S27
      • 複合体: 40S ribosomal protein S27-like
      • 複合体: 40S ribosomal protein S28
      • 複合体: 40S ribosomal protein S29
      • 複合体: 40S ribosomal protein S3
      • 複合体: 40S ribosomal protein S30
      • 複合体: 40S ribosomal protein S3a
      • 複合体: 40S ribosomal protein S4, X isoformリボソーム
      • 複合体: 40S ribosomal protein S5
      • 複合体: 40S ribosomal protein S6
      • 複合体: 40S ribosomal protein S7
      • 複合体: 40S ribosomal protein S8
      • 複合体: 40S ribosomal protein S9
      • 複合体: 40S ribosomal protein SAリボソームタンパク質SA
    • 複合体: Transloconトランスロコン
      • 複合体: Sec61 Complex
      • 複合体: TMCO1
      • 複合体: NOMO-Nicalin-TMEM147 Complex
      • 複合体: CCDC47
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者McGilvray PT / Anghel SA / Sundaram A / Trnka MJ / Zhong F / Hu H / Burlingame AL / Keenan RJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM130051-01 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: An ER translocon for multi-pass membrane protein biogenesis.
著者: Philip T McGilvray / S Andrei Anghel / Arunkumar Sundaram / Frank Zhong / Michael J Trnka / James R Fuller / Hong Hu / Alma L Burlingame / Robert J Keenan /
要旨: Membrane proteins with multiple transmembrane domains play critical roles in cell physiology, but little is known about the machinery coordinating their biogenesis at the endoplasmic reticulum. Here ...Membrane proteins with multiple transmembrane domains play critical roles in cell physiology, but little is known about the machinery coordinating their biogenesis at the endoplasmic reticulum. Here we describe a ~ 360 kDa ribosome-associated complex comprising the core Sec61 channel and five accessory factors: TMCO1, CCDC47 and the Nicalin-TMEM147-NOMO complex. Cryo-electron microscopy reveals a large assembly at the ribosome exit tunnel organized around a central membrane cavity. Similar to protein-conducting channels that facilitate movement of transmembrane segments, cytosolic and luminal funnels in TMCO1 and TMEM147, respectively, suggest routes into the central membrane cavity. High-throughput mRNA sequencing shows selective translocon engagement with hundreds of different multi-pass membrane proteins. Consistent with a role in multi-pass membrane protein biogenesis, cells lacking different accessory components show reduced levels of one such client, the glutamate transporter EAAT1. These results identify a new human translocon and provide a molecular framework for understanding its role in multi-pass membrane protein biogenesis.
履歴
登録2020年2月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月25日-
マップ公開2020年9月2日-
更新2020年9月2日-
現状2020年9月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0073
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.0073
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21427.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21427.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0073 / ムービー #1: 0.0073
最小 - 最大-0.014456131 - 0.04746323
平均 (標準偏差)0.00015776935 (±0.0019139652)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00500
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 680.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.361.361.36
M x/y/z500500500
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z680.000680.000680.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00500
NC/NR/NS500500500
D min/max/mean-0.0140.0470.000

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_21427_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_21427_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Native complex of a translating ribosome and a novel translocon c...

