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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21073 | |||||||||
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タイトル | Structure of the native human gamma-tubulin ring complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Tubulin (チューブリン) / gamma-tubulin / gamma-tubulin ring complex / gTuRC / g-TuRC / GCP / GCP2 / GCP3 / GCP4 / GCP5 / GCP6 / microtubule (微小管) / microtubule nucleation / single particle cryo-EM structure / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 equatorial microtubule organizing center / mitotic spindle microtubule / gamma-tubulin ring complex / polar microtubule / gamma-tubulin complex / meiotic spindle organization / microtubule nucleation / non-motile cilium / gamma-tubulin binding / 微小管形成中心 ...equatorial microtubule organizing center / mitotic spindle microtubule / gamma-tubulin ring complex / polar microtubule / gamma-tubulin complex / meiotic spindle organization / microtubule nucleation / non-motile cilium / gamma-tubulin binding / 微小管形成中心 / 中心体マトリックス / single fertilization / cell leading edge / mitotic sister chromatid segregation / spindle assembly / cytoplasmic microtubule / cytoplasmic microtubule organization / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / 中心小体 / AURKA Activation by TPX2 / mitotic spindle organization / ciliary basal body / meiotic cell cycle / condensed nuclear chromosome / brain development / neuron migration / structural constituent of cytoskeleton / spindle / microtubule cytoskeleton organization / recycling endosome / 紡錘体 / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / apical part of cell / mitotic cell cycle / microtubule binding / protein-containing complex assembly / 微小管 / neuron projection / 中心体 / GTP binding / structural molecule activity / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Wieczorek M / Urnavicius L | |||||||||
資金援助 | 米国, フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2020 タイトル: Asymmetric Molecular Architecture of the Human γ-Tubulin Ring Complex. 著者: Michal Wieczorek / Linas Urnavicius / Shih-Chieh Ti / Kelly R Molloy / Brian T Chait / Tarun M Kapoor / 要旨: The γ-tubulin ring complex (γ-TuRC) is an essential regulator of centrosomal and acentrosomal microtubule formation, yet its structure is not known. Here, we present a cryo-EM reconstruction of the ...The γ-tubulin ring complex (γ-TuRC) is an essential regulator of centrosomal and acentrosomal microtubule formation, yet its structure is not known. Here, we present a cryo-EM reconstruction of the native human γ-TuRC at ∼3.8 Å resolution, revealing an asymmetric, cone-shaped structure. Pseudo-atomic models indicate that GCP4, GCP5, and GCP6 form distinct Y-shaped assemblies that structurally mimic GCP2/GCP3 subcomplexes distal to the γ-TuRC "seam." We also identify an unanticipated structural bridge that includes an actin-like protein and spans the γ-TuRC lumen. Despite its asymmetric architecture, the γ-TuRC arranges γ-tubulins into a helical geometry poised to nucleate microtubules. Diversity in the γ-TuRC subunits introduces large (>100,000 Å) surfaces in the complex that allow for interactions with different regulatory factors. The observed compositional complexity of the γ-TuRC could self-regulate its assembly into a cone-shaped structure to control microtubule formation across diverse contexts, e.g., within biological condensates or alongside existing filaments. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21073.map.gz | 177.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21073-v30.xml emd-21073.xml | 26.3 KB 26.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21073.png | 56.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21073.cif.gz | 9.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21073 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21073 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21073.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 190.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.335 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Native human gamma-tubulin ring complex
+超分子 #1: Native human gamma-tubulin ring complex
+分子 #1: Gamma-tubulin complex component 2
+分子 #2: Gamma-tubulin complex component 3
+分子 #3: Gamma-tubulin complex component 4
+分子 #4: Gamma-tubulin complex component 5
+分子 #5: Gamma-tubulin complex component 6
+分子 #6: Unassigned poly-alanine chain ("staple")
+分子 #7: beta actin
+分子 #8: Unassigned poly-alanine model ("CC")
+分子 #9: Unassigned poly-alanine model ("HB")
+分子 #10: Unassigned poly-alanine model ("Lumenal bridge helical bundles")
+分子 #11: Tubulin gamma-1 chain
+分子 #12: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #13: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Relion 3.0 initial model generation |
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初期 角度割当 | タイプ: OTHER / 詳細: Relion 3.0 |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / 詳細: Relion 3.0 |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 103172 |