全体名称: Native complex of a translating ribosome and a novel translocon containing the Sec61 complex, TMEM147, NOMO, Nicalin, CCDC47, and TMCO1.
要素
  • 複合体: Native complex of a translating ribosome and a novel translocon containing the Sec61 complex, TMEM147, NOMO, Nicalin, CCDC47, and TMCO1.
    • 複合体: 60S SubunitEukaryotic large ribosomal subunit (60S)
      • 複合体: 60S acidic ribosomal protein P0
      • 複合体: 60S acidic ribosomal protein P1
      • 複合体: 60S acidic ribosomal protein P2
      • 複合体: 60S ribosomal protein L10
      • 複合体: 60S ribosomal protein L10a
      • 複合体: 60S ribosomal protein L11
      • 複合体: 60S ribosomal protein L12
      • 複合体: 60S ribosomal protein L13
      • 複合体: 60S ribosomal protein L13a
      • 複合体: 60S ribosomal protein L14
      • 複合体: 60S ribosomal protein L15
      • 複合体: 60S ribosomal protein L17
      • 複合体: 60S ribosomal protein L18
      • 複合体: 60S ribosomal protein L18a
      • 複合体: 60S ribosomal protein L19
      • 複合体: 60S ribosomal protein L21
      • 複合体: 60S ribosomal protein L22
      • 複合体: 60S ribosomal protein L23
      • 複合体: 60S ribosomal protein L23a
      • 複合体: 60S ribosomal protein L24
      • 複合体: 60S ribosomal protein L26
      • 複合体: 60S ribosomal protein L27
      • 複合体: 60S ribosomal protein L27a
      • 複合体: 60S ribosomal protein L28
      • 複合体: 60S ribosomal protein L3
      • 複合体: 60S ribosomal protein L30
      • 複合体: 60S ribosomal protein L31
      • 複合体: 60S ribosomal protein L32
      • 複合体: 60S ribosomal protein L34
      • 複合体: 60S ribosomal protein L35
      • 複合体: 60S ribosomal protein L35a
      • 複合体: 60S ribosomal protein L36
      • 複合体: 60S ribosomal protein L36a
      • 複合体: 60S ribosomal protein L37a
      • 複合体: 60S ribosomal protein L38
      • 複合体: 60S ribosomal protein L39
      • 複合体: 60S ribosomal protein L4
      • 複合体: 60S ribosomal protein L5
      • 複合体: 60S ribosomal protein L6
      • 複合体: 60S ribosomal protein L7
      • 複合体: 60S ribosomal protein L7a
      • 複合体: 60S ribosomal protein L8
      • 複合体: 60S ribosomal protein L9
    • 複合体: 40S Subunit
      • 複合体: 40S ribosomal protein S10
      • 複合体: 40S ribosomal protein S11
      • 複合体: 40S ribosomal protein S12
      • 複合体: 40S ribosomal protein S13
      • 複合体: 40S ribosomal protein S14
      • 複合体: 40S ribosomal protein S15
      • 複合体: 40S ribosomal protein S15a
      • 複合体: 40S ribosomal protein S16
      • 複合体: 40S ribosomal protein S17
      • 複合体: 40S ribosomal protein S18
      • 複合体: 40S ribosomal protein S19
      • 複合体: 40S ribosomal protein S2
      • 複合体: 40S ribosomal protein S21
      • 複合体: 40S ribosomal protein S23
      • 複合体: 40S ribosomal protein S24
      • 複合体: 40S ribosomal protein S25
      • 複合体: 40S ribosomal protein S26
      • 複合体: 40S ribosomal protein S27
      • 複合体: 40S ribosomal protein S27-like
      • 複合体: 40S ribosomal protein S28
      • 複合体: 40S ribosomal protein S29
      • 複合体: 40S ribosomal protein S3
      • 複合体: 40S ribosomal protein S30
      • 複合体: 40S ribosomal protein S3a
      • 複合体: 40S ribosomal protein S4, X isoformリボソーム
      • 複合体: 40S ribosomal protein S5
      • 複合体: 40S ribosomal protein S6
      • 複合体: 40S ribosomal protein S7
      • 複合体: 40S ribosomal protein S8
      • 複合体: 40S ribosomal protein S9
      • 複合体: 40S ribosomal protein SAリボソームタンパク質SA
    • 複合体: Transloconトランスロコン
      • 複合体: Sec61 Complex
      • 複合体: TMCO1
      • 複合体: NOMO-Nicalin-TMEM147 Complex
      • 複合体: CCDC47

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超分子 #1: Native complex of a translating ribosome and a novel translocon c...

超分子名称: Native complex of a translating ribosome and a novel translocon containing the Sec61 complex, TMEM147, NOMO, Nicalin, CCDC47, and TMCO1.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum
分子量理論値: 56 KDa

+
超分子 #2: 60S Subunit

超分子名称: 60S Subunit / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
詳細: 60S ribosomal protein L9 60S ribosomal protein L8 60S ribosomal protein L7a 60S ribosomal protein L7 60S ribosomal protein L6 60S ribosomal protein L5 60S ribosomal protein L4 60S ribosomal ...詳細: 60S ribosomal protein L9 60S ribosomal protein L8 60S ribosomal protein L7a 60S ribosomal protein L7 60S ribosomal protein L6 60S ribosomal protein L5 60S ribosomal protein L4 60S ribosomal protein L39 60S ribosomal protein L38 60S ribosomal protein L37a 60S ribosomal protein L36a 60S ribosomal protein L36 60S ribosomal protein L35a 60S ribosomal protein L35 60S ribosomal protein L34 60S ribosomal protein L32 60S ribosomal protein L31 60S ribosomal protein L30 60S ribosomal protein L3 60S ribosomal protein L28 60S ribosomal protein L27a 60S ribosomal protein L27 60S ribosomal protein L26 60S ribosomal protein L24 60S ribosomal protein L23a 60S ribosomal protein L23 60S ribosomal protein L22-like 1 60S ribosomal protein L22 60S ribosomal protein L21 60S ribosomal protein L19 60S ribosomal protein L18a 60S ribosomal protein L18 60S ribosomal protein L17 60S ribosomal protein L15 60S ribosomal protein L14 60S ribosomal protein L13a 60S ribosomal protein L13 60S ribosomal protein L12 60S ribosomal protein L11 60S ribosomal protein L10a 60S ribosomal protein L10 60S ribosomal export protein NMD3 60S acidic ribosomal protein P2 60S acidic ribosomal protein P1 60S acidic ribosomal protein P0-like 60S acidic ribosomal protein P0 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum
分子量理論値: 2.42 MDa

+
超分子 #3: 40S Subunit

超分子名称: 40S Subunit / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
詳細: 40S ribosomal protein SA 40S ribosomal protein S9 40S ribosomal protein S8 40S ribosomal protein S7 40S ribosomal protein S6 40S ribosomal protein S5 40S ribosomal protein S4, X isoform 40S ...詳細: 40S ribosomal protein SA 40S ribosomal protein S9 40S ribosomal protein S8 40S ribosomal protein S7 40S ribosomal protein S6 40S ribosomal protein S5 40S ribosomal protein S4, X isoform 40S ribosomal protein S3a 40S ribosomal protein S30 40S ribosomal protein S3 40S ribosomal protein S29 40S ribosomal protein S28 40S ribosomal protein S27-like 40S ribosomal protein S27 40S ribosomal protein S26 40S ribosomal protein S25 40S ribosomal protein S24 40S ribosomal protein S23 40S ribosomal protein S21 40S ribosomal protein S20 40S ribosomal protein S2 40S ribosomal protein S19 40S ribosomal protein S18 40S ribosomal protein S17 40S ribosomal protein S16 40S ribosomal protein S15a 40S ribosomal protein S15 40S ribosomal protein S14 40S ribosomal protein S13 40S ribosomal protein S12 40S ribosomal protein S11 40S ribosomal protein S10 Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum
分子量理論値: 1.12 MDa

+
超分子 #4: Translocon

超分子名称: Translocon / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #5: Sec61 Complex

超分子名称: Sec61 Complex / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 4 / 詳細: Sec61alpha, beta, and gamma
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum
分子量理論値: 70 KDa

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超分子 #6: TMCO1

超分子名称: TMCO1 / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #7: NOMO-Nicalin-TMEM147 Complex

超分子名称: NOMO-Nicalin-TMEM147 Complex / タイプ: complex / ID: 7 / 親要素: 4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #8: CCDC47

超分子名称: CCDC47 / タイプ: complex / ID: 8 / 親要素: 4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #9: 60S acidic ribosomal protein P0

超分子名称: 60S acidic ribosomal protein P0 / タイプ: complex / ID: 9 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #10: 60S acidic ribosomal protein P1

超分子名称: 60S acidic ribosomal protein P1 / タイプ: complex / ID: 10 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #11: 60S acidic ribosomal protein P2

超分子名称: 60S acidic ribosomal protein P2 / タイプ: complex / ID: 11 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #12: 60S ribosomal protein L10

超分子名称: 60S ribosomal protein L10 / タイプ: complex / ID: 12 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

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超分子 #13: 60S ribosomal protein L10a

超分子名称: 60S ribosomal protein L10a / タイプ: complex / ID: 13 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #14: 60S ribosomal protein L11

超分子名称: 60S ribosomal protein L11 / タイプ: complex / ID: 14 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

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超分子 #15: 60S ribosomal protein L12

超分子名称: 60S ribosomal protein L12 / タイプ: complex / ID: 15 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

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超分子 #16: 60S ribosomal protein L13

超分子名称: 60S ribosomal protein L13 / タイプ: complex / ID: 16 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

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超分子 #17: 60S ribosomal protein L13a

超分子名称: 60S ribosomal protein L13a / タイプ: complex / ID: 17 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

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超分子 #18: 60S ribosomal protein L14

超分子名称: 60S ribosomal protein L14 / タイプ: complex / ID: 18 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

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超分子 #19: 60S ribosomal protein L15

超分子名称: 60S ribosomal protein L15 / タイプ: complex / ID: 19 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #20: 60S ribosomal protein L17

超分子名称: 60S ribosomal protein L17 / タイプ: complex / ID: 20 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #21: 60S ribosomal protein L18

超分子名称: 60S ribosomal protein L18 / タイプ: complex / ID: 21 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #22: 60S ribosomal protein L18a

超分子名称: 60S ribosomal protein L18a / タイプ: complex / ID: 22 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #23: 60S ribosomal protein L19

超分子名称: 60S ribosomal protein L19 / タイプ: complex / ID: 23 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #24: 60S ribosomal protein L21

超分子名称: 60S ribosomal protein L21 / タイプ: complex / ID: 24 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #25: 60S ribosomal protein L22

超分子名称: 60S ribosomal protein L22 / タイプ: complex / ID: 25 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

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超分子 #26: 60S ribosomal protein L23

超分子名称: 60S ribosomal protein L23 / タイプ: complex / ID: 26 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #27: 60S ribosomal protein L23a

超分子名称: 60S ribosomal protein L23a / タイプ: complex / ID: 27 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #28: 60S ribosomal protein L24

超分子名称: 60S ribosomal protein L24 / タイプ: complex / ID: 28 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #29: 60S ribosomal protein L26

超分子名称: 60S ribosomal protein L26 / タイプ: complex / ID: 29 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #30: 60S ribosomal protein L27

超分子名称: 60S ribosomal protein L27 / タイプ: complex / ID: 30 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

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超分子 #31: 60S ribosomal protein L27a

超分子名称: 60S ribosomal protein L27a / タイプ: complex / ID: 31 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #32: 60S ribosomal protein L28

超分子名称: 60S ribosomal protein L28 / タイプ: complex / ID: 32 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #33: 60S ribosomal protein L3

超分子名称: 60S ribosomal protein L3 / タイプ: complex / ID: 33 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #34: 60S ribosomal protein L30

超分子名称: 60S ribosomal protein L30 / タイプ: complex / ID: 34 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #35: 60S ribosomal protein L31

超分子名称: 60S ribosomal protein L31 / タイプ: complex / ID: 35 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #36: 60S ribosomal protein L32

超分子名称: 60S ribosomal protein L32 / タイプ: complex / ID: 36 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #37: 60S ribosomal protein L34

超分子名称: 60S ribosomal protein L34 / タイプ: complex / ID: 37 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #38: 60S ribosomal protein L35

超分子名称: 60S ribosomal protein L35 / タイプ: complex / ID: 38 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #39: 60S ribosomal protein L35a

超分子名称: 60S ribosomal protein L35a / タイプ: complex / ID: 39 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #40: 60S ribosomal protein L36

超分子名称: 60S ribosomal protein L36 / タイプ: complex / ID: 40 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #41: 60S ribosomal protein L36a

超分子名称: 60S ribosomal protein L36a / タイプ: complex / ID: 41 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #42: 60S ribosomal protein L37a

超分子名称: 60S ribosomal protein L37a / タイプ: complex / ID: 42 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #43: 60S ribosomal protein L38

超分子名称: 60S ribosomal protein L38 / タイプ: complex / ID: 43 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #44: 60S ribosomal protein L39

超分子名称: 60S ribosomal protein L39 / タイプ: complex / ID: 44 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #45: 60S ribosomal protein L4

超分子名称: 60S ribosomal protein L4 / タイプ: complex / ID: 45 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #46: 60S ribosomal protein L5

超分子名称: 60S ribosomal protein L5 / タイプ: complex / ID: 46 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #47: 60S ribosomal protein L6

超分子名称: 60S ribosomal protein L6 / タイプ: complex / ID: 47 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #48: 60S ribosomal protein L7

超分子名称: 60S ribosomal protein L7 / タイプ: complex / ID: 48 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #49: 60S ribosomal protein L7a

超分子名称: 60S ribosomal protein L7a / タイプ: complex / ID: 49 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #50: 60S ribosomal protein L8

超分子名称: 60S ribosomal protein L8 / タイプ: complex / ID: 50 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #51: 60S ribosomal protein L9

超分子名称: 60S ribosomal protein L9 / タイプ: complex / ID: 51 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #52: 40S ribosomal protein S10

超分子名称: 40S ribosomal protein S10 / タイプ: complex / ID: 52 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #53: 40S ribosomal protein S11

超分子名称: 40S ribosomal protein S11 / タイプ: complex / ID: 53 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #54: 40S ribosomal protein S12

超分子名称: 40S ribosomal protein S12 / タイプ: complex / ID: 54 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #55: 40S ribosomal protein S13

超分子名称: 40S ribosomal protein S13 / タイプ: complex / ID: 55 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #56: 40S ribosomal protein S14

超分子名称: 40S ribosomal protein S14 / タイプ: complex / ID: 56 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #57: 40S ribosomal protein S15

超分子名称: 40S ribosomal protein S15 / タイプ: complex / ID: 57 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #58: 40S ribosomal protein S15a

超分子名称: 40S ribosomal protein S15a / タイプ: complex / ID: 58 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #59: 40S ribosomal protein S16

超分子名称: 40S ribosomal protein S16 / タイプ: complex / ID: 59 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #60: 40S ribosomal protein S17

超分子名称: 40S ribosomal protein S17 / タイプ: complex / ID: 60 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #61: 40S ribosomal protein S18

超分子名称: 40S ribosomal protein S18 / タイプ: complex / ID: 61 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #62: 40S ribosomal protein S19

超分子名称: 40S ribosomal protein S19 / タイプ: complex / ID: 62 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #63: 40S ribosomal protein S2

超分子名称: 40S ribosomal protein S2 / タイプ: complex / ID: 63 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #64: 40S ribosomal protein S21

超分子名称: 40S ribosomal protein S21 / タイプ: complex / ID: 64 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #65: 40S ribosomal protein S23

超分子名称: 40S ribosomal protein S23 / タイプ: complex / ID: 65 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #66: 40S ribosomal protein S24

超分子名称: 40S ribosomal protein S24 / タイプ: complex / ID: 66 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #67: 40S ribosomal protein S25

超分子名称: 40S ribosomal protein S25 / タイプ: complex / ID: 67 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #68: 40S ribosomal protein S26

超分子名称: 40S ribosomal protein S26 / タイプ: complex / ID: 68 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #69: 40S ribosomal protein S27

超分子名称: 40S ribosomal protein S27 / タイプ: complex / ID: 69 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #70: 40S ribosomal protein S27-like

超分子名称: 40S ribosomal protein S27-like / タイプ: complex / ID: 70 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #71: 40S ribosomal protein S28

超分子名称: 40S ribosomal protein S28 / タイプ: complex / ID: 71 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #72: 40S ribosomal protein S29

超分子名称: 40S ribosomal protein S29 / タイプ: complex / ID: 72 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #73: 40S ribosomal protein S3

超分子名称: 40S ribosomal protein S3 / タイプ: complex / ID: 73 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #74: 40S ribosomal protein S30

超分子名称: 40S ribosomal protein S30 / タイプ: complex / ID: 74 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #75: 40S ribosomal protein S3a

超分子名称: 40S ribosomal protein S3a / タイプ: complex / ID: 75 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #76: 40S ribosomal protein S4, X isoform

超分子名称: 40S ribosomal protein S4, X isoform / タイプ: complex / ID: 76 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #77: 40S ribosomal protein S5

超分子名称: 40S ribosomal protein S5 / タイプ: complex / ID: 77 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #78: 40S ribosomal protein S6

超分子名称: 40S ribosomal protein S6 / タイプ: complex / ID: 78 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #79: 40S ribosomal protein S7

超分子名称: 40S ribosomal protein S7 / タイプ: complex / ID: 79 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #80: 40S ribosomal protein S8

超分子名称: 40S ribosomal protein S8 / タイプ: complex / ID: 80 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

+
超分子 #81: 40S ribosomal protein S9

超分子名称: 40S ribosomal protein S9 / タイプ: complex / ID: 81 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

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超分子 #82: 40S ribosomal protein SA

超分子名称: 40S ribosomal protein SA / タイプ: complex / ID: 82 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMC2H3KO2potassium acetate
50.0 mMC8H18N2O4SHEPES, pH 7.4
5.0 mMMgCl2magnesium chloride
0.25 percent (w/v)C56H92O29digitoninジギトニン
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Two filter papers were added to each arm, 2.5 microliters of sample were added to grids, and 0.5 second of drain time was allowed before vitrification..
詳細Sample was well-dispersed on a thin (~2nm) carbon film.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5562 / 平均露光時間: 3.8 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1049128
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 0.5)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

5592


詳細: EMD-5592, Human ribosome low pass-filtered to 50 Angstrom resolution
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 9 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 82684
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